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Real-time PCR引物设计 已有1人参与
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| 最近打算做Real-time PCR，发现了一个在线引物设计网站是Sigma-Aldrich公司的OligoArchitect 引物设计软件，就兴致勃勃的按照实验要求设计了引物，感觉很方便，然后就交给公司去合成了。但是今天用Primer5比对了一下， 发现统一引物在OligoArchitect设计的和Primer5里面的差别好大啊！而且Primer5里面的打分也很低，各种二聚体，发卡结构，顿时心里一凉。请问虫子们，有人用过这个在线软甲吗？怎么样啊？能否说说 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-08 22:42:44
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其实不同的引物设计软件的算法是不一样的，所以给出的结果也不一样，但总体是遵循几个原则的：GC含量40%到70%之间最佳，长度16到28之间最佳，引物内部以及上下游引物之间不形成二级结构为佳，再就是引物特异性高，上下游引物Tm值相差不宜太大，满足上述要求就是好引物。 对于定量引物，长度在24左右，GC含量50%到60%之间，Tm值在58℃到65℃之间最佳。而且对于引物二级结构，个人认为只要引物3'端连续3个以上碱基没有配对就好。 基于上述原则，引物直接手动设计都可以，用软件不过是个工具，还是要相信自己的判断。 祝好！！ |
2楼2015-10-08 22:22:28
3楼2015-10-09 08:26:50