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11B329

金虫 (正式写手)

[求助] 关于lammps里examples的问题(shear) 已有1人参与

各位大神,希望能指点一下。
在equilibrate之前,lower与upper的温度并没有设定,只是设定了mobile的温度,请问那其余两组原子的初速度怎样?还有就是原子的质量好像没有给啊,不用给定吗?
以下是shear的程序:
# 3d metal shear simulation


units                metal

boundary        s s p


atom_style        atomic

lattice                fcc 3.52

region                box block 0 16.0 0 10.0 0 2.828427

create_box        3 box


lattice                fcc 3.52 orient        x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1
&
                origin 0.5 0 0

create_atoms        1 box


pair_style        eam

pair_coeff        * * Ni_u3.eam


neighbor        0.3 bin

neigh_modify        delay 5


region                lower block INF INF INF 0.9 INF INF

region                upper block INF INF 6.1 INF INF INF

group                lower region lower

group                upper region upper

group                boundary union lower upper

group                mobile subtract all boundary


set                group lower type 2

set                group upper type 3


# void


#region                void cylinder z 8 5 2.5 INF INF

#delete_atoms        region void


# temp controllers


compute                new3d mobile temp

compute                new2d mobile temp/partial 0 1 1


# equilibrate


velocity        mobile create 300.0 5812775 temp new3d

fix                1 all nve

fix                2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0


fix                3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0

fix_modify        3 temp new3d


thermo                25

thermo_modify        temp new3d


timestep        0.001

run                100


# shear


velocity        upper set 1.0 0 0

velocity        mobile ramp vx 0.0 1.0 y 1.4 8.6 sum yes


unfix                3

fix                3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0

fix_modify        3 temp new2d


#dump                1 all atom 100 dump.shear


#dump                2 all image 100 image.*.jpg type type &

#                axes yes 0.8 0.02 view 0 0 zoom 1.5 up 0 1 0 adiam 2.0

#dump_modify        2 pad 4


#dump                3 all movie 100 movie.mpg type type &

#                axes yes 0.8 0.02 view 0 0 zoom 1.5 up 0 1 0 adiam 2.0

#dump_modify        3 pad 4


thermo                100

thermo_modify        temp new2d


reset_timestep        0

run                3000
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铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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11B329: 金币+10, ★★★很有帮助, 多谢!我一会试试! 2015-12-11 07:42:15
我记得eam势函数文件里有原子质量的信息,你可以看下pair_style eam的doc page。未设定初始温度的group的温度我不知道,不过是否可以试着把那两个group的原子速度输出出来看一下。希望对你有用。
2楼2015-12-10 18:59:12
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