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lingchiyu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】-找脱氢过渡态

用高斯以下命令找碳链脱氢的过渡态
opt=(maxcyc=200,TS,noeigen,calcfc), freq, b3lyp/6-31G** scfcyc=500
但结果总是氢又回到碳上
请高人指点!看该如何解决?


[ Last edited by lingchiyu on 2008-9-16 at 14:19 ]
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spkeey

金虫 (正式写手)

将H 与C 距离拉远,要比想象中的估计Ts较远。让H从比较远的地方慢慢回到TS上。
SPKEEY
2楼2008-09-16 11:30:11
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lingchiyu

银虫 (小有名气)

谢谢楼上!但是让H从比较远的地方慢慢回到TS上,这样的合理吗?请解释一下其操作合理性。
3楼2008-09-16 14:21:43
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spkeey

金虫 (正式写手)

★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):谢谢参与讨论,欢迎常来计算版
合理, Ts优化得到的只是势能面上的驻点。 不一定是ts
ts 都需要IRc验证,如果 IRC都证明了是的,就没有问题。

另,你说优化会掉往C方向。说明你优化的点离C-H形成的能量最低点(也是驻点)比过渡态(驻点)近,所以你要稍微拉远点试试。

还有个可能有帮助 calall

[ Last edited by spkeey on 2008-9-16 at 14:58 ]
SPKEEY
4楼2008-09-16 14:43:17
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lingchiyu

银虫 (小有名气)

真诚的感谢 spkeey  !!!
5楼2008-09-16 21:15:54
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lingchiyu

银虫 (小有名气)

拉远C-H 键  最后优化得到的-C-H距离为2.576,在-553处有唯一虚频,震动方向就是脱氢的方向,这是过渡态吗?  C-H  距离似乎太远了,已经断键了阿


另,C-H键脱氢虚频位置应该在什么范围内?


[ Last edited by lingchiyu on 2008-9-19 at 09:28 ]
6楼2008-09-19 08:44:45
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spkeey

金虫 (正式写手)

C-H键脱氢虚频位置,这个,这个,除非是也作这个工作的,不然谁知道啊?需要经验的东西。
,不好意思了。你应该好好看看这本书:
Exploring Chemistry with Electronic Structure Method
===================================
频率分析的另外一个用处是判断稳定点的本质。稳定点表述的是在势能面上力为零的点,它即可能是极小值,也可能是鞍点。
极小值在势能面的各个方向都是极小的。而鞍点则是在某些方向上是极小的,但在某一个方向上是极大的,因为鞍点是连接两个极小值的点。
在输出文件中可以从两个方面寻找有关鞍点的信息。
        负的频率;
        频率相应简正振动的模式
鞍点存在有负的振动频率,可以定义存在n个负的频率的结构是n阶鞍点。
要注意发现了一个鞍点并不意味着找到了和反应性能等有关的信息。鞍点是连接两个极小值的点,但这两个点不一定是反应物和产物。
当一个结构产生负的振动频率时,可以表明在该振动方向可能存在着能量更低的结构。判断所得鞍点是不是需要的鞍点的方法,就是察看它的简正振动模式,分析是不是可以导向所需要的产物或反应物。
进一步的,更好的办法是通过IRC计算来判断反应物,产物与得到的鞍点是否有关系。将在第八章讨论。

下面列出了需要描述稳定点时必须考虑的问题
目的        虚频数        显示        应该
寻找极小值        0个        是极小值        比较其他异构体,得到最小值
寻找极小值        1个        不是极小值        继续寻找,尝试改变对称性,或按虚频的振动模式修正分子结构
寻找过渡态        0个        是极小值        尝试Opt=QST2或QST3寻找过渡态
寻找过渡态        1个        是过渡态        判断其是否与反应物,产物相关
寻找过渡态        多个        是高阶鞍点,不是连接两点的过渡态        尝试QST2,或者检查虚频对应的振动模式,其中之一可能是指向反应物和产物,在该点的过渡态方向下修正分子,重新计算
SPKEEY
7楼2008-09-19 10:30:49
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lingchiyu

银虫 (小有名气)

非常感谢spkeey  的热心帮助!
8楼2008-09-19 10:45:04
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spkeey

金虫 (正式写手)

如果不相信,就把距离控制在2.576以内,C-H键长以外,
建议1.8 -2.0左右再作个TS优化
SPKEEY
9楼2008-09-19 10:55:16
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