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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教各位大神，在基因组中找到Cas基因的方法
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347266599

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教各位大神，在基因组中找到Cas基因的方法 已有1人参与

现在我已经有一个细菌的完整的基因组序列，做过注释，找到了几个CRISPR，想看一下这个菌的CRISPR/Cas系统，想在找不出准确的Cas基因序列
我试过的方法是，从别的菌属上找到Cas9序列然后和我的菌作比对，但是没有比对上，所以想请教各位大神，有没有其他的方法？
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1楼 2015-10-08 14:40:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用别的菌属上找到的Cas9蛋白序列对你的基因组序列做tblastn搜索。
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2楼2015-10-08 15:51:55
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347266599

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-10-08 15:51:55
用别的菌属上找到的Cas9蛋白序列对你的基因组序列做tblastn搜索。

这个方法试过了，并没有比对上，不确定是我这个菌里面没有，还是不同菌之间的差异问题
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3楼2015-10-27 11:23:08
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
347266599: 金币+2, ★有帮助 2015-11-18 10:09:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by 347266599 at 2015-10-27 11:23:08
这个方法试过了，并没有比对上，不确定是我这个菌里面没有，还是不同菌之间的差异问题...

那就用蛋白的保守区去做tblastn搜索
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4楼2015-10-27 16:53:07
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