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越冬的蚂蚱

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助生物信息学基础知识 已有1人参与

初学，越基础越好，主要是ncbi上的数据库分不清，什么时候用est,geo datebase?什么时候用geo profile?什么时候用blastn, blastp,blastx,tblastn.....这类比较基础的问题

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1楼 2015-10-31 01:39:06
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潇湘、西瓜匠

新虫 (初入文坛)
同求

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木有西瓜的冬天~~~
2楼2015-10-31 13:31:34
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yuyan5210

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
越冬的蚂蚱: 金币+1, ★有帮助 2015-10-31 18:47:18
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-11-01 18:08:56
（1）目前国际上主要生物信息数据库资源包括NCBI, USA; EMBL, European; DDBJ, Japan。
   （2）这些信息数据库中有部分物种的全部基因组序列，蛋白质序列，以及序列的注释信息，另外还可以检索文献，搜索相似序列，进行多序列比对，等等；在研究一些问题，包括基因的组织，序列的分析和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。
  （3）BLAST的含义是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果的可靠性是通过应用BLAST算法，通过积分矩阵，所得分数来衡量的。
  （4）A，BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。例如：用HBA_human的蛋白序列，在NCBI的蛋白库中检索相似序列。
        B，BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。例如：用HBA_human的核酸序列在NCBI的蛋白库中检索，系统会先将HBA_human的核酸序列翻译成对应的所有蛋白质，有六种，在进行相似序列检索。
       C，BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。例如：用HBA_human的核酸序列，在NCBI的核酸序列库中，检索相似的核酸序列。
        D，TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。例如：用HBA_human的蛋白序列在NCBI的核酸库中进行检索，首先要将HBA_human的蛋白序列翻译成核酸序列，然后再进行相似的核酸序列检索。
       E，TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。例如：用HBA_human的核酸序列在核酸序列库中检索，首先将HBA_human的核酸序列翻译成蛋白序列，有六种，然后将核酸序列库中的核酸序列翻译成蛋白序列，有六种，一一进行比对，对比对结果进行统计。
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3楼2015-10-31 16:34:41
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越冬的蚂蚱

新虫 (初入文坛)
非常感谢，这些blast有什么用途(拷贝数，同源基因……)？那个tblastx跟blastn 有什么区别？

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4楼2015-10-31 18:50:16
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谭总1111
5楼2016-03-20 19:25:38
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