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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中如何求每个原子的总能量
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小讨厌123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps中如何求每个原子的总能量 已有1人参与

用lammps模拟pt—ar系统，只想求一下ar的每个原子的平均能量，这个语句和输出文件语句怎么求？谢谢
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相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论
1楼 2015-11-09 21:23:54
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小讨厌123: 金币+10, ★有帮助 2015-11-10 12:32:31
看一下
compute ke/atom 算出动能 http://lammps.sandia.gov/doc/compute_ke_atom.html
compute pe/atom 算出势能 http://lammps.sandia.gov/doc/compute_pe_atom.html
用compute reduce，把两者加起来，就是总能量  http://lammps.sandia.gov/doc/compute_reduce.html
最后再计算出所有ar原子数(用variable中的count函数http://lammps.sandia.gov/doc/variable.html)，除一下就好了
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2楼2015-11-10 07:00:29
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小讨厌123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2015-11-10 07:00:29
看一下
compute ke/atom 算出动能 http://lammps.sandia.gov/doc/compute_ke_atom.html
compute pe/atom 算出势能 http://lammps.sandia.gov/doc/compute_pe_atom.html
用compute reduce，把两者加起来，就是总能 ...

谢谢你的回答    但是还有些地方不明白
1、计算了ke/atom和pe/atom不就是每个原子的能量吗？直接加起来他们不就是每个原子的能量吗，  为什么还要除ar的原子数呢
2、compute reduce这个命令没有看懂  compute 1 all reduce sum c_ke c_pe这样写对吗  
3、我想输出的是平均能量随时间的变化，可是用fix ave/time有错误提示是fix ave/time compute does  not calculate a scalar
我的程序是这样写的
compute ar_pe ar pe/atom     #直接计算Ar中每个原子的动能和势能
compute ar_ke ar ke/atom
compute ar_total ar reduce sum c_ar_ke c_ar_pe   # 这样是不是将动能和势能的值加起来了
fix 1  all ave/time 1 1000 1000 c_ar_total file info.data  #输出每一时刻的平均能量
可是这样写有错误 fix ave/time compute does  not calculate a scalar   您能帮我改一下吗  看哪里有问题  ，该怎么改，我就是想要能量随时间的变化  谢谢
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相变lammps模拟 QQ475177935 欢迎交流讨论
3楼2015-11-10 13:01:30
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uy_naiT

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小讨厌123 at 2015-11-10 13:01:30
谢谢你的回答    但是还有些地方不明白
1、计算了ke/atom和pe/atom不就是每个原子的能量吗？直接加起来他们不就是每个原子的能量吗，  为什么还要除ar的原子数呢
2、compute reduce这个命令没有看懂  compute 1 ...

不知楼主这个问题解决没有？想请教一下
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4楼2018-03-21 16:12:02
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