24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 3984  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

createdream

银虫 (初入文坛)

[求助] 固定优化时出现 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.错误已有1人参与

这是输出文件的最后部分Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      645606 IPos=           0 Q=  140049086276936


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    84 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =    50028032 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base         10638949       6012416       4791296      10301952       5117952        518144
End          10639360       6086656       4792320      10313728       5123584        519168
End1         10639360       6086656       4792320      10313728       5123584        519168
Wr Pntr      10638949       6010368       4791296      10301952       5117952        518144
Rd Pntr      10638949       6010368       4791296      10301952       5117952        518144
Length            411         74240          1024         11776          5632          1024

Number              0             0             0             0             0             0
Base           183808        503296       5124608       3767296       7383552       5340672
End            184832        505856       5125120       3768832       7384576       5343232
End1           184832        505856       5125120       3768832       7384576       5343232
Wr Pntr        183808        503296       5124608       3767296       7383552       5340672
Rd Pntr        183808        503296       5124608       3767296       7383552       5340672
Length           1024          2560           512          1536          1024          2560

Number              0             0             0           501           502           503
Base          5989888      12576256      39262482         43520        497152        180224
End           6007808      38609296      50028032         44520        502466        180711
End1          6007808      38609296      50028032         44544        502784        180736
Wr Pntr       6004224      13221862      39262482         43520        497152        180224
Rd Pntr       6004224      12661692      39262482         43520        497152        180224
Length          17920      26033040      10765550          1000          5314           487

Number            508           511           514           515           516           517
Base           519168        332288       2796544       1495552        519680       4745216
End            519198        374776       3121765       2796436       1495343       4788740
End1           519680        374784       3122176       2796544       1495552       4789248
Wr Pntr        519168        332288       2796544       1495552        519680       4745216
Rd Pntr        519168        332288       3121765       1495552        519680       4745216
Length             30         42488        325221       1300884        975663         43524

Number            518           520           521           522           523           524
Base          3769344        517632        490496       6010368       4789248      11284992
End           4745007        517642        490531       6011169       4790852      11930598
End1          4745216        518144        491008       6011392       4791296      11930624
Wr Pntr       3769344        517632        490496       6011168       4789248      11930598
Rd Pntr       3769344        517632        490496       6010368       4789248      11930598
Length         975663            10            35           801          1604        645606

Number            526           528           530           532           534           536
Base          3122176       6086656       4792320       6412288       7384576       7710208
End           3766976       6411877       5117541       6737509       7709797       8035429
End1          3767296       6412288       5117952       6737920       7710208       8035840
Wr Pntr       3122176       6086656       4792320       6412288       7384576       8035429
Rd Pntr       3122176       6086656       4792320       6412288       7384576       7710208
Length         644800        325221        325221        325221        325221        325221

Number            538           551           552           559           561           562
Base          8035840        488448        487424         76288        488960        480768
End           8361061        488486        487460         76290        488961        487410
End1          8361472        488960        487936         76800        489472        487424
Wr Pntr       8361061        488448        487424         76288        488960        480768
Rd Pntr       8035840        488486        487424         76288        488960        487410
Length         325221            38            36             2             1          6642

Number            563           565           571           575           577           579
Base          5123584        506368      10313728        187392        505856        487936
End           5124390        506673      10638949        332125        505908        487990
End1          5124608        506880      10638949        332288        506368        488448
Wr Pntr       5123584        506368      10313728        187392        505856        487936
Rd Pntr       5123584        506368      10313728        187392        505908        487936
Length            806           305        325221        144733            52            54

Number            580           581           582           583           584           598
Base            72192         74240       6007808        502784        506880         76800
End             73832         75952       6010226        502839        507204         76802
End1            74240         76288       6010368        503296        507392         77312
Wr Pntr         72192         74240       6007808        502784        506880         76800
Rd Pntr         72192         74240       6007808        502784        506880         76800
Length           1640          1712          2418            55           324             2

Number            603           605           606           619           634           665
Base          5343232       5343744       6011392        507392      38609296        180736
End           5343233       5343745       6012193        515221      39262482        183350
End1          5343744       5344256       6012416        515584      39262482        183808
Wr Pntr       5343232       5343744       6012193        507392      38609296        180736
Rd Pntr       5343232       5343744       6011392        507392      38609296        180736
Length              1             1           801          7829        653186          2614

Number            670           672           674           685           695           698
Base           491008         41984        184832       6737920        515584        489984
End            496732         42347        185350       7383526        517286        490308
End1           497152         42496        185856       7383552        517632        490496
Wr Pntr        491008         41984        184832       6737920        515584        489984
Rd Pntr        496732         41984        184832       7383526        515584        489984
Length           5724           363           518        645606          1702           324

Number            701           729           742           761           783           989
Base           374784       8361472       3768832        489472       5125120         44544
End            480417      10301514       3768864        489473       5340461         64544
End1           480768      10301952       3769344        489984       5340672         65024
Wr Pntr        374784       8361472       3768832        489472       5125120         44544
Rd Pntr        374784       8361472       3768832        489472       5125120         44544
Length         105633       1940042            32             1        215341         20000

Number            991           992           993           994           995           996
Base            65536         65024         43008         40448         42496         41472
End             72098         65033         43208         40478         42516         41672
End1            72192         65536         43520         40960         43008         41984
Wr Pntr         65536         65024         43008         40448         42496         41472
Rd Pntr         72098         65033         43208         40478         42516         41672
Length           6562             9           200            30            20           200

Number            997           998           999          2551          2556          9999
Base           185856         40960         77312      10639360      11930624       5344256
End            186902         41160        179816      11284966      12576230       5989862
End1           187392         41472        180224      11284992      12576256       5989888
Wr Pntr        185856         40960         77312      11284966      12576230       5989862
Rd Pntr        186902         41160         79816      11284966      12576230       5989862
Length           1046           200        102504        645606        645606        645606


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    52 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =     5275648 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base           696276       2872297       2880138        693864       2869085       5274662
End            697084       2872309       3205469        696274       2870697       5275648
End1           697084       2872309       3205469        696274       2870697       5275648
Wr Pntr        696276       2872297       2880138        693864       2869085       5274662
Rd Pntr        696276       2872297       2880138        693864       2869085       5274662
Length            808            12        325331          2410          1612           986

Number            501           502           503           508           511           520
Base          1347526       1348526       3206350         40448       1359564       1434633
End           1348526       1353840       3206837         40478       1402052       1434643
End1          1348526       1353840       3206837         40478       1402052       1434643
Wr Pntr       1347526       1348526       3206350         40448       1359564       1434633
Rd Pntr       1347526       1348526       3206350         40448       1359564       1434633
Length           1000          5314           487            30         42488            10

Number            521           522           524           526           528           530
Base          1579450       2870697       1579485       2224285       3314488       3639709
End           1579485       2872297       2224285       2869085       3639709       3964930
End1          1579485       2872297       2224285       2869085       3639709       3964930
Wr Pntr       1579450       2870697       1579485       2224285       3314488       3639709
Rd Pntr       1579450       2872297       1579485       2224285       3314488       3639709
Length             35          1600        644800        644800        325221        325221

Number            532           534           536           538           551           552
Base          3964930       4290151        697084       1022305       1434679       1434643
End           4290151       4615372       1022305       1347526       1434717       1434679
End1          4290151       4615372       1022305       1347526       1434717       1434679
Wr Pntr       3964930       4290151        697084       1022305       1434679       1434643
Rd Pntr       3964930       4290151       1022305       1347526       1434679       1434643
Length         325221        325221        325221        325221            38            36

Number            561           562           563           565           575           577
Base          1427938       1427939       4615372       4616178       1434717       1434581
End           1427939       1434581       4616178       4616483       1579450       1434633
End1          1427939       1434581       4616178       4616483       1579450       1434633
Wr Pntr       1427938       1427939       4615372       4616178       1434717       1434581
Rd Pntr       1427938       1427939       4615372       4616178       1434717       1434581
Length              1          6642           806           305        144733            52

Number            579           580           581           582           583           584
Base          3312794       3312848       4616483       4618195       4620613       1404666
End           3312848       3314488       4618195       4620613       4620668       1404990
End1          3312848       3314488       4618195       4620613       4620668       1404990
Wr Pntr       3312794       3312848       4616483       4618195       4620613       1404666
Rd Pntr       3312794       3312848       4616483       4618195       4620613       1404666
Length             54          1640          1712          2418            55           324

Number            603           605           619           634           665           670
Base           696275        696274       2872309         40678       1402052       1353840
End            696276        696275       2880138        693864       1404666       1359564
End1           696276        696275       2880138        693864       1404666       1359564
Wr Pntr        696275        696274       2872309         40678       1402052       1353840
Rd Pntr        696275        696274       2872309        693864       1402052       1359564
Length              1             1          7829        653186          2614          5724

Number            672           674           695           698           701           780
Base          3205469       3205832       1404990       3206837       3207161       4620668
End           3205832       3206350       1406692       3207161       3312794       5274662
End1          3205832       3206350       1406692       3207161       3312794       5274662
Wr Pntr       3205469       3205832       1404990       3206837       3207161       4620668
Rd Pntr       3205469       3205832       1404990       3206837       3207161       5274662
Length            363           518          1702           324        105633        653994

Number            989           993           997           998
Base          1406692       1426692       1426892         40478
End           1426692       1426892       1427938         40678
End1          1426692       1426892       1427938         40678
Wr Pntr       1406692       1426692       1426892         40478
Rd Pntr       1406692       1426692       1426892         40678
Length          20000           200          1046           200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
下面是输入文件
%nprocshared=8
%mem=12GB
%chk=1115-f.chk
# opt=modredundant freq=noraman rb3lyp/6-311++g(d,p) pop=(nbo,full,reg)
geom=connectivity

Title Card Require

0 1
C                -10.74567660   -9.71581365   -0.51672391
C                -11.45516259   -8.65210136    0.04150294
C                -12.83180427   -8.55072287   -0.15800093
C                -13.49939381   -9.51270368   -0.91703564
C                -12.78993577  -10.57587406   -1.47549338
C                -11.41303595  -10.67767634   -1.27501135
H                 -9.66038890   -9.79580134   -0.35894122
H                -14.58482093   -9.43252891   -1.07424982
H                -13.31578614  -11.33418452   -2.07375825
H                -10.85397630  -11.51601578   -1.71520257
C                -11.85883060   -5.54128130    1.83373610
C                -11.92852846   -6.69869764    1.05784884
C                -13.16368664   -7.16089004    0.60399400
C                -14.33001728   -6.46622586    0.92699716
C                -14.26030602   -5.30935838    1.70309961
C                -13.02459397   -4.84660983    2.15618833
H                -10.88487103   -5.17680277    2.19108887
H                -15.30378727   -6.83087196    0.56908437
H                -15.17933291   -4.76166234    1.95784033
H                -12.96986083   -3.93446630    2.76784796
S                -10.54265464   -7.56972854    0.72729591
C                 -3.37386327   -3.97652413   -0.90034256
C                 -4.44967927   -3.17096713   -0.90063056
H                 -2.32407627   -3.68003613   -0.90006056
H                 -4.46103627   -2.08017113   -0.90034856
H                 -5.86612026   -6.41499639   -0.92006047
C                 -3.07124400   -6.69541178   -0.95904191
H                 -2.60295798   -6.65011594   -1.92006038
H                 -2.36903348   -7.05611005   -0.23675586
H                 -3.91057029   -7.35766158   -1.00212994
C                 -7.17069120   -3.77650450   -0.91648308
H                 -7.50505319   -4.54116370   -0.24685754
N                 -3.90184111   -5.39903602   -0.92560070
N                 -5.66518233   -4.14519807   -0.91933051
C                 -5.26387605   -5.42364911   -0.90855027
C                 -7.82490638   -3.60159797   -2.28845619
H                 -7.62094638   -4.60626092   -2.59497320
H                 -7.05166896   -2.95513906   -2.64775378
C                 -9.34351047   -3.34578237   -2.28842238
H                 -9.49812310   -3.64129871   -3.30511557
C                 -9.69777935   -1.86463640   -2.05973005
H                 -9.26543946   -1.61989581   -1.11205697
H                 -9.16602927   -1.35583081   -2.83642737
H                -10.72393959   -1.56176368   -2.07250743
H                 -6.84123501   -2.92838365   -0.35341146
H                 -9.89989317   -4.14860953   -1.78976646
C                 -6.85926950  -11.04871517   -0.88650460
H                 -7.92817413  -11.02778472   -0.84286045
H                 -6.87212140  -11.60433228   -1.80084833
H                 -6.31242058  -11.34915363   -0.01725608
C                 -6.37823415   -9.65153135   -1.00182241
O                 -5.05220731   -9.23498761   -1.01744756
O                 -7.46034267   -8.83258077   -1.09104746
O                 -8.72914964   -7.72062240   -0.02724412

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 21 1.0
3 4 1.5 13 1.0
4 5 1.5 8 1.0
5 6 1.5 9 1.0
6 10 1.0
7
8
9
10
11 12 1.5 16 1.5 17 1.0
12 13 1.5 21 1.0
13 14 1.5
14 15 1.5 18 1.0
15 16 1.5 19 1.0
16 20 1.0
17
18
19
20
21
22 23 2.0 24 1.0 33 1.0
23 25 1.0 34 1.0
24
25
26
27 28 1.0 29 1.0 30 1.0 33 1.0
28
29
30
31 32 1.0 34 1.0 36 1.0 45 1.0
32
33 35 1.0
34 35 1.0
35
36 37 1.0 38 1.0 39 1.0
37
38
39 40 1.0 46 1.0 41 1.0
40
41 42 1.0 43 1.0 44 1.0
42
43
44
45
46
47 48 1.0 49 1.0 50 1.0 51 1.0
48
49
50
51 53 1.0 52 2.0
52
53
54

B 53 54 F
B 54 21 F
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by createdream at 2015-11-18 21:35:34
是固定了原子,这个错误是怎么回事呢?...

单看你的输出文件没看出错误,输入文件问题也不大,会不会是磁盘满了?
我在去掉了诸如geom=connectivity和pop=full等一些不要的参数后帮你算下
7楼2015-11-19 07:13:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

枪下游魂

木虫 (著名写手)

读写文件错误,把完整的输出文件贴出来
2楼2015-11-17 08:02:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

createdream

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-11-17 08:02:16
读写文件错误,把完整的输出文件贴出来

输出文件已上传,谢谢指导!

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1115-f.log
  • 2015-11-17 12:32:19, 9.75 M
3楼2015-11-17 12:33:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xytk04

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把输入文件的最后两行去掉,这是个single point,最后两行是固定了原子间距离吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2015-11-17 19:23:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见