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yezhonghua09

金虫 (正式写手)

[求助] 高斯优化分子的S0基态,计算运行保错 已有1人参与

高斯小白,现在模拟计算一个有机分子的S0态优化,优化完毕生成的gjf文件在Linux下进行计算,出现了报错的情况。不知道是什么原因,提示原子距离太近,是不是我画的结构中分子中原子出现了重叠。如果是原子重叠,该如何进行操作才能避免这个问题的出现?
   现在附上gjf计算文件盒报错图片。希望哪位大神帮忙指点一二!不胜感激!

高斯优化分子的S0基态,计算运行保错
报错.jpg
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yezhonghua09: 金币+2, 有帮助 2015-10-22 13:59:49
yezhonghua09: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-10-27 22:50:52
yezhonghua09: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2015-12-09 19:21:50
用Gaussview打开你的gjf查看然后调整
2楼2015-10-22 13:36:05
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-10-22 13:36:05
用Gaussview打开你的gjf查看然后调整

如何进行调整,麻烦您指点一下!不胜感激!
3楼2015-10-22 14:00:53
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yezhonghua09 at 2015-10-22 14:00:53
如何进行调整,麻烦您指点一下!不胜感激!...

把靠得太近的原子拉开
4楼2015-10-22 14:10:27
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小范范1989

木虫 (著名写手)

把你的gjf文件拿上来,
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
5楼2015-10-22 16:15:21
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-10-22 16:15:21
把你的gjf文件拿上来,

121.gjf文件,里面的苯环上N连接的三个相同的基团如何将他们位置错开,放置原子离的太近?谢谢!

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  • 附件 1 : 121.gjf
  • 2015-10-22 16:19:56, 5.19 K
6楼2015-10-22 16:21:00
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yezhonghua09 at 2015-10-22 16:21:00
121.gjf文件,里面的苯环上N连接的三个相同的基团如何将他们位置错开,放置原子离的太近?谢谢!...

你看你的分子,那两个集团考得太近,你可以适当的通过高斯view设置一下二面角,让他们有一定的二面角
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2015-10-23 07:46:18
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-10-23 07:46:18
你看你的分子,那两个集团考得太近,你可以适当的通过高斯view设置一下二面角,让他们有一定的二面角...

谢谢,已经通过二面角的调整调整好了分子构象。
      还可以通过chem3D画,然后MM2优化得到的分子优化构象应该会更好。只是chem3d优化后输出的gjf文件,苯环的虚键变成了实键,这个不太理解,大神可否指点一二?
8楼2015-10-27 22:55:34
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yezhonghua09 at 2015-10-27 22:55:34
谢谢,已经通过二面角的调整调整好了分子构象。
      还可以通过chem3D画,然后MM2优化得到的分子优化构象应该会更好。只是chem3d优化后输出的gjf文件,苯环的虚键变成了实键,这个不太理解,大神可否指点一二? ...

3d到高斯veiw的转换,我也是出错,这个不会,不好意思
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
9楼2015-10-28 07:14:02
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