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混乱的流动

银虫 (小有名气)

[求助] Ewald summation求助 已有1人参与

请问谁有Ewald summation 的程序段,我想用一下。实现以下目的:在三维计算区域内有1000个球体,带电量为q,其中y-z方向是周期性边界条件,x方向没有周期性。用Ewald 应该能算出库伦静电作用势或者静电作用力吧?
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lsloneil

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果使用lammps,可以使用kspace_modify slab这个命令,详细说明参见
http://lammps.sandia.gov/doc/kspace_modify.html

不过说明一下,Ewald summation适用的是电中性体系,如果你的体系非中性,贸然使用Ewald summation会带来误差,而且体系总电荷距离0越远,误差越大。
2楼2015-11-09 16:09:41
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混乱的流动

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-11-09 16:09:41
如果使用lammps,可以使用kspace_modify slab这个命令,详细说明参见
http://lammps.sandia.gov/doc/kspace_modify.html

不过说明一下,Ewald summation适用的是电中性体系,如果你的体系非中性,贸然使用Ewald ...

也就是正负电荷量差不多才行?为什么有这样的特性?

发自小木虫IOS客户端
3楼2015-11-09 20:02:28
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 混乱的流动 at 2015-11-09 00:02:28
也就是正负电荷量差不多才行?为什么有这样的特性?
...

是的。因为如果总电荷不为0的话,Ewald summation在k空间求和那一部分的级数会发散。通常为了避免这种问题,分子模拟的程序在处理非电中性系统的Ewald summation是都会给系统加上一个均匀分布的背景电荷密度来中和这部分电荷。如果你的体系净电荷不大(比如说只有-2 e),那么这个背景电荷的影响是比较小的,反之,如果你的体系净电荷很大,那么Ewald summation带来的误差就会很大。
4楼2015-11-09 23:24:06
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chuntao118

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-11-09 16:09:41
如果使用lammps,可以使用kspace_modify slab这个命令,详细说明参见
http://lammps.sandia.gov/doc/kspace_modify.html

不过说明一下,Ewald summation适用的是电中性体系,如果你的体系非中性,贸然使用Ewald ...

如果是谁分子体系的话需要注意些什么?在这里你说的体系是非中性指的是分子本身?还是系统本身是中性、系统的分子可以是极性分子(比如:水分子体系)?
5楼2015-11-10 08:26:32
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-11-09 12:26:32
如果是谁分子体系的话需要注意些什么?在这里你说的体系是非中性指的是分子本身?还是系统本身是中性、系统的分子可以是极性分子(比如:水分子体系)?...

系统必须是中性,分子可以不是中性,只要系统总电荷为0就行。
6楼2015-11-10 09:26:52
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