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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [交流讨论]关于膜蛋白能量最小化的问题
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zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] [交流讨论]关于膜蛋白能量最小化的问题

请大家帮忙，非常感谢！
我的体系是由四部分的离子通道膜蛋白加DOPC双层膜组成，选择gromacs力场，进行能量最小化，也就是第一个mdrun时，有以下出错信息：
Range checking error:
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
errors that give particles very high velocities you might end up with some
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 24389 ]
Please report this to the mailing list (gmx-users@gromacs.org)

怎么回事啊？

[ Last edited by zhlrui on 2008-9-17 at 19:17 ]
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为了理想而奋斗
1楼 2008-09-10 09:47:55
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gromacs

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
csfn(金币+4,VIP+0):3q~
力场是需要做一些修改的，根据你的报错信息来针对性的改
itp只需要include就可以了
赞一下(10人) 回复此楼
"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
2楼2008-09-10 12:27:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhlrui

银虫 (小有名气)
出错信息已经写出来了，大家帮忙看看啊，多谢多谢
赞一下 回复此楼
为了理想而奋斗
3楼2008-09-12 10:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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