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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】请教蛋白superimpose并计算rmsd值的问题
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heavenkite778

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教蛋白superimpose并计算rmsd值的问题

有人知道如果我想先superimpose两个蛋白的整体部分，但不需要给出整体的rmsd，只是再选择给出其中某一段的rmsd值，并且可以处理swap现象，有哪类软件可以处理这样的情况呢？

     谢谢啦

[ Last edited by zzgyb on 2008-9-2 at 11:46 ]
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1楼 2008-09-02 10:46:42
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
从来都是用vmd里的基本rmsd程序，再自己写tcl脚本，什么情况都可以处理
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3楼2008-09-18 00:02:12
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头头

木虫 (正式写手)
★ ★
gromacs(金币+2,VIP+0):Thanks for your suggestion
insightII里有这个功能, 可以选择蛋白的任意部分分别对应计算,也可以计算骨架原子,重原子,或者全原子等 都可以
赞一下(10人) 回复此楼
…spendmoretimewithyourfamilyandfriends……eatyourfavoritefoods……visittheplacesyoulove…
2楼2008-09-09 10:23:28
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