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差异表达基因的筛选，基因芯片、数字表达谱、表达谱测序和RNA-seq已有1人参与
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这几个技术的区别是什么？我的理解是，基因芯片只能检测探针设计时考虑的基因；数字表达谱和表达谱测序是一回事，测mRNA序列；RNA-seq是测所有的RNA，不只是mRNA。 我要做的物种，转录组有其他研究者测过了（NCBI的TSA数据库里有contigs，约38k个contigs）。有EST序列(约8k个EST，组装成约6k个unigene)。现有文献中有十几例利用基因芯片筛选该物种差异表达基因的例子。这种情况下，用哪种技术好？ 用基因芯片时，根据EST序列设计探针，根据转录组contigs设计探针，两者检测到的序列有什么区别？（现有文献中有一例利用转录组contigs，其他全部利用EST序列） |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
qian0717: 金币+30 2015-10-07 21:17:15
感谢参与，应助指数 +1
qian0717: 金币+30 2015-10-07 21:17:15
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目前使用最普遍的是基因芯片和RNA-seq，其中以RNA-seq最受欢迎。所以楼主说的物种被别人做过了，这一点也不奇怪。 RNA-seq是比基因芯片更先进的技术，其优势这里不多说了。既然它更先进，那么肯定是首选的技术。目前普遍的做法如下：先做转录组测序，寻找感兴趣的基因，后续做芯片加以验证。两者达到相辅相成。但是对于新的基因、新转录本，芯片就无能为力了。 楼主所问的用EST还是contigs设计探针，其关系类似芯片与测序。没有好坏之分，但EST运用更广泛吧。 |
2楼2015-09-23 22:21:57
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