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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求救，如何将xyz格式的文件转化为可以让lammps读的data文件，求大神，感激不尽 。
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

[求助] 求救，如何将xyz格式的文件转化为可以让lammps读的data文件，求大神，感激不尽 。 已有2人参与

如题/
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1楼 2015-12-07 18:32:55
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 青春逍遥啊 at 2015-12-08 09:12:52
就是一个石墨烯的坐标模型，都是c原子，。。。...

仅仅.xyz转过去是不完整的（见下），还有bond, angle, dihedral的定义。
xyz2lmp.m
--------------
function xyz2lmp(f_xyz)
% This script converts .xyz file to lammps data file.
% Input:
%   f_xyz: name of the input .xyz file.
% Example:
%   xyz2lmp('PdAu.xyz')
% NOTE: The second line must be in specified format as:
%   PdAu xlo xhi ylo yhi zlo zhi
% Poweed by Xianbao Duan
% Email: xianbao.d@gmail.com
% Website: http://www.52souji.net/

% open the .xyz file
fidin = fopen(f_xyz,'r');
if fidin == -1
    error('Failed to open the file. Please check!');
end

% number of all the atoms
atom_num_a = fscanf(fidin,'%d');

% comment
comment = textscan(fidin,'%s %f %f %f %f %f %f',1);
xlo = comment{2};
xhi= comment{3};
ylo = comment{4};
yhi= comment{5};
zlo = comment{6};
zhi= comment{7};

% coordinates of the atoms
atoms = textscan(fidin,'%s %f %f %f',atom_num_a);
fclose(fidin);

% initialize
type_name = atoms{1}(1);    % names of types
atom_num(1) = 1;            % atom number of each type

% sort the atoms according to their types
for i = 2: length(atoms{1})
    flag = 0;
    for j = 1:length(type_name)
        if strcmp(atoms{1}(i),type_name(j)) == 1
            atom_num(j) = atom_num(j) + 1;
            flag = 1;
            break;
        end
    end
    if flag == 0
        type_name(end+1) = atoms{1}(i);
        atom_num(end+1) = 1;
    end
end
type_num = length(type_name);

% write the lammps file
outfilename = strrep(f_xyz,'.xyz','.lmp');
fidout = fopen(outfilename, 'w');
new_comment =  ['Converted from .xyz to .lmp @ ',datestr(now) ];
fprintf(fidout,'%s\n\n',new_comment);
fprintf(fidout,'%d \t %s\n',atom_num_a,'atoms');
fprintf(fidout,'%d \t %s\n',type_num,'atom types');
fprintf(fidout,'%f  %f \t%s\n',xlo,xhi,'xlo xhi');
fprintf(fidout,'%f  %f \t%s\n',ylo,yhi,'ylo yhi');
fprintf(fidout,'%f  %f \t%s\n\n',zlo,zhi,'zlo zhi');
fprintf(fidout,'%s\n\n','Atoms');
% the data
for i = 1:length(atoms{1})
    for j = 1:type_num
        if strcmp(atoms{1}(i),type_name(j)) == 1
            fprintf(fidout,'%d \t %d \t %f \t %f \t %f \n',...
                i,j,atoms{2}(i),atoms{3}(i),atoms{4}(i));
            break;
        end
    end
end
fclose(fidout);
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8楼2015-12-08 11:05:38
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普通回帖

luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先要看你用lammps模拟什么材料，用的什么势函数
data文件的结构跟势函数有关
不同势函数用的data文件的结构都不一样
LAMMPS手册里面有具体的说明
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2楼2015-12-07 20:16:28
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cyfjkf

至尊木虫 (著名写手)
用VMD软件

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-12-07 21:18:57
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有机分子,还是纯金属？
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4楼2015-12-07 23:34:49
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luftf at 2015-12-07 20:16:28
首先要看你用lammps模拟什么材料，用的什么势函数
data文件的结构跟势函数有关
不同势函数用的data文件的结构都不一样
LAMMPS手册里面有具体的说明

我现在是有一份石墨烯的xyz文件，我需要把它设置成为lammps能够识别的data文件就可以了，。不知道应该用什么办法？
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5楼2015-12-08 09:10:26
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyfjkf at 2015-12-07 21:18:57
用VMD软件

应该怎么做？有教程么？
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6楼2015-12-08 09:11:39
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bluewhale at 2015-12-07 23:34:49
有机分子,还是纯金属？

就是一个石墨烯的坐标模型，都是c原子，。。。
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7楼2015-12-08 09:12:52
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

为什么不自己建：

units metal
boundary        p p p
atom_style      molecular
lattice            custom 2.4595 a1 1  0  0  a2 0 1.73203 0  a3 0.0 0.0 10  basis 0 0 0  basis 0.5 0.16666666666666666 0 basis 0.5 0.5 0 basis 0 0.6666666666666666 0

region box     block 0 80 0 120 -0.5 0.5
create_box     1 box
create_atoms  1 box
region           coldest block INF INF 0 1.5 INF INF
region           hottest block INF INF 60 61.5 INF INF
mass            1    12

pair_style tersoff
pair_coeff * * SiC_1994.tersoff C
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9楼2015-12-08 13:56:58
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by bluewhale at 2015-12-08 13:56:58
为什么不自己建：

units metal
boundary        p p p
atom_style      molecular
lattice            custom 2.4595 a1 1  0  0  a2 0 1.73203 0  a3 0.0 0.0 10  basis 0 0 0  basis 0.5 0.166666666666666 ...

你这个in文件是lammps官网的那个例子吧？我现在就在研究这个in文件啊。我有很多疑问，如果你方便，可以加我q详谈么，287503735 很需要你的帮助，谢谢。
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10楼2015-12-08 23:44:37
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