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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] [求助]计算氢键时出错

我在用gromacs中的g_hbond命令计算两个集团间的氢键数量时出现下面错误
Found 0 donors and 252 acceptors
No Donors found

-------------------------------------------------------
Program g_hbond, VERSION 3.3.3
Source code file: gmx_hbond.c, line: 1911

Fatal error:
Nothing to be done

这是什么原因呢?我的体系里面有H原子啊!itp文件是我自己写的,与这有关系吗?是不是在用g_hbond计算氢键时,他只默认OH和NH是donors,而O和N是acceptor啊!那遇到donors是CH,而acceptors是其它原子的时候怎么办呢?请大家帮忙!
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tpp001

金虫 (著名写手)

友情赞助
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
2楼2008-09-09 16:32:35
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gromacs

银虫 (正式写手)

gmx自带的程序问题很多,建议你自己编程计算
"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区:http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
3楼2008-09-09 17:53:33
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