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lazyren

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何计算全基因组大小? 已有1人参与

请问大家如何计算全基因组大小?目前只有叶绿体片段的序列和ITS的序列,以及该属一个物种的转录组数据,而已知全基因组的接近物种是大豆。

求赐教
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个要通过实验做核型分析、测C值才能知道,可以先查下相关文献看有没有,或在下面C值数据库网站上查一下,或者直接把你的物种名发上来。http://data.kew.org/cvalues/
2楼2015-10-27 17:01:59
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lazyren

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-10-27 17:01:59
这个要通过实验做核型分析、测C值才能知道,可以先查下相关文献看有没有,或在下面C值数据库网站上查一下,或者直接把你的物种名发上来。http://data.kew.org/cvalues/

谢谢您的帮助,我主要是要计算Cercis紫荆属这个植物物种,请问可以告诉我要如何使用您给的网站吗?
3楼2015-10-28 02:03:50
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lazyren at 2015-10-28 02:03:50
谢谢您的帮助,我主要是要计算Cercis紫荆属这个植物物种,请问可以告诉我要如何使用您给的网站吗?...

我查了下,C值数据库中没有紫荆属物种信息。
网站使用方法:登录网页后,点击右侧search下的plant c-values链接,或直接打开以下网址是一样的效果http://data.kew.org/cvalues/CvalServlet?querytype=1,在该页面中填入邮箱地址,在下方选框genus中填入属名,如果查确定的物种,在下面specis框中输入种名,不要把属名也填进去,然后点击最下左边按钮run query即可得到查询结果,查询结果会给出C值及参考文献。
4楼2015-10-28 11:01:07
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lazyren

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2015-10-28 11:01:07
我查了下,C值数据库中没有紫荆属物种信息。
网站使用方法:登录网页后,点击右侧search下的plant c-values链接,或直接打开以下网址是一样的效果http://data.kew.org/cvalues/CvalServlet?querytype=1,在该页面 ...

谢谢您的解答,那如果知道近缘种,如羊蹄甲属Bauhinia的C值,紫荆属(2n=14)和羊蹄甲属(2n=28)的二倍体染色体数量,是否能推断?
5楼2015-10-29 00:00:01
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by lazyren at 2015-10-29 00:00:01
谢谢您的解答,那如果知道近缘种,如羊蹄甲属Bauhinia的C值,紫荆属(2n=14)和羊蹄甲属(2n=28)的二倍体染色体数量,是否能推断?...

这个不一定,植物基因组C值变化范围大。
6楼2015-10-29 09:58:41
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