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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 团簇结构搜索程序ABCluster发布，欢迎试用
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

[资源] 团簇结构搜索程序ABCluster发布，欢迎试用已有19人参与

团簇是近几年来化学研究的热点之一。从理论化学的角度看，研究团簇的第一步是构建其合理结构，例如全局极小点。但是这个过程，如果手动来做常常十分繁琐甚至不可能。用计算机来做的话，目前可以用分子动力学的方法来实现。但是动力学中有可能会产生一系列无效结构，而且学习一个动力学软件不是个容易的事情。在文献中，也有用蒙特卡罗或者遗传算法来实现，但是这类算法常常只存在于文献中，并没有易用的软件公开发布，使其他研究者难以使用这种方法。

能够比较完美的实现全局结构优化而且还能供一般研究者使用的软件并不算多，个人认为比较好的有：

CALYPSO：粒子群算法，适用于材料结构
MOLCLUS：分子动力学算法，适用于分子团簇和分子构象搜索
GMIN：Basin-hopping算法，适用于算法开发等

但是，目前缺少一个能够使研究者能够快速进行各种分子团簇和原子模型势全局优化的，易用的软件。因此，我们编写了软件ABCluster，能够使研究者在最少背景知识，最短时间内处理最复杂的化学团簇。

ABCluster使用了一种2005年提出的进化算法，被称为“人工蜂群算法（Artificial Bee Colony algorithm，ABC）”。利用ABC算法，可以高效的进行团簇结构的全局极小点搜索。不过不必担心，研究者可以在几乎完全不知道ABC算法是什么的情况下进行使用，从而把全部的精力用在化学问题上。而ABCluster内部集成了能量计算和局部优化算法，使研究者可以不借助任何第三方程序直接进行搜索。程序可以得到全局极小点和大量局部极小点，使得研究者能够在得到大量结构后，可以利用更高级的算法，如量子化学方法进行研究。

ABCluster程序是免费的，可以从下述网站得到：
ABCluster 1.0
http://www.uni-koeln.de/math-nat ... r-introduction.html
关于程序的算法介绍可以参见：
PCCP
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2015/CP/C5CP04060D
我们为ABCluster写了详细而简洁的手册，并且以后会逐渐增加“案例”教程。欢迎大家使用。如果有任何建议和问题，请联系我：zhangjunqcc@gmail.com
希望我们能够将ABCluster开发的越来越好以为广大研究者服务。


下面是一些例子。







[ Last edited by coolrainbow on 2015-10-7 at 02:56 ]
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Jasminer smutao 一山 captain_203 freehope ktkh 禁卫军

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1楼2015-10-06 16:34:02
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
感谢大家对软件的关注！看来我的手册还写得不太清晰。我会尽快写一个更详细的教程（包括操作截图），挂在ABCluster的网站上。
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33楼2015-10-08 15:24:14
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bashan

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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12楼2015-10-07 11:20:17
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lijunjie84

版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教个问题，这个软件能搜寻生长在在氧化物基板上的金属团簇结构么
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20楼2015-10-07 16:01:14
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WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
软件有官方网站么？
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3楼2015-10-06 19:41:48
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by WanderingHeart at 2015-10-06 19:41:48
软件有官方网站么？

里面给的这个就是
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4楼2015-10-06 22:12:46
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
非常赞！
希望再也不用头疼怎么用MD生成一大堆初始结构了，毕竟就为这一个目的又要装、学MD软件实在性价比太低。
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5楼2015-10-07 00:38:31
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一山

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
大赞！！！

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7楼2015-10-07 05:48:25
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captain_203

捐助贵宾 (正式写手)
送红花一朵
牛啊！

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8楼2015-10-07 06:25:07
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freehope

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
厉害。请问对于Fe-C系统是否可以找到一些稳定的结构？ 看介绍貌似可以。

发自小木虫IOS客户端
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9楼2015-10-07 06:25:59
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lastzealot

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
win版的怎么打不开呢？不兼容64位的win7系统吗？
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10楼2015-10-07 07:44:48
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bashan

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
11楼2015-10-07 08:42:30
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lastzealot

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by bashan at 2015-10-07 11:20:17
这是DOS命令形式咯，将这个exe文件所在路径加入到环境变量Path中，在DOS中就可以使用了咯...

谢谢
请问如何修改环境变量啊？我不大懂，还望指教。

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13楼2015-10-07 11:37:15
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bashan

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
14楼2015-10-07 12:35:00
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by freehope at 2015-10-07 06:25:59
厉害。请问对于Fe-C系统是否可以找到一些稳定的结构？ 看介绍貌似可以。

我不知道描述Fe-C体系需要什么样的力场，如果有ABCluster支持的力场且有参数，就能够做。
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15楼2015-10-07 14:58:34
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ktkh

铁杆木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
多谢楼主分享。认识楼主组里的Michael和Xiaoyan Cao。2011年在芬兰开会的时候见过他们两口子和可爱的女儿。听过Cao的关于Au团簇的报告，也用过Michael 教授的ECP28MDF基组。
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16楼2015-10-07 15:10:23
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by lastzealot at 2015-10-07 07:44:48
win版的怎么打不开呢？不兼容64位的win7系统吗？

请问怎么打不开，显示什么错误？
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17楼2015-10-07 15:18:11
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by freehope at 2015-10-07 06:25:59
厉害。请问对于Fe-C系统是否可以找到一些稳定的结构？ 看介绍貌似可以。

我不了解Fe-C系统适合用什么力场描述，如果其力场ABCluster支持，就可以
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18楼2015-10-07 15:19:05
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hawk20092009

银虫 (正式写手)
牛人啊。
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19楼2015-10-07 15:37:21
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lastzealot

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-07 15:18:11
请问怎么打不开，显示什么错误？...

双击exe文件打不开

发自小木虫Android客户端
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21楼2015-10-07 16:24:14
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sandf

木虫 (正式写手)
不错，辛苦了
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22楼2015-10-07 19:55:54
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by lijunjie84 at 2015-10-07 16:01:14
请教个问题，这个软件能搜寻生长在在氧化物基板上的金属团簇结构么

ABCluster可以用Gupta和Sutton-Chen势搜索金属团簇（Gallery中有Pt38和Zn38的例子）
至于在氧化物基板上的情况我没有做过
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23楼2015-10-07 20:23:43
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ustc

金虫 (著名写手)
好东西，值得推荐。

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24楼2015-10-07 21:27:22
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pkuer

禁虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
25楼2015-10-07 21:36:58
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freehope

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-07 01:58:34
我不知道描述Fe-C体系需要什么样的力场，如果有ABCluster支持的力场且有参数，就能够做。...

谢谢。那我先自己学习一下。软件厉害，祝多出成果

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26楼2015-10-07 23:08:34
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lijunjie84

版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
23楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-07 20:23:43
ABCluster可以用Gupta和Sutton-Chen势搜索金属团簇（Gallery中有Pt38和Zn38的例子）
至于在氧化物基板上的情况我没有做过...

金属团簇往往负载在氧化物上，来增加其稳定性，这个过程应该要考虑团簇和基板的作用，你们没有编写是不是就不可以，
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27楼2015-10-08 02:54:27
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禁卫军

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
给力啊 ！！！！！！！！！！！！
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28楼2015-10-08 10:44:47
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子子丘水

木虫 (正式写手)
必须赞一个！！！
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29楼2015-10-08 11:05:37
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禁卫军

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
很感兴趣，但是不太清楚怎么使用，虫友们有会应用的吗？交流一下！
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30楼2015-10-08 11:21:31
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by lastzealot at 2015-10-07 16:24:14
双击exe文件打不开
...

这个程序是需要在Windows的命令行下运行的
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31楼2015-10-08 15:19:36
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lastzealot

新虫 (著名写手)
引用回帖:
31楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-08 15:19:36
这个程序是需要在Windows的命令行下运行的...

谢谢

发自小木虫Android客户端
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32楼2015-10-08 15:23:34
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lastzealot

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
33楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-08 15:24:14
感谢大家对软件的关注！看来我的手册还写得不太清晰。我会尽快写一个更详细的教程（包括操作截图），挂在ABCluster的网站上。

谢谢您的软件，最好把win下的使用说的详细些，估计还有很多我这样的菜鸟选手。
如果能加入An力场就更好啦！

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34楼2015-10-08 15:44:19
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nwwolfchj

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-07 15:18:11
请问怎么打不开，显示什么错误？...

不是有效的Win32程序，我还使用WinXP
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35楼2015-10-08 22:23:28
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xiao_niao

铁虫 (小有名气)
非常感谢！
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36楼2015-10-09 08:27:38
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debai

金虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by lastzealot at 2015-10-07 16:24:14
双击exe文件打不开
...

这个问题解决了没有？
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37楼2015-10-12 17:40:50
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debai

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by bashan at 2015-10-07 11:20:17
这是DOS命令形式咯，将这个exe文件所在路径加入到环境变量Path中，在DOS中就可以使用了咯...

这个exe文件指的是哪个，好多exe文件
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38楼2015-10-13 16:42:53
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bashan

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
39楼2015-10-13 23:02:23
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dy19930508

铜虫 (初入文坛)
您好，在dos窗口输入完运行命令后，例如：atom-optimizer mg20o20-q.inp > mg20o20-q2.out 然后下一步怎么操作呢（按回车键后没有显示运行），并且生成的文件在哪里呢？您给的例子命令行中“../../”这块的内容是ABClusters文件所在的路径还是不用自己写电脑自动生成的路径即可？
在此谢谢您的解答！
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40楼2015-10-19 09:34:16
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lijunjie84

版主 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

在这也回复一次吧，
楼主好，我最近在写一个金属团簇的文章，感谢你的分享，我下载了你的abcluster 软件。我在windows下运行，去寻找这个Au 7团簇的结构。我写的输入文件是
abcinp LJ 1 Gupta 2.0 15 1000 5 20 7 Au
Parameters for atom-pair 0-0: A xi d p q > 0.11844 1.79 2.884 10.15 4.15
然后运行优化，atom-opyimization LJ.inp > LJ.out

之后马上得到一个LJ.out的文件，我用materials studio打开，显示无法读取输入文件，这是怎么回事呢？求指教
Error occurs: Cannot open input file [ LJ.inp ].
Error termination at Thu Oct 22 02:53:42 2015.
Total run time: 0 seconds = 0 days 0 hours 0 minutes 0 seconds.
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41楼2015-10-22 14:41:39
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dy19930508

铜虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
41楼: Originally posted by lijunjie84 at 2015-10-22 14:41:39
在这也回复一次吧，
楼主好，我最近在写一个金属团簇的文章，感谢你的分享，我下载了你的abcluster 软件。我在windows下运行，去寻找这个Au 7团簇的结构。我写的输入文件是
abcinp LJ 1 Gupta 2.0 15 1000 5 20 7 ...

您好，打扰了！我想问一下您在输入完命令行：atom-opyimization LJ.inp > LJ.out之后回车就可以出结果吗？我试了一个例子，为什么回车之后没有任何反应呢？谢谢！
团簇结构搜索程序ABCluster发布，欢迎试用
例子.png
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42楼2015-10-22 17:11:13
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lijunjie84

版主 (职业作家)
引用回帖:
42楼: Originally posted by dy19930508 at 2015-10-22 17:11:13
您好，打扰了！我想问一下您在输入完命令行：atom-opyimization LJ.inp > LJ.out之后回车就可以出结果吗？我试了一个例子，为什么回车之后没有任何反应呢？谢谢！

例子.png
...

我也是这样的。。。，但已经产生一个文件了，你去你的abcluster里面看，我的显示无法读取输入文件
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43楼2015-10-22 19:14:32
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dy19930508

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
43楼: Originally posted by lijunjie84 at 2015-10-22 19:14:32
我也是这样的。。。，但已经产生一个文件了，你去你的abcluster里面看，我的显示无法读取输入文件...

嗯，好的，谢谢啦！
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44楼2015-10-22 22:50:22
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错不错，试着用一看看
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45楼2015-10-27 09:22:55
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海滩星月

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

加油，很喜欢

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46楼2015-12-05 00:30:59
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海滩星月

新虫 (初入文坛)
请问怎么用guassian软件计算出slater函数形式的轨道函数？

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47楼2015-12-17 15:07:43
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千里追雪ldd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
33楼: Originally posted by coolrainbow at 2015-10-08 15:24:14
感谢大家对软件的关注！看来我的手册还写得不太清晰。我会尽快写一个更详细的教程（包括操作截图），挂在ABCluster的网站上。

请问这个软件只能在64位下运行吗 我的是XP 32位能运行吗 很急
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48楼2016-01-12 13:50:28
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)
楼主在么？按照的你的例子做的，怎么老提示不是有效的Win32程序呢？XP系统
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49楼2016-03-08 09:55:56
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忘忧草~

新虫 (初入文坛)
楼主好! 按照要求修改了环境变量，可提示与Windows（Win7 32位系统）不兼容。
那有与Win7 32位系统兼容的版本吗?望回复，谢谢！
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50楼2016-03-12 17:14:36
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简单回复
ifmc12342楼
2015-10-06 19:19   回复  
smutao6楼
2015-10-07 02:19   回复  
送红花一朵
好
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