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stcarlos

铁虫 (初入文坛)

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[求助] 请教siRNA的几个疑问，多谢各位高手！

各位高手大家好！
在下才疏学浅，有几个RNA干扰方面的问题水平不高，但却是我急需了解的，所以恳请大家指导了，先谢谢大家！
首先，我在百度上搜索到有关siRNA的简介，有5种siRNA，其中三种是体外制备的（化学合成、体外转录、用RNase III 消化长片断双链RNA制备siRNA），两种是体内表达的（siRNA表达载体、siRNA表达框架）。在干扰目的细胞的RNA时，前三种体外制备的siRNA好像是不需要表达载体及启动子的，后两种体内表达的siRNA则需要启动子。

然后，在下拟针对Mig-7基因进行RNA干扰，并查到几篇参考文献如下：

1、中文文献里面这样描述siRNA：
设计3 对针对Mig-7mRNA序列的siRNA 序列，靶序列分别为
1: 5'-CAACACAGCTTGAGTGGAA-3';（cDNA的第1233位bp起始）
2: 5'-CTATAGACTCTGAGCAAGA-3'; （cDNA的第1314位bp起始）
3: 5'-CTTCAAAGGTTCTTAAAGT-3'。（cDNA的第1376位bp起始）
该文献中的3条单链用的是LipofectamineTM 2000 Reagent转染试剂盒，应该属于体外制备的siRNA吧？只需要脂质体试剂盒转染就行了吧？还存在启动子再转录的问题吗？

2、Cancer Research的文章里面这样描述siRNA：
The sequences of the MIG7-1 siRNA and MIG7-2 siRNA are: GUCGAAGAAAUGAAACUUUUU and CUUAAAUCACAGGAAAUCUUU.
(1)、为什么Cancer Research文章里面siRNA末尾有连续几个U，而中文文献却没有？
(2)、siRNA序列中到底使用T还是U？
(3)、为什么Cancer Research文章里面siRNA得序列与该基因的cDNA序列（见后附）中的任意一段都匹配不上呢？
(4)、“Cancer Research文章”里面的siRNA，用的是Dharmacon Accell SMARTpool siRNA reagent (Thermo FisherScientific)，这算是体外制备的siRNA还是“基于PCR的表达框架”的siRNA呢？如果是前者，只需要脂质体试剂盒转染就行了吧？还存在启动子再转录的问题吗？有人认为“Cancer Research文章”里面的siRNA 应该使用的是哺乳动物RNA pol3启动子，这两条单链RNA是互补形成发卡结构后，结合到pol3启动子的下游，从而产生作用。所以看起来并不多互补配对的，因为是发卡结构的。各位觉得对吗？

多谢各位高手了！

该基因的cDNA序列如下：
LOCUS    DQ080207             1617 bp mRNA linear PRI 26-MAY-2006
DEFINITION  Homo sapiens MIG7 (MIG7) mRNA, complete cds.
ACCESSION DQ080207
VERSION    DQ080207.2  GI:102863545
KEYWORDS .
SOURCE    Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
         Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;
ORIGIN
      1 gtgcctctct atggagagca cctctgtggc ctctctgaga gcactcacag ccaaaagtac
   61 acagctgccc ccaggctgag agtgcttgat acacccttga atcccctctt atatgatgcc
   121 ccagcccagg agagataaaa gcatcagcac catgagattc acctgcctct ggtcgttagg
   181 gaacaatgga ggcctgcgat tggagttaaa ctctcagtga tctctgtgtt gacaacacca
   241 aagctagagg aatccagtag gatgtgggca tggttttccc ggaaggctga ctgagcagtt
   301 ctgcaaatgt ttgcaagtac agggcagaat ttcatccagc ctcagaacct tgagccaaga
   361 ctcagcatca gcaaagccaa aagtttcatt tcttcgactg tgggagtgct agtcccaacc
   421 tttagatggc cattcagttt taagttcaat aagcattttg attgagaaat actttgctga
   481 ggagtgaaaa gtccttggct ttgaaagacg aatgatgagc agttcagtgg cccatgtcac
   541 agtccaggca cctgccaaag gtgactccct gggaggagca tcttagtcac agagccagtg
   601 cctgctgtag gtgtgcagaa gggtgcatgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtatgtgtac
   661 gtgtacatgt gtgttggggg aagggagcaa gggttgtggg agcatttctt atctgctctt
   721 ctctgcaaga tttcctgtga tttaagtcac attaaagtac ccataagccc gtaatgcaaa
   781 agaaccccaa aaccagccca gcagccaacc atggcagcaa gtagatgctc tggtctttag
   841 atagtcagaa atgacacttc tgggctctca ggcagtcagt gggttgagct ccccattaaa
   901 gtccccctgc caagtctgga atagtcctag tcccgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt
   961 gtgtgtgtgt acccgcgtgc atatgcgcgc atgcagtgca gggtctgcat acctaaagca
   1021 gatgaaattc tgcagaatgg ctgcctcgct agacaaagtc aagaagacag accgaggaga
   1081 gagaggttga tgtgtctcca ctaccaagag acaggcttct ctaagccagc gagacatccc
   1141 atccaacaat atgaaactgg ccacatttcc ttgagatgtc aacgttgaaa gtgtagctgc
   1201 atctttattc ttcactgtta tgaagttggg tgcaacacag cttgagtgga atacaaaaac
   1261 accgcttgga aacacatgat ctggatttga atcgcagctg tatcattcac ctgctataga
   1321 ctctgagcaa gacctctctg aggttatttc ttcacagtag gtagagacaa gacttacttc
   1381 aaaggttctt aaagttgaac ctgagtcaat gaatgcaaaa gtgttcacat ttaaactgta
   1441 attttaaagc acaatacaag taaatagcat taatatcatt agagagatta acttagcact
   1501 gtgcgtcaca tgattcatca cggccatctg tgagatatca aatagagagg tgaagcctgc
   1561 agtaataaaa aatactgcca tagctataaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaa

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1楼 2015-11-30 17:15:49

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