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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求助 怎么进行BSSE校正？
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ideal2007

银虫 (正式写手)

[交流] 求助 怎么进行BSSE校正？

求助  
对于阴阳离子结合之后怎么进行校正？
不知道输入文件怎么写
接触模拟时间不长  很多不明白的
请大家多多指教
现在很着急
%chk=3 .chk
%mem=6MW
%nproc=1
Will use up to    1 processors via shared memory.
Default route:  MaxDisk=2000MB
------------------------------------------------
# opt freq b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
------------------------------------------------
  -------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C
C                    1    B1
H                    1    B2       2    A1
H                    1    B3       2    A2       3    D1       0
H                    1    B4       2    A3       4    D2       0
H                    2    B5       1    A4       5    D3       0
H                    2    B6       1    A5       5    D4       0
N                    2    B7       1    A6       5    D5       0
C                    8    B8       2    A7       1    D6       0
C                    8    B9       2    A8       1    D7       0
C                    9    B10      8    A9       2    D8       0
H                    10   B11      8    A10      2    D9       0
H                    9    B12      8    A11      2    D10      0
N                    10   B13      8    A12      2    D11      0
C                    14   B14      10   A13      8    D12      0
H                    11   B15      9    A14      8    D13      0
H                    15   B16      14   A15      10   D14      0
H                    15   B17      14   A16      10   D15      0
H                    15   B18      14   A17      10   D16      0
B                    10   B19      8    A18      2    D17      0
F                    20   B20      10   A19      8    D18      0
F                    20   B21      10   A20      8    D19      0
F                    20   B22      10   A21      8    D20      0
F                    20   B23      10   A22      8    D21      0
       Variables:
  B1                    1.51798                  
  B2                    1.11685                  
  B3                    1.11807                  
  B4                    1.11604                  
  B5                    1.13732                  
  B6                    1.12737                  
  B7                    1.44896                  
  B8                    1.40634                  
  B9                    1.37483                  
  B10                   1.39779                  
  B11                   1.13272                  
  B12                   1.09094                  
  B13                   1.376                    
  B14                   1.43621                  
  B15                   1.09089                  
  B16                   1.12142                  
  B17                   1.12292                  
  B18                   1.13112                  
  B19                   3.13753                  
  B20                   1.33816                  
  B21                   1.32865                  
  B22                   1.3016                  
  B23                   1.32862                  
  A1                  111.30894                  
  A2                  107.85422                  
  A3                  111.76475                  
  A4                  109.93811                  
  A5                  109.77425                  
  A6                  114.40157                  
  A7                  126.61614                  
  A8                  124.75111                  
  A9                  107.3043                  
  A10                 125.67792                  
  A11                 122.3646                  
  A12                 108.59368                  
  A13                 124.75084                  
  A14                 130.39177                  
  A15                 109.22019                  
  A16                 109.52993                  
  A17                 108.87732                  
  A18                 116.03995                  
  A19                  68.27636                  
  A20                  68.66215                  
  A21                 179.4132                  
  A22                  68.5619                  
  D1                  118.73738                  
  D2                  119.40468                  
  D3                  179.05511                  
  D4                   59.75593                  
  D5                  -60.70076                  
  D6                   97.9104                  
  D7                  -87.84132                  
  D8                  174.56385                  
  D9                    1.61714                  
  D10                  -4.77287                  
  D11                -174.63411                  
  D12                 174.2801                  
  D13                -179.24405                  
  D14                -154.05261                  
  D15                  85.80746                  
  D16                 -34.35564                  
  D17                 -41.31588                  
  D18                 114.15273                  
  D19                  -5.27482                  
  D20                 118.99615                  
  D21                -126.33802                  


                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        0.000000    0.000000    0.000000
    2          6             0        0.000000    0.000000    1.517982
    3          1             0        1.040492    0.000000   -0.405858
    4          1             0       -0.511675   -0.933147   -0.342796
    5          1             0       -0.547072    0.880347   -0.413824
    6          1             0        0.549263   -0.917278    1.905814
    7          1             0       -1.060468   -0.029879    1.899387
    8          7             0        0.636553    1.155838    2.116591
    9          6             0       -0.005263    2.308103    2.604603
   10          6             0        1.978091    1.251824    2.401601
   11          6             0        0.972963    3.106505    3.204140
   12          1             0        2.757893    0.459398    2.184737
   13          1             0       -1.079902    2.465633    2.502238
   14          7             0        2.201215    2.433876    3.069681
   15          6             0        3.460849    2.829682    3.634797
   16          1             0        0.887666    4.070365    3.707860
   17          1             0        3.278040    3.540760    4.482467
   18          1             0        4.084227    3.332099    2.847442
   19          1             0        3.994937    1.909540    4.018867
   20          5             0        3.314079   -1.311959    3.620727
   21          9             0        3.797862   -1.031860    2.404932
   22          9             0        2.001378   -1.467844    3.487234
   23          9             0        3.876503   -2.376173    4.115983
   24          9             0        3.532792   -0.243130    4.379013


怎么写counterpoise 的校正输入文件


多谢大家了啊
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1楼 2008-09-12 10:46:09
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ideal2007

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by suntao1982 at 2008-9-16 09:40:
你的只有阴离子，哪有阳离子啊

C
C                    1    B1
H                    1    B2       2    A1
H                    1    B3       2    A2       3    D1       0
H                    1    B4       2    A3       4    D2       0
H                    2    B5       1    A4       5    D3       0
H                    2    B6       1    A5       5    D4       0
N                    2    B7       1    A6       5    D5       0
C                    8    B8       2    A7       1    D6       0
C                    8    B9       2    A8       1    D7       0
C                    9    B10      8    A9       2    D8       0
H                    10   B11      8    A10      2    D9       0
H                    9    B12      8    A11      2    D10      0
N                    10   B13      8    A12      2    D11      0
C                    14   B14      10   A13      8    D12      0
H                    11   B15      9    A14      8    D13      0
H                    15   B16      14   A15      10   D14      0
H                    15   B17      14   A16      10   D15      0
H                    15   B18      14   A17      10   D16      0
这个不就是阳离子吗？
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8楼2008-09-16 11:15:34
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jghe

金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
用Counterpoise=n， n为你要分开的部分, 每一部分后面用数字表出来。看看手册上这个关键词的介绍吧，有例子
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-09-12 20:43:29
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spkeey

金虫 (正式写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
例子：
#        MP2/6-31G      Counterpoise=2   （注意这个2）        Opt（也可以是sp...）
0,1 （注意）
1 0.00 0.00 0.92              1    ‘片断1
9 0.17 0.00 2.73              2    ‘片断2
1 0.77 0.00 3.43              2    ‘片断2
9 0.00 0.00 0.00              1    ‘片断1

0，1部分：
总电荷, 总自旋, 片段1的电荷, 片段1的自旋多重度, 片段2的电荷, 片段2的自旋多重度... ...
这个例子是一致的 0，1 所以省略。。
赞一下(10人) 回复此楼
SPKEEY
3楼2008-09-12 21:17:18
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spkeey

金虫 (正式写手)
★
gromacs(金币+1,VIP+0):感谢建议
使用Z矩阵比较而言麻烦，你还是用直角坐标好用，只需在每个Xyz坐标后面标明片断即可。
赞一下(10人) 回复此楼
SPKEEY
4楼2008-09-12 21:19:25
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