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分子生物实验室常用的小公式 已有3人参与
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老师从小就教导我们：“先把数据算算对，再去做实验！还有，说的就是你啦，别忘了单位！”。不知道长做分子生物实验的同学们有没有这样的感觉，计算其实是一个十分重要的过程，这关系到整个实验的成功与否。有时候要算个摩尔数啊，再来个摩尔比啊，最后再来个单位换算什么的，一堆一堆，绝对不难。 切入正题，到底哪些公式会比较常用呢？小编认为有一下几种： 1. 摩尔浓度（mol/L）与溶质质量（g） m (g) = Desired Molarity (mol/L) x V溶剂 (L) x M溶质 (g/mol) 2. 稀释倍数n 和稀释液的体积Vadding n =（Cfinal * Vfinal）/（Cstock * Vstock） Vadding = Vfinal – Vstock Final=最终溶液 Stock=储备液/原液 3. 论OD260的重要性（当实验室的Nanodrop坏掉了或被坏人持续占用了） CDNA/RNA (μg/ml) = Absorbance (OD260) * conversion factor conversion factors: 1 OD260 Unit = 50 μg/ml， dsDNA 1 OD260 Unit = 40 μg/ml， ssRNA 1 OD260 Unit = 33 μg/ml， ssDNA 这里的μg/ml也就是ng/μl，所以和Nanodrop测出来的单位是相同的。值得注意的是，这里的每一个OD260­单位对应的核酸浓度只是估算值，毕竟碱基组成不同也会造成折光度的差异，所以在有的网站上，这三组值也会略有差异。 4. DNA/RNA 质量到摩尔数的估测转换 dsDNA: molesdsDNA (mol) = mdsDNA (g)/[(length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol] ssDNA: molesssDNA (mol) = mssDNA (g)/[(length of ssDNA (nt) x 308.97 g/mol) + 18.02 g/mol] ssRNA: molesssRNA (mol) = mssRNA (g)/[(length of ssRNA (nt) x 321.47 g/mol) + 18.02 g/mol] 这里bp就是碱基对数，nt就是核苷酸数。 正常估算来讲一对碱基的平均摩尔质量是650 g/mol，小编这里用的是NEB （New England Biolad）推出的修正公式。617.96 g/mol 其实是除去了每对碱基两端的水分子（聚合成链的过程是要除去一个H和一个OH的）。最后又加上36.04 g/mol，是假设两个-OH和两个-H分别加在最后大分子的两端。这样的算法比直接使用650 g/mol要稍微准确一点，但是整个过程还是建立在估算碱基对平均分子量的基础之上，所以不论哪种方法计算出来的都是平均值而已。 5. 粘合反应（ligation）插入片段和质粒的摩尔比例 Massinsert (g) = (insert/vector molar ratio) x massvector (g) x (ratio of insert/vector lengths) 一般这个插入片段对质粒的摩尔比例可以是2:1或者是3:1，都可以根据自己的实验而定。另外一个重要的比例就是插入片段对质粒的序列长度比。 6. 单位换算 1 ng = 10-3 μg =10-6 mg = 10-9 g = 10-12 kg 1 cm3 = 10-3 dm3 = 10-6 m3 1 cm3 = 1 mL 1 dm3 = 1 L 等等等…… 要了解的运算还很多，小编只是在这里写了些做分子生物实验会用到的，还有其他很多，比如估算蛋白分子质量，蛋白OD280的转化因子等等。NEB有一个网页版简单的BioCalculator，包含了上面所说的这些计算方法，用起来还是很方便的（http://nebiocalculator.neb.com/#!/）。 原文链接http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... e=0#wechat_redirect BioEngX 发自小木虫IOS客户端 |
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4楼2018-12-07 12:55:25
haocui
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