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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何计算全基因组大小？
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lazyren

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何计算全基因组大小？ 已有1人参与

请问大家如何计算全基因组大小？目前只有叶绿体片段的序列和ITS的序列，以及该属一个物种的转录组数据，而已知全基因组的接近物种是大豆。

求赐教
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1楼 2015-10-26 22:45:00
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个要通过实验做核型分析、测C值才能知道，可以先查下相关文献看有没有，或在下面C值数据库网站上查一下，或者直接把你的物种名发上来。http://data.kew.org/cvalues/
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2楼2015-10-27 17:01:59
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lazyren

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-10-27 17:01:59
这个要通过实验做核型分析、测C值才能知道，可以先查下相关文献看有没有，或在下面C值数据库网站上查一下，或者直接把你的物种名发上来。http://data.kew.org/cvalues/

谢谢您的帮助，我主要是要计算Cercis紫荆属这个植物物种，请问可以告诉我要如何使用您给的网站吗？
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3楼2015-10-28 02:03:50
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lazyren at 2015-10-28 02:03:50
谢谢您的帮助，我主要是要计算Cercis紫荆属这个植物物种，请问可以告诉我要如何使用您给的网站吗？...

我查了下，C值数据库中没有紫荆属物种信息。
网站使用方法：登录网页后，点击右侧search下的plant c-values链接，或直接打开以下网址是一样的效果http://data.kew.org/cvalues/CvalServlet?querytype=1，在该页面中填入邮箱地址，在下方选框genus中填入属名，如果查确定的物种，在下面specis框中输入种名，不要把属名也填进去，然后点击最下左边按钮run query即可得到查询结果，查询结果会给出C值及参考文献。
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4楼2015-10-28 11:01:07
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lazyren

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2015-10-28 11:01:07
我查了下，C值数据库中没有紫荆属物种信息。
网站使用方法：登录网页后，点击右侧search下的plant c-values链接，或直接打开以下网址是一样的效果http://data.kew.org/cvalues/CvalServlet?querytype=1，在该页面 ...

谢谢您的解答，那如果知道近缘种，如羊蹄甲属Bauhinia的C值，紫荆属(2n=14)和羊蹄甲属(2n=28)的二倍体染色体数量，是否能推断？
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5楼2015-10-29 00:00:01
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by lazyren at 2015-10-29 00:00:01
谢谢您的解答，那如果知道近缘种，如羊蹄甲属Bauhinia的C值，紫荆属(2n=14)和羊蹄甲属(2n=28)的二倍体染色体数量，是否能推断？...

这个不一定，植物基因组C值变化范围大。
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6楼2015-10-29 09:58:41
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