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yyc12596

新虫 (著名写手)
SIFT的结果貌似就是：Tolerated或者Damaging。要怎么查询啊，位置换算这么难
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61楼2015-12-19 16:30:33
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yyc12596

新虫 (著名写手)
首先拿到蛋白的fasta序列

>sp|P14222|PERF_HUMAN Perforin-1 OS=Homo sapiens GN=PRF1 PE=1 SV=1
MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSGSFP
VDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTNWRAQGSGCQRHVTRAKVSSTEAVARD
AARSIRNDWKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVECRFYS
FHVVHTPPLHPDFKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRISALTALR
TCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFHQTYRERH
SEVVGGHHTSINDLLFGIQAGPEQYSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLLDSQDPRREAL
RRALSQYLTDRARWRDCSRPCPPGRQKSPRDPCQCVCHGSAVTTQDCCPRQRGLAQLEVT
FIQAWGLWGDWFTATDAYVKLFFGGQELRTSTVWDNNNPIWSVRLDFGDVLLATGGPLRL
QVWDQDSGRDDDLLGTCDQAPKSGSHEVRCNLNHGHLKFRYHARCLPHLGGGTCLDYVPQ
MLLGEPPGNRSGAVW
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62楼2015-12-19 17:26:37
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yyc12596

新虫 (著名写手)
??????????https://sift.jcvi.org/
??single protein tools??????SIFT sequence?????÷?ò???????????á????????
W129R
>sp|P14222|PERF_HUMAN Perforin-1 OS=Homo sapiens GN=PRF1 PE=1 SV=1
MAARLLLLGILLLLLPLPVPAPCHTAARSECKRSHKFVPGAWLAGEGVDVTSLRRSGSFP
VDTQRFLRPDGTCTLCENALQEGTLQRLPLALTNWRAQGSGCQRHVTRAKVSSTEAVARD
AARSIRNDRKVGLDVTPKPTSNVHVSVAGSHSQAANFAAQKTHQDQYSFSTDTVECRFYS
FHVVHTPPLHPDFKRALGDLPHHFNASTQPAYLRLISNYGTHFIRAVELGGRISALTALR
TCELALEGLTDNEVEDCLTVEAQVNIGIHGSISAEAKACEEKKKKHKMTASFHQTYRERH
SEVVGGHHTSINDLLFGIQAGPEQYSAWVNSLPGSPGLVDYTLEPLHVLLDSQDPRREAL
RRALSQYLTDRARWRDCSRPCPPGRQKSPRDPCQCVCHGSAVTTQDCCPRQRGLAQLEVT
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63楼2015-12-19 17:44:05
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yyc12596

新虫 (著名写手)
数据提交不成功，重复刷页。
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64楼2015-12-19 21:27:58
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yyc12596

新虫 (著名写手)
SIFT
Amino acids with probabilities < 0.05 are predicted to be deleterious.
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65楼2015-12-19 22:19:14
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yyc12596

新虫 (著名写手)
TOLERATED with a score of 0.30
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66楼2015-12-19 22:23:50
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yyc12596

新虫 (著名写手)
总算把SIFT刷出来了。

接下来改正文。低下的工作效率。
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67楼2015-12-20 15:19:51
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yyc12596

新虫 (著名写手)
先从Background改起。
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68楼2015-12-20 16:55:55
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yyc12596

新虫 (著名写手)
Background改完。
改Method部分。
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69楼2015-12-20 17:11:57
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yyc12596

新虫 (著名写手)
Method改完。
改Result部分。
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70楼2015-12-20 18:01:56
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