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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】autodock4.0中水分子的问题（3金币）
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】autodock4.0中水分子的问题（3金币）

请教各位高手，我在用autodock4.0做对接时，按照教程都是将大分子的*.pdb文件中的水分子删去，但是针对我自己研究的靶点来说，需要考虑个别水分子在蛋白质和小分子配体之间的氢键介导作用，请问是否可以不删除水分子而进行对接呢？
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1楼 2008-09-14 11:02:58
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):谢谢
不删水分子的对接反正用autodock是做不到的吧！
其它的我没过多做过，但凭常识来说，对接都是要求一个受体一个配体，应该是不可以的。
在分子对接中，对水分子的考虑仅限于“溶剂化作用”而已。
其它的不能考虑那么多
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2楼2008-09-14 12:33:11
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weishenme

金虫 (小有名气)
把你认为重要的留着吧。
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3楼2008-09-14 12:33:47
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2008-9-14 12:33:
不删水分子的对接反正用autodock是做不到的吧！
其它的我没过多做过，但凭常识来说，对接都是要求一个受体一个配体，应该是不可以的。
在分子对接中，对水分子的考虑仅限于“溶剂化作用”而已。
其它的不能考虑 ...

请教一下：我在对接时有一个水分子在配体和受体的相互作用中起到比较重要的氢键介导作用，这样的话可不可以只保留这一个水分子？如果可以的话如何保留？不胜感激！
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4楼2008-09-14 12:37:56
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
swordzj858(金币+1,VIP+0):Thanks
weishenme,我刚刚想了一下你说的，也有道理，不过那个水在蛋白上电荷能赋过去么？不会出错吗？还真没试过这个。

但话又说回来，即使能行，也没有多大意义啊，毕竟水分子是很多的，而且是有流动性的，不会局限于蛋白上随机加的那几个分子。所以，个人观点，这样做的意义不大
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5楼2008-09-14 12:38:51
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
如果你可以确定那个位置的水分子有作用的话，那可以留着这个水分子。
具体做法我想只能是这样：用label的方法标注出那个水分子的号，然后在蛋白分子文件中全部删除ＨＯＨ，只保留那个需要的号的水分子。
不知我说清楚了没有
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6楼2008-09-14 12:42:53
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
ＰＳ：这样做只是能做到在蛋白中保留了这个分子，但是具体在autodock中赋力场电荷是否可以通过，对接是否会有错误，这个还得试验，我也不敢太确认
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7楼2008-09-14 12:44:22
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weishenme

金虫 (小有名气)
意义真的很难说，但应该是可以实现的，电荷是可以自己手动修改的。
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8楼2008-09-14 14:57:10
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