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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS中如何用蒙脱卡洛建立如图中的Field？
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思普亚尔

金虫 (正式写手)

[求助] 在MS中如何用蒙脱卡洛建立如图中的Field？

如题，据说是利用巨正则蒙卡和模拟虚晶近似做的。小白一个，请给位大神不吝赐教~~~

在MS中如何用蒙脱卡洛建立如图中的Field？
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在MS中如何用蒙脱卡洛建立如图中的Field？-1
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1楼 2015-09-20 16:39:16
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
思普亚尔: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-09-29 12:28:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by 思普亚尔 at 2015-09-22 12:37:32
谢谢！能不能说的再具体些呢？我想做的是矿物模型和生物分子的相互作用，重金属离子是其中的一个影响因素，具体如何操作呢？...

首先看sorption的tutorials。
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好好学习，天天向上。
4楼2015-09-22 17:31:40
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
思普亚尔: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢！求具体步骤 2015-09-22 12:38:46
这个是GCMC计算出来的吸附密度，可以用MS中sorption模块获得。
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好好学习，天天向上。
2楼2015-09-20 20:46:33
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思普亚尔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2015-09-20 20:46:33
这个是GCMC计算出来的吸附密度，可以用MS中sorption模块获得。

谢谢！能不能说的再具体些呢？我想做的是矿物模型和生物分子的相互作用，重金属离子是其中的一个影响因素，具体如何操作呢？
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3楼2015-09-22 12:37:32
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思普亚尔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zyj8119 at 2015-09-22 17:31:40
首先看sorption的tutorials。...

已经做了sorption的示例，并且参照我个人的体系算了一下。主要还有几点疑问请教下您：1、示例中做出来的都是一个红框，如何做成一个红框套一个白框呢？2、我主要是想看重金属离子的吸附位点和吸附量，应该选哪种Task呢？3、在计算中涉及到一些重金属离子的partical charges的分配，应该参照什么规则分配呢？比如说CrO42-？4、量化计算中的力场的选择感觉也是糊糊涂涂的。
问的有点多，还请前辈不吝赐教。
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5楼2015-09-29 12:48:47
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