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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gif文件内坐标后面的 序列数是什么概念呢？
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jin9090900

铜虫 (小有名气)

[求助] gif文件内坐标后面的 序列数是什么概念呢？ 已有3人参与

请教各位大神，
1.我用Chem3D进行建模后，通过pdb文件或者mol文件导入到gaussian中进行计算，在详细分析输入gjf文件时，发现内坐标下方有一些序列，请问是什么概念呢？是否可以删除。我删除了之后，gaussian读取时，会报错。

我算的是一个磷酸，举个例子:

# hf/3-21g geom=connectivity

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0 1
P              
O                  1            B1
O                  1            B2    2            A1
C                  1            B3    2            A2    3            D1    0
C                  4            B4    1            A3    2            D2    0
C                  5            B5    4            A4    1            D3    0
C                  5            B6    4            A5    1            D4    0
C                  6            B7    5            A6    4            D5    0
C                  8            B8    6            A7    5            D6    0
C                  8            B9    6            A8    5            D7    0
C                  8           B10    6            A9    5            D8    0
C                  1           B11    2           A10    3            D9    0
C                 12           B12    1           A11    2           D10    0
C                 13           B13   12           A12    1           D11    0
C                 13           B14   12           A13    1           D12    0
C                 15           B15   13           A14   12           D13    0
C                 16           B16   15           A15   13           D14    0
C                 16           B17   15           A16   13           D15    0
C                 16           B18   15           A17   13           D16    0
H                  3           B19    1           A18    2           D17    0
H                  4           B20    1           A19    2           D18    0
H                  4           B21    1           A20    2           D19    0
H                  5           B22    4           A21    1           D20    0
H                  6           B23    5           A22    4           D21    0
H                  6           B24    5           A23    4           D22    0
H                  7           B25    5           A24    4           D23    0
H                  7           B26    5           A25    4           D24    0
H                  7           B27    5           A26    4           D25    0
H                  9           B28    8           A27    6           D26    0
H                  9           B29    8           A28    6           D27    0
H                  9           B30    8           A29    6           D28    0
H                 10           B31    8           A30    6           D29    0
H                 10           B32    8           A31    6           D30    0
H                 10           B33    8           A32    6           D31    0
H                 11           B34    8           A33    6           D32    0
H                 11           B35    8           A34    6           D33    0
H                 11           B36    8           A35    6           D34    0
H                 12           B37    1           A36    2           D35    0
H                 12           B38    1           A37    2           D36    0
H                 13           B39   12           A38    1           D37    0
H                 14           B40   13           A39   12           D38    0
H                 14           B41   13           A40   12           D39    0
H                 14           B42   13           A41   12           D40    0
H                 15           B43   13           A42   12           D41    0
H                 15           B44   13           A43   12           D42    0
H                 17           B45   16           A44   15           D43    0
H                 17           B46   16           A45   15           D44    0
H                 17           B47   16           A46   15           D45    0
H                 18           B48   16           A47   15           D46    0
H                 18           B49   16           A48   15           D47    0
H                 18           B50   16           A49   15           D48    0
H                 19           B51   16           A50   15           D49    0
H                 19           B52   16           A51   15           D50    0
H                 19           B53   16           A52   15           D51    0

   B1             1.49196705
   B2             1.61281120
   B3             1.86833360
   B4             1.54430890
   B5             1.54506285
   B6             1.54371778
   B7             1.55012639
   B8             1.54654268
   B9             1.54028407
   B10            1.54266842
   B11            1.86501228
   B12            1.54266327
   B13            1.54158362
   B14            1.54844957
   B15            1.54984789
   B16            1.54371501
   B17            1.54697735
   B18            1.54039528
   B19            0.94084210
   B20            1.11588163
   B21            1.11424533
   B22            1.11530595
   B23            1.11472291
   B24            1.11266709
   B25            1.11079019
   B26            1.11399338
   B27            1.11372389
   B28            1.11356071
   B29            1.11350524
   B30            1.11355425
   B31            1.11350990
   B32            1.11237613
   B33            1.11326280
   B34            1.11333171
   B35            1.11311733
   B36            1.11151668
   B37            1.11223802
   B38            1.11326565
   B39            1.11590219
   B40            1.11430637
   B41            1.11226255
   B42            1.11352190
   B43            1.11481635
   B44            1.11552543
   B45            1.11355320
   B46            1.11169366
   B47            1.11330903
   B48            1.11335635
   B49            1.11356780
   B50            1.11364895
   B51            1.11342540
   B52            1.11339207
   B53            1.11244798
   A1           108.63890187
   A2           108.16380540
   A3           116.47211318
   A4           112.72981445
   A5           107.79092479
   A6           117.82843482
   A7           108.18924896
   A8           112.28353694
   A9           111.15697320
   A10          109.62417638
   A11          115.62116180
   A12          111.16438516
   A13          110.95777576
   A14          117.73010530
   A15          110.85257887
   A16          108.17520651
   A17          112.24086166
   A18          110.00186934
   A19          104.86365345
   A20          108.45102038
   A21          107.93140555
   A22          108.42006026
   A23          109.24535974
   A24          112.63852886
   A25          111.33663374
   A26          111.23780103
   A27          111.57952982
   A28          111.51285592
   A29          111.46684045
   A30          111.22526575
   A31          111.82594708
   A32          111.24825380
   A33          111.38131221
   A34          111.39149184
   A35          112.08300781
   A36          106.25464888
   A37          107.45037574
   A38          108.66939481
   A39          111.15683641
   A40          112.40798438
   A41          111.13234989
   A42          108.58577652
   A43          109.14655989
   A44          111.16852498
   A45          112.38831181
   A46          111.44129153
   A47          111.60994537
   A48          111.48233251
   A49          111.53185818
   A50          111.21104397
   A51          111.26450622
   A52          111.90946921
   D1           119.84424108
   D2           169.04958065
   D3            72.37933574
   D4          -164.97054523
   D5          -143.55051105
   D6          -176.32341201
   D7           -57.07759026
   D8            65.32900178
   D9          -119.62210221
   D10           29.43626954
   D11           62.86165126
   D12         -174.62964748
   D13           96.60143052
   D14           66.79518806
   D15         -175.00177775
   D16          -55.74019610
   D17         -167.06266313
   D18           48.10072286
   D19          -66.14041254
   D20          -49.30711936
   D21           91.71339650
   D22          -21.42894607
   D23         -179.38906619
   D24           60.97822971
   D25          -58.85078468
   D26         -179.29688331
   D27          -59.41628934
   D28           60.90037301
   D29         -175.52872994
   D30           65.49159285
   D31          -55.91102256
   D32          173.43846370
   D33           53.72041625
   D34          -67.47075654
   D35          -93.23958442
   D36          152.20309947
   D37          -54.72282234
   D38         -178.93221018
   D39          -60.33930785
   D40           60.65837153
   D41          -28.39772530
   D42         -141.97279169
   D43          174.92555985
   D44          -65.55741806
   D45           55.18801370
   D46         -178.98296643
   D47           61.17580490
   D48          -59.02516855
   D49         -175.82423890
   D50          -56.30306070
   D51           65.09932503

1 2 2.0 3 1.0 4 1.0 12 1.0
2
3 20 1.0
4 5 1.0 21 1.0 22 1.0
5 6 1.0 7 1.0 23 1.0
6 8 1.0 24 1.0 25 1.0
7 26 1.0 27 1.0 28 1.0
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
9 29 1.0 30 1.0 31 1.0
10 32 1.0 33 1.0 34 1.0
11 35 1.0 36 1.0 37 1.0
12 13 1.0 38 1.0 39 1.0
13 14 1.0 15 1.0 40 1.0
14 41 1.0 42 1.0 43 1.0
15 16 1.0 44 1.0 45 1.0
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17 46 1.0 47 1.0 48 1.0
18 49 1.0 50 1.0 51 1.0
19 52 1.0 53 1.0 54 1.0
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54

1-54是什么意思呢？

2.是否可以算某个原子或者离子计算得到的半径呢？我想建立原子或离子后几何优化就好。但是半径该怎么读取呢？

谢谢大家！
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1楼 2015-09-18 09:24:51
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1-54是原子编号
可以删，同时要删除前面的geom=

发自小木虫Android客户端
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2楼2015-09-19 07:28:03
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

原子编号，以及设定的键级。但通常都是没用的。
如果确实需要键级信息，一般我们会在优化后计算Mayer或Wiberg键级。
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3楼2015-09-21 18:39:18
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

对于原子成键的描述，没什么用，可以删，同时记得删除前面的geom=connectivity
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4楼2015-09-22 07:54:46
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jin9090900

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-09-22 07:54:46
对于原子成键的描述，没什么用，可以删，同时记得删除前面的geom=connectivity

谢谢谢谢，请问下，geom=connectivity 是什么意思呢？我查了下用户手册，简单描述了下，但是不知道其深刻的意义是什么？
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5楼2015-09-22 09:22:48
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jin9090900 at 2015-09-22 09:22:48
谢谢谢谢，请问下，geom=connectivity 是什么意思呢？我查了下用户手册，简单描述了下，但是不知道其深刻的意义是什么？...

没什么用的关键词，我的理解是让你自定义成键状态，但是高斯会根据坐标自己判断，所以毫无意义。。。
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6楼2015-09-22 09:55:09
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jin9090900

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-09-22 09:55:09
没什么用的关键词，我的理解是让你自定义成键状态，但是高斯会根据坐标自己判断，所以毫无意义。。。...

谢谢，非常受用
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7楼2015-09-22 10:13:55
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致力科研

新虫 (小有名气)
可以给我发过来Chem3D软件么
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8楼2015-09-28 21:19:32
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