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yyc12596

新虫 (著名写手)
SIFT
Paste in ENSP numbers, and any substitions
Format Examples

ENSP00000224605,A63TSEGYW
ENSP00000224605,A63T
ENSP00000224605,46
ENSP00000224605,D55

https://asia.ensembl.org/info/we ... ex.html?redirect=no
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51楼2015-12-17 22:59:49
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yyc12596

新虫 (著名写手)
困。明天继续弄。
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52楼2015-12-17 23:01:18
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yyc12596

新虫 (著名写手)
今天去实验室抄数据，现在把数据整理到EXCEL中，然后再进行统计学分析。

发SCI到底有多难，可能我确实一点一点地才明白。
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53楼2015-12-18 20:37:57
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yyc12596

新虫 (著名写手)
引用回帖:
39楼: Originally posted by yyc12596 at 2015-12-16 01:29:39
SPSS 四格表的卡方检验步骤参考百度：https://www.baidu.com/s?ie=utf-8&f=8&rsv_bp=1&ch=&tn=90921732_hao_pg&bar=&wd=SPSS++%E5%9B%9B%E4%B8%AA%E8%A1%A8%E6%A3%80%E9%AA%8C&oq=SPSS ...

卡方检验时候要加权个案
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54楼2015-12-18 22:10:27
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yyc12596

新虫 (著名写手)
终于把表格做好了。
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55楼2015-12-18 22:37:18
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yyc12596

新虫 (著名写手)
SIFT主页：https://provean.jcvi.org/genome_submit_2.php
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56楼2015-12-19 15:56:52
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yyc12596

新虫 (著名写手)
Example 1 (SNP): 1,100382265,C,G,some comments
Example 2 (Deletion): 7,117199646,CTTT,C
Example 3 (Insertion): 1,43217995,G,GCCA
Example 4 (MNP): 10,102762471,AG,CC
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57楼2015-12-19 16:05:22
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yyc12596

新虫 (著名写手)
Each genome variant is represented in comma-separated values as the following:
<chromosome>,<position>,<reference allele>,<variant allele>,<comment(optional)>
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58楼2015-12-19 16:05:57
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yyc12596

新虫 (著名写手)
Total number of input variants: 1

Found in dbSNP?
PROVEAN Prediction
SIFT Prediction*

Total
Yes
No (novel)
Neutral
Deleterious
Not available
Tolerated
Damaging
Not available

1. Protein-coding 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(1) Single AA Change 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(2) Synonymous 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(3) Deletion 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(4) Insertion 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(5) Multiple AA Change 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(6) Frameshift 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(7) Nonsense 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(8) Unknown 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
(9) Input error 0 0 0 0 0 0 0 0 0  
2. Non protein-coding 1 0 1 0 0 1 0 0 1  
3. Input format error 0 0 0 0 0 0 0 0 0  


Note:
If a variant is found on more than one protein isoforms, only the longest isoform is counted in the above summary.
* The SIFT algorithm is only applicable to single amino acid substitutions.
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59楼2015-12-19 16:13:03
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yyc12596

新虫 (著名写手)
SIFT这个软件不好用，是因为要把CDS (c.385T>A)换算成染色体的位置很难。有没有软件可以做这个事情呢，发愁。
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60楼2015-12-19 16:16:02
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