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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【分享】教你如何在CIF文件中表达氢键
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问xi兄有没有C-H...C的氢键，前几天有人问过我，我在看文献时没注意到，自己感觉好像应该不存在这种方式。请指教！
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51楼2009-08-11 20:01:26
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-8-11 20:01:
请问xi兄有没有C-H...C的氢键，前几天有人问过我，我在看文献时没注意到，自己感觉好像应该不存在这种方式。请指教！

老实说我对这个没有研究.

IUCR如是说:

http://journals.iucr.org/services/cif/hbonds.html

hydrogen-bond considerations
Descriptions and discussion of weak and non-conventional hydrogen bonds (C-H...X, X-H...C and C-H...C) need not always parallel what is accepted for the stronger and more conventional types of hydrogen-bond interactions (X-H...X). The following may be noted:

(1) The van der Waals criterion for a weak hydrogen bond can sometimes be unnecessarily restrictive. This criterion is without real scientific basis because hydrogen bonds and van der Waals interactions have different distance dependence characteristics. In practical terms this means that a short hydrogen bond formed by an activated C-H donor (chloroform, alkyne or more acidic C-H group) would usually be correctly identified. The problem arises for longer contacts formed by donors of moderate activity. Here, a more detailed look is often necessary and useful. In general, statements like `the contact is shorter than the van der Waals limit and is therefore a hydrogen bond' should be avoided.

(2) Unlike strong hydrogen bonds, the weaker varieties are easily distorted by the crystal environment. Therefore, it is useful to discuss hydrogen-bond lengths and angles jointly. A longer C-H...O contact (D > 3.6 Å may be acceptable as a hydrogen bond if the angle tends towards linearity ( > 150°). Very short C-H...O contacts (D < 3.2 Å with very bent angles (90-110°) should be viewed with some scepticism. In cases of doubt, angular considerations should take precedence over length considerations.

(3) Unactivated methyl groups could pose special problems. These are known to sometimes form very short hydrogen-bond-like contacts (perhaps even tending to linearity) but these contacts are most likely repulsive and possibly even destabilising. This situation is, however, uncommon. Methyl groups also form genuine hydrogen bonds.

In summary, the results of commonly used geometry programs should not be transferred directly and routinely into tables without adequate inspection of the molecular and crystal structure. Unqualified statements like `the structure is stabilized by C-H...O hydrogen bonds' should be avoided. The study of weak hydrogen bonds is still evolving. Factors like donor acidity, acceptor basicity, hydrogen-bond length, hydrogen-bond angle and possible co-operativity effects should be assessed (even if they are not commented upon explicitly in the paper). For further information, authors could refer to some of the following:

(a) Desiraju, G. R. (1991). Acc. Chem. Res. 24, 270.
(b) Desiraju, G. R. (1996). Acc. Chem. Res. 29, 441.
(c) Steiner, T. (1996). Crystallogr. Rev. 6, 1.
(d) Steiner, T. (1997). Chem. Commun. 727.
(e) Desiraju, G. R. & Steiner, T. (1999). In The Weak Hydrogen Bond in Structural Chemistry and Biology, Oxford University Press.


-----------------------
再提供一些连接,你看后来告诉大家吧.

http://d.wanfangdata.com.cn/NSTLQK_NSTL_QK3698391.aspx

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp054123n

http://cat.inist.fr/?aModele=afficheN&cpsidt=16470689


http://cat.inist.fr/?aModele=afficheN&cpsidt=10971303


http://www.kubinyi.de/dd-05.pdf


http://citation.nstl.gov.cn/detail.jsp?internal_id=352036

Organometallics , 2006, 25 (24) : 5709-5723


http://www.sciencedirect.com/sci ... 77ffc2f09bce94c1478
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52楼2009-08-11 22:06:18
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
有劳xi兄
多谢
呵呵
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53楼2009-08-12 08:37:05
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123dxe

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太厉害了，学习了
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56楼2011-01-08 17:13:15
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wsht212

荣誉版主 (文学泰斗)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

O(∩_∩)O谢谢
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57楼2011-01-08 20:10:59
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410182245

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太好的资源啦！非常感谢！！！
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58楼2011-02-11 19:55:22
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pandangel

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

讲的真好，学习了！
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59楼2011-03-24 14:09:35
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josnail

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

刚学习的小虫子，还没有见过软件界面，但是感觉楼主很专业。
呵呵

如果楼主有时间，是否可以，用一个桌面录制软件，把你的操作过程录制下来，可以更方便的帮助我们这些新虫子学习。
谢谢了
受教了
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62楼2011-10-30 08:53:55
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cxyuan

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

xi2004老师好专业，非常感谢
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63楼2011-11-30 13:27:15
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
1楼: Originally posted by xi2004 at 2008-09-15 11:53:23:
本来是回答4028...同学的问题的. 但那个主题不知道为何被删除了.
看其他人也老在问, 就在这里说一说.


问题一:
向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢?[/c ...

谢谢！学到东西了。
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65楼2012-01-20 04:21:53
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panda2011

新虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问老师，.ins在什么里打开？然后加HTAB命令呢？ins是不是要加氢后得到的？谢谢老师了
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66楼2012-02-12 19:27:33
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qdnewyear

禁虫 (正式写手)
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67楼2012-06-11 08:57:16
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
17623697楼: Originally posted by qdnewyear at 2012-06-11 08:57:16
请问高手您“arad 0.2 2 2 O21”中的“0.2 2 2”是意思，怎么确定的？？？...

具体含义可以在xp中 help arad查看。
其目的是扩大原子的半径，这样，本来不会连接的O---H 或O...O就会连接起来。就可以获知O21周围较近的H, O的情况。
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68楼2012-06-11 09:20:15
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qdnewyear

禁虫 (正式写手)
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69楼2012-06-12 07:17:12
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
17623823楼: Originally posted by qdnewyear at 2012-06-12 07:17:12
首先非常感谢您的回复和帮助，另外我还有一问题：
我按您提供的找氢键的方式用platon处理后，得知晶体中存在分子间弱氢键（晶体堆积图中显示也有），数据和表示如下
2       1 C(17) --H(17)  ..O(1)          0. ...

你找错了。 H是C17上的。 应该 arad 0.2 2 $c $o
envi C17, 找到 O1的对称码
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70楼2012-06-12 08:22:17
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qdnewyear

禁虫 (正式写手)
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71楼2012-06-12 13:32:28
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
17623873楼: Originally posted by qdnewyear at 2012-06-12 13:32:28
按您说的，我处理后在CIF文件中出现了分子间的弱氢键C(17) --H(17)  ..O(1)   。
现在还有两个问题，请问您：
(1)关于这也氢键的对称码在哪去找到？我发现在CIF文件中根本没有出现在.ins文件填写的：$1  对称码。 ...

1. 你是在.ins中用了
eqiv $1 ? ? ?
htab c17 o1_$1
吗？
那么放心， 对称操作码已经在cif中了，是O1的对称码
比如  C17 H17 O1 170.92(18) . 2_566 ?
表明O7的对称操作是 2_566, 2指的是CIF中的第二个对称操作，566是 xy z坐标的平移量
2. 就用这个好了。 参见 xp中的 help arad的解释。
  看不到再找我。
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72楼2012-06-12 14:09:24
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qdnewyear

禁虫 (正式写手)
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73楼2012-06-12 20:59:25
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
17623945楼: Originally posted by qdnewyear at 2012-06-12 20:59:25
再次非常感谢您，问题（1）已经弄明白了。问题（2）还是不太明白，虽然我看了help arad，里面解释了arad ar br sr keywords,关键你前面举例arad 0.2 2 2这些数值0.2 2 2怎么选定的，还有 $c $o怎么可以这么用keywo ...

那个help arad的英文说明其实已经很明白了。

arad ar br sr keywords
arad就是原子半径的意思，即这个命令是用来改变原子半径的。
一个原子的半径是由其原子类型决定的。
比如C原子，
如果你打 info $c
你就可以发现 所有碳原子的ar, br, 是多少。
ar是画圆圈图（即把原子画成圆圈）时某种原子或某个原子的半径，缺省值是0.2
br是原子的成键半径。设原子 a的半径是0.8, 原子b的半径是0.77, 则程序将自动把 Ra+Rb+delta （其中 delta =0.5） 距离内的a和b连起来。
所以，一般把 br改为2就可以看到氢键距离了。
sr是画spce-filling图时的原子半径。

$c $o 是表示所有C,所有O的意思。
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74楼2012-06-13 08:21:07
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qdnewyear

禁虫 (正式写手)
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75楼2012-06-13 19:51:47
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563078032

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8644958楼: Originally posted by xi2004 at 2008-09-15 11:53:23
本来是回答4028...同学的问题的. 但那个主题不知道为何被删除了.
看其他人也老在问, 就在这里说一说.


问题一:
向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢?

正确次序如下:

1. 先在.ins中加 ...

老师你好，我在publcif中编辑了cif之后，在http://journals.iucr.org/c/journalhomepage.html上传了编辑后的cif后，就出现下面的内容，是不是编码不对，我也不会改，请教您一下。第一次投稿，啥也不懂。谢谢您。
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76楼2012-07-16 14:35:36
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563078032

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8644958楼: Originally posted by xi2004 at 2008-09-15 11:53:23
本来是回答4028...同学的问题的. 但那个主题不知道为何被删除了.
看其他人也老在问, 就在这里说一说.


问题一:
向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢?

正确次序如下:

1. 先在.ins中加 ...

submission problem
There has been a problem with your submission.

Your file is not in CIF format or has CIF syntax errors.

WARNING: Non-printable ASCII character \0242 at line 67
>>> "Synthesis"
*** The CIF should contain only alphanumeric or punctuation characters
    defined as printable in the ASCII character set.
WARNING: Non-printable ASCII character \0361 at line 67
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 67
WARNING: Non-printable ASCII character \0344 at line 67
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 161
>>> "synthesized"
WARNING: Non-printable ASCII character \0346 at line 161
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 175
>>> "[PW^VI^~10~W^V^~2~O~40~Ni(2,2¡¯-bipy)~2~(H~2~O)]^3-.."
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 175
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 176
>>> "[Cu(2,2¡¯-bipy)~2~]{AlW~11~^VI^W^V^O~40~[Cu(2,2¡¯-b..."
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 176
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 176
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 176
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
>>> "{Ag~3~(2,2¡¯-bipy)~2~(4,4¡¯-bipy)~2~}{Ag(2,2¡¯-bipy..."
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
-------------------------------------------------------------------------
Only the first 20 errors are printed out. Please fix these and try again!
-------------------------------------------------------------------------
Please fix this problem before trying to resubmit. If you continue to experience difficulties, you may contact support@iucr.org for advice
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77楼2012-07-16 14:36:14
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563078032

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8644958楼: Originally posted by xi2004 at 2008-09-15 11:53:23
本来是回答4028...同学的问题的. 但那个主题不知道为何被删除了.
看其他人也老在问, 就在这里说一说.


问题一:
向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢?

正确次序如下:

1. 先在.ins中加 ...

submission problem
There has been a problem with your submission.

Your file is not in CIF format or has CIF syntax errors.

WARNING: Non-printable ASCII character \0242 at line 67
>>> "Synthesis"
*** The CIF should contain only alphanumeric or punctuation characters
    defined as printable in the ASCII character set.
WARNING: Non-printable ASCII character \0361 at line 67
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 67
WARNING: Non-printable ASCII character \0344 at line 67
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 161
>>> "synthesized"
WARNING: Non-printable ASCII character \0346 at line 161
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 175
>>> "[PW^VI^~10~W^V^~2~O~40~Ni(2,2¡¯-bipy)~2~(H~2~O)]^3-.."
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 175
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 176
>>> "[Cu(2,2¡¯-bipy)~2~]{AlW~11~^VI^W^V^O~40~[Cu(2,2¡¯-b..."
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 176
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 176
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 176
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
>>> "{Ag~3~(2,2¡¯-bipy)~2~(4,4¡¯-bipy)~2~}{Ag(2,2¡¯-bipy..."
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
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WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0241 at line 178
WARNING: Non-printable ASCII character \0257 at line 178
第一次投稿，啥也不懂，请教您一下，谢谢，在http://journals.iucr.org/c/journalhomepage.html上传了publcif.出现了上面警告。
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78楼2012-07-16 14:39:13
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
17628391楼: Originally posted by 563078032 at 2012-07-16 14:39:13
submission problem
There has been a problem with your submission.

Your file is not in CIF format or has CIF syntax errors.

WARNING: Non-printable ASCII character \0242 at line 67
>>> ...

似乎是分子式中有些符号不太对。
有具体的CIF倒是可以帮你改。
不过，还是投过acta 的更在行吧。 我也不是很熟悉。
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79楼2012-07-16 18:13:43
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563078032

木虫 (正式写手)

★ 一星级,一般

引用回帖:
17628430楼: Originally posted by xi2004 at 2012-07-16 18:13:43
似乎是分子式中有些符号不太对。
有具体的CIF倒是可以帮你改。
不过，还是投过acta 的更在行吧。 我也不是很熟悉。...

老师：你好
Alert level A
PLAT761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ......................          ?
PLAT762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........          ?
用Shelxtl软件怎么修改，谢谢，老师
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80楼2012-07-18 12:37:27
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那肯定啊

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不愧是精华帖,高度赞赏
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81楼2012-08-24 10:16:27
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guanqinglin

木虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

老师您真是太厉害了，最近在投一个稿件，修改意见就让修改对称码，一直都是用PLATON生成的直接用，但看了您的贴子才知道这里面大有文章啊，先学习下，膜拜下！
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82楼2014-03-24 21:54:05
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pppang

木虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太好啦

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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83楼2016-12-31 00:39:22
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简单回复
dongdong693054楼
2009-08-12 08:38   回复  
破茧55楼
2011-01-07 10:42   回复  
五星好评  
chuquzouzou60楼
2011-09-28 13:53   回复  
五星好评  
hkh82122761楼
2011-09-29 22:16   回复  
五星好评  
cslgchj64楼
2011-12-03 15:55   回复  
五星好评  
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