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繁星寥落

木虫 (正式写手)

[求助] 旋转能厽计算 已有1人参与

小女子初学高斯,最近在研究势能面的扫描,但是由于基础薄弱,有很多问题,特来请教。我现在做的是一个异丁胺(图13,见附件)的二面角的一个360度旋转的柔性扫描,扫描的是二面角2158,另C8旋转。计算预期得到的目标图形见附件图14。问题1:由于使用的cif文件中的原子坐标在gaussian中转成内坐标后,图11中的上半部分原子坐标及角度二面角等可以看懂,但是下半部分也就是图12中的这些代表什么意思,不懂,是不是scan 的时候不用修改这些?
问题2:scan 设置(D -55.847 S 180 2.0)是否正确?  用windows 版本算2步都需要很长时间,是不是哪里设置有误?
问题3:在linux中怎么修改输入文件,如何设置?
请各位计算大牛伸出援手不吝赐教,小女子恭候佳音,感激不尽!
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繁星寥落

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yangxing0827 at 2015-11-09 10:16:39
问题1,12中的数据没什么大的用处,你改或者删掉都可以。
问题2,设置可能有点问题。在gaussian view中设置scan-relaxed(Z-matrix),并且在存储输入文件的时候,把write cartesian的√去掉。就可以你生成想要的坐标, ...

不好意思,我写错了,我想做的是刚性扫描,写成柔性了。刚性扫描计算之前要手动设定scan参数,就是我设置的这个参数您知道有哪里不对吗?谢谢应助!
Tomorrow is another day!
4楼2015-11-09 22:13:53
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繁星寥落

木虫 (正式写手)

自己顶一下,请大家帮帮忙!

发自小木虫Android客户端
Tomorrow is another day!
2楼2015-11-08 10:01:07
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yangxing0827

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
繁星寥落: 金币+2, 有帮助 2015-11-11 21:14:24
问题1,12中的数据没什么大的用处,你改或者删掉都可以。
问题2,设置可能有点问题。在gaussian view中设置scan-relaxed(Z-matrix),并且在存储输入文件的时候,把write cartesian的√去掉。就可以你生成想要的坐标,然后在想要改变的二面角后面加上360 -2.0等等,这个看你自己的想法。
问题3,windows不一定慢,主要是看你的电脑运行内存和CPU,想换到linux下计算有些想要转化一下,有些不转化也可以算。
自信,理解
3楼2015-11-09 10:16:39
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yangxing0827

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 繁星寥落 at 2015-11-09 22:13:53
不好意思,我写错了,我想做的是刚性扫描,写成柔性了。刚性扫描计算之前要手动设定scan参数,就是我设置的这个参数您知道有哪里不对吗?谢谢应助!...

单独替换其中的一个数据用D来表示,好像gaussian里面并不能识别。
自信,理解
5楼2015-11-10 19:23:38
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