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奥特曼Baby

新虫 (小有名气)

[求助] 怎样编写脚本提交castep任务 已有3人参与

如题,以前我都是通过gateway提交任务的,现在学校有cluster了,需要自己编写脚本提交语言,我完全一头雾水,有没有懂得人能够交流一二?不甚感激!
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


等我研究一下。好久没在Cluster上提交MS的作业了。

发自小木虫Android客户端
2楼2015-09-19 07:25:20
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xrdcvw73

新虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
个人建议:
进入中科大计算中心 http://scc.ustc.edu.cn/
看看他们的,或者附件是我下载的,你下下来看看吧,如果知道怎么提交,那脚本就简单了

脚本都是适应自己cluster环境的,说白了也就是把 你提交的命令参数写在一个文件中,以后运行这个文件就相当于执行一大串的命令

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  • 附件 1 : 123.pdf
  • 2015-09-19 10:13:04, 339.33 K
3楼2015-09-19 10:15:01
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奥特曼Baby

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qchem at 2015-09-19 07:25:20
等我研究一下。好久没在Cluster上提交MS的作业了。

你以前在集群上提交作业的吗?求指导
4楼2015-09-19 16:23:23
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tsglss

铁杆木虫 (著名写手)

做好自己
5楼2015-09-19 22:16:53
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by 奥特曼Baby at 2015-09-19 16:23:23
你以前在集群上提交作业的吗?求指导...

是啊,但是好久没搞了,要试试才知道,而且不同集群环境不一样

发自小木虫Android客户端
6楼2015-09-20 07:21:20
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

#PBS -N dmol3
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -q batch
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cat $PBS_NODEFILE > ma
cat $PBS_NODEFILE > mpd.hosts
sed -i s/cu/dcu/ mpd.hosts
chmod -w mpd.hosts

/opt/ms80/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np $NP t2

类似上面这样,把RunDMol3改成你要用的模块就好了
7楼2015-09-20 21:37:25
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奥特曼Baby

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by qchem at 2015-09-20 21:37:25
#PBS -N dmol3
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -q batch
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
cat $PBS_NODEFILE > ma
cat $PBS_NODEFILE > mpd.hosts
sed  ...

能解释一下每个命令符的意思么?拜托了
8楼2015-09-21 02:16:28
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
8楼: Originally posted by 奥特曼Baby at 2015-09-21 02:16:28
能解释一下每个命令符的意思么?拜托了...

其实我也认不得

发自小木虫Android客户端
9楼2015-09-21 07:07:30
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devinhu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

10楼2015-09-21 11:01:59
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