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绮落_

新虫 (初入文坛)

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[求助] Miseq 全基因组测序的细菌用什么拼接软件组装比较好？已有1人参与

用miseq对纯菌提的DNA测序，想问一下用什么拼接软件组装比较好？我现在用的是 spades, 如果是纯菌的话需要加一些什么参数吗？因为之前都是用spades做的环境微生物宏基因组拼接，对纯菌的拼接这一块我没有接触过。求知道的大神们回答。我现在很着急要答案。在线等...

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1楼 2015-09-18 11:45:54

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gaoyang636

木虫 (著名写手)

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专业: 基因组学

【答案】应助回帖

这个问题没有标准答案的，与你的数据量，基因组特性，分析软件参数设置都有关。你可以自己做一个对比评估，用你能接触到的资源都比较一下，比如：
1. MiSeq自带的De novo assembly workflow，
2. BaseSpace上与Genome assembly相关的Apps，
3. 免费三方软件本地运行:比如 Velvet，Allpaths-LG, Abyss等。

由于惰性和条件限制，我其实也没有能做到这一点，不能给你多少帮助，权当抛砖引玉。

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