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哪位精通NCBI数据库的大神可以进来帮我看看这个基因吗？ 已有2人参与
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前提：之前在PDB上找了一个来源于黑曲霉的α-淀粉酶基因，找生物公司全基因合成了。但是表达不出来，原因很有可能是基因的ORF区存在缺失。搞了一年，现在研三，迫不得已得换一个基因合成，同样来源的α-淀粉酶。 1、小女找到了NCBI序号为xm_001393589.2和xm_001395291.2的α-淀粉酶，但是由于这两种酶在NCBI上的说明都没有显示出自那篇参考文献，显示是概念性转换的结果，所以很担心如果在这两条序列中任选一条合成（只合成CDS区），不知道是否能正常表达。 2、两条序列中哪条更有可能表达呢？两条序列的注释都不是很明确，请大神帮忙解释一下可好。 3、如何要全基因合成（CDS区），那是否要加上信号肽序列呢， 还是说只需要合成成熟肽即可，我的毕赤酵母载体上有信号肽，如何加上了基因自带的信号肽序列会不会对于他的表达更完整了呢？ 请NCBI大神来解答呢。 拜托拜托。     |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
屁桃粉: 金币+32, ★★★★★最佳答案 2015-12-15 21:04:54
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师兄亲， 是这样， 我其实很纠结，因为我找到的来源于Aspergillus niger的α-淀粉酶在NCBI上的序列都是那种没有文献支持的，comment里面都说了是概念性转化成核苷酸链， 而且对于核苷酸序列本来来说，存在生物学实验能否表达的不确定性。 现在可靠的几个结论分别是： 1、NCBI序号以NP_ NM_ 开头的序列最可靠，可进行后续的机制分析 2、NCBI中的一些mRNA基因，在feature中只有 source 、gene、CDS 三个分栏，所以可以认为其CDS区为成熟肽片段。 若师兄有幸帮忙， 能否给看看xm_001393589.2和xm_001395291.2这两个基因哪个是完整的CDS片段呢？ 感激不尽   |
9楼2015-12-15 19:56:35
admission
木虫 (著名写手)
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看看是不是这篇文献，里面好像提到你所要的版本号 链接: http://pan.baidu.com/s/1X9kr8 密码: k2dd 你的CDS应该是这部分吧，全基因合成应该不便宜吧，如果是土壕实验室，请忽略 一般做法是提RNA，反转录，合成ORF。如果没有内含子，也应该可以直接用DNA合成。 atggtctc 361 aatgtcggcc ctgcggcacg ggcttggggt cctctatctt gctagctggc tggggtcgtc 421 gctggctgcc agcaccgagc aatggaagtc ccggtcaatc tatcagacca tgacggatcg 481 gttcgcgcgc actgatggct caaccacctc cccctgcaac accacggagg gtctgtactg 541 tggtggtacc tggcgcggca tgatcaacca tctggattac atccagggga tgggctttga 601 tgccgtcatg atctccccta tcatcgagaa cgtcgaaggt cgcgtggagt acggagaagc 661 ctatcacggc tattggcccg tggatctgta ctccctcaac tcgcactttg gaacccacca 721 ggatctactg gacctgagtg atgccctgca tgctcgcgac atgtatctga tgatggacac 781 agtcatcaac aacatggcct acatcaccaa tggctccgac cccgccaccc acatcgacta 841 ctcaaccctg acccccttca atagctcgtc ttactaccat ccctactgta agatcaccga 901 ctggaataac ttcaccaatg cccagctgtg ccaaaccggt gacaacatcg tggccttgcc 961 cgatctgtat accgagcatg ccgaggtgca agaaaccctg agcaactggg ccaaggaagt 1021 catctccacc tattccatcg acggcctccg catcgatgcc gcaaaacatg tgaaccccgg 1081 cttcctgaag aatttcggcg atgcgcttga tatcttcatg accggcgaag tgctgcagca 1141 agaggtcagc acaatctgcg attatcagaa caactacatc ggcagtctcc cgaattaccc 1201 cgtctactac gccatgttga aggcctttac cttgggcaac accagcgccc tggccactca 1261 ggtccagtcg atgaagaatt cctgtaatga tgtgaccgcc ttgtcgtcat tctccgaaaa 1321 ccacgatgtc gcacgatttg ccagcatgac ccatgacatg gctctcgcga agaatattct 1381 cacattcact cttctcttcg acggtgttcc catgatctat caaggtcaag agcagcatct 1441 cgacggccct ggcagtccgg aaaaccgaga agcgatatgg ctctctgagt acaacaccga 1501 cgccgagctc tacaagttga tcggcaagtt gaacgccatc cggaagcacg cctaccgact 1561 cgacaatcac taccccgatg tcgagacgta ccccatcttc gaaggtggca gtgaactggg 1621 attccgcaag ggaatcgaag gtcgacaggt ggtcatgctt ctgtccacgc aaggcacgaa 1681 cagcagcgct tacaacctct cgatgccggt gagtttcacg ggtggcacag tagtgaccga 1741 gattctgaac tgcgtcaact acacggtcaa cacccagagc gaactcgtgg ttccgatgga 1801 taaaggagag ccgcgcgtgt tcttcccggc ggatctgatg cccggcagtg ggctgtgcgg 1861 acttcctgtc gcgaatgtca cctatgctgc cttgaggacg cagggtgcag cggcggcgga 1921 ggctgccttg tcgctaggta tcaagactga tgcagcttct agtgctttgc tttctctggg 1981 gctgtctgtg gtggcgggtc tgattgtggg gatgtggtaa tatgctgata gctacagatg 2041 ggttgagata tattatcatg |
2楼2015-12-15 10:30:08
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