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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯优化分子的S0基态，计算运行保错
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)

[求助] 高斯优化分子的S0基态，计算运行保错 已有1人参与

高斯小白，现在模拟计算一个有机分子的S0态优化，优化完毕生成的gjf文件在Linux下进行计算，出现了报错的情况。不知道是什么原因，提示原子距离太近，是不是我画的结构中分子中原子出现了重叠。如果是原子重叠，该如何进行操作才能避免这个问题的出现？
   现在附上gjf计算文件盒报错图片。希望哪位大神帮忙指点一二！不胜感激！

高斯优化分子的S0基态，计算运行保错
报错.jpg
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1楼 2015-10-22 12:53:19
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yezhonghua09: 金币+2, ★有帮助 2015-10-22 13:59:49
yezhonghua09: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-10-27 22:50:52
yezhonghua09: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2015-12-09 19:21:50
用Gaussview打开你的gjf查看然后调整
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2楼2015-10-22 13:36:05
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-10-22 13:36:05
用Gaussview打开你的gjf查看然后调整

如何进行调整，麻烦您指点一下!不胜感激！
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3楼2015-10-22 14:00:53
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yezhonghua09 at 2015-10-22 14:00:53
如何进行调整，麻烦您指点一下!不胜感激！...

把靠得太近的原子拉开
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4楼2015-10-22 14:10:27
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小范范1989

木虫 (著名写手)
把你的gjf文件拿上来，
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
5楼2015-10-22 16:15:21
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-10-22 16:15:21
把你的gjf文件拿上来，

121.gjf文件，里面的苯环上N连接的三个相同的基团如何将他们位置错开，放置原子离的太近？谢谢！
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  • 附件 1 : 121.gjf
    • 2015-10-22 16:19:56, 5.19 K
6楼2015-10-22 16:21:00
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yezhonghua09 at 2015-10-22 16:21:00
121.gjf文件，里面的苯环上N连接的三个相同的基团如何将他们位置错开，放置原子离的太近？谢谢！...

你看你的分子，那两个集团考得太近，你可以适当的通过高斯view设置一下二面角，让他们有一定的二面角
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2015-10-23 07:46:18
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yezhonghua09

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-10-23 07:46:18
你看你的分子，那两个集团考得太近，你可以适当的通过高斯view设置一下二面角，让他们有一定的二面角...

谢谢，已经通过二面角的调整调整好了分子构象。
      还可以通过chem3D画，然后MM2优化得到的分子优化构象应该会更好。只是chem3d优化后输出的gjf文件，苯环的虚键变成了实键，这个不太理解，大神可否指点一二？
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8楼2015-10-27 22:55:34
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yezhonghua09 at 2015-10-27 22:55:34
谢谢，已经通过二面角的调整调整好了分子构象。
      还可以通过chem3D画，然后MM2优化得到的分子优化构象应该会更好。只是chem3d优化后输出的gjf文件，苯环的虚键变成了实键，这个不太理解，大神可否指点一二？ ...

3d到高斯veiw的转换，我也是出错，这个不会，不好意思
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9楼2015-10-28 07:14:02
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