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jieweiwei

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中显示电中性

在一个完整的晶体结构中去掉一个原子后,整个块材料将不再是电中性,若还要保持原来的电中性条件就需要添加或者移走“电子”。在软件中具体该怎么操作呢?
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zhmj

木虫 (小有名气)

这怎么可能,除非你原来的体系不是中性的,否则你移走一个原子(不是离子),应该还是中性的
2楼2008-09-15 21:44:39
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zoujuanzi

银虫 (初入文坛)

这应该是完整表面和缺陷表面的区别吧
3楼2008-09-16 09:39:05
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主

★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):欢迎交流
charge 选项里选择体系的带电量就可以了。
…………
4楼2008-09-16 09:41:43
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philonb

银虫 (小有名气)

★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):欢迎交流
引用回帖:
Originally posted by zoujuanzi at 2008-9-16 09:39:
这应该是完整表面和缺陷表面的区别吧

对,但如果电荷不是整数就需要在input文件中手动添加了。
5楼2008-09-16 11:04:30
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)

大家真是热心啊
这个就是完整表面和缺陷表面的问题。好多文献都显示计算是在中性条件下进行的,但移走了一个原子会产生悬挂键怎么可能还会是电中性呢?
楼上的具体怎么添加呢?
6楼2008-09-16 19:18:23
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢
电中性和悬挂键没有联系吧,只要体系内电子数等于质子数就是电中性的,而无论你的电子是内层电子、成共价键、或者是成悬挂键,所以在模型中取出一个原子,整个模型必然还是电中性的。
注意以上我说的是建模过程中删除一个原子后,模型体系电性的问题。而至于楼主要模拟的缺陷体系到底应不应该有净电荷则是另一个问题了,要具体情况具体分析。如果确实需要体系带电,那么在charge 选项里选择体系的带电量就可以了。不过在周期体系加入净电荷时一定要特别注意,由于超胞间净电荷间的库仑作用是长程的,即使你的超胞选得再大,也无法完全排除超胞间净电荷相互作用导致的计算问题。这个问题需要仔细考虑
7楼2008-09-16 21:12:15
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hopingzmn

金虫 (知名作家)

引用回帖:
Originally posted by zhmj at 2008-9-15 21:44:
这怎么可能,除非你原来的体系不是中性的,否则你移走一个原子(不是离子),应该还是中性的

想问一下:移走一个原子,就是直接点击后delete;如果想移走一个原子,改怎么操作呢?
淡定
8楼2008-09-17 10:22:39
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)

电中性和悬挂键没有联系吧,只要体系内电子数等于质子数就是电中性的,而无论你的电子是内层电子、成共价键、或者是成悬挂键,所以在模型中取出一个原子,整个模型必然还是电中性的。

还想问一下比如在氮化镓晶胞中移走一个氮原子的话,氮原子原本带三个单位的负电荷,那么移走后不就剩下了一个空穴了吗?
还是不明白怎么体系还会显示电中性呢?
9楼2008-09-17 15:13:02
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
这里有两个概念,一个是实际材料,一个是模型建立,不太好说清
举个例子吧
假设两个原子A(+)B(-)构成一个分子体系,且A带一个正电荷。
在实际实验中,拿出了B(-)离子(注意是离子),那么体系剩下了A(+)离子,带一个正电荷,这没有问题。如果强调拿出的是B原子,那么剩下的就是A原子,关于这一点应该也没有问题吧。
而在MS建模的时候,是无法关注“离子”的,你只能添加或删除“原子”。即上面第二种情况:删除B原子后剩下了A原子。当然,你也可以模拟删除离子的情况:把B原子删除后再把体系总电荷设置成+1,体系剩下的就是A(+)离子了
10楼2008-09-17 15:27:12
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