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85yw

铁虫 (小有名气)

[交流] 讨论&请教关于非周期建模的问题 已有2人参与

刚入门做有机金属络合物方面的催化机理研究，最近看到一篇文章建立了一个酞菁亚铁的二维单分子层结构，让非周期的单分子络合物变成了周期性的单分子层，请问：
这种由非周期的单分子构建二维周期性的单分子层是通过怎样的建模方式？
是不是通过用amorphous cell模块建盒子来实现？
还请各位虫友帮忙看看！

讨论&请教关于非周期建模的问题
文献里的2x2结构.png
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1楼 2015-09-17 08:36:51
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人人余yan

金虫 (著名写手)
是用MS吗？
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2楼2015-09-17 10:50:38
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85yw

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 人人余yan at 2015-09-17 10:50:38
是用MS吗？

嗯，是用ms

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3楼2015-09-17 11:29:18
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
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酞菁亚铁 这个2*2规则结构应该是有标准cif的，你可以找找文献，如果有键长键角数据，cad确定坐标后也能大致在MS里画出来

我不清楚 酞菁亚铁 的非周期性单分子 是指的怎样的结构

如果你有键长键角数据，我可以帮你画出小格子里的晶胞
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4楼2015-09-17 13:57:24
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85yw

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-09-17 13:57:24
酞菁亚铁 这个2*2规则结构应该是有标准cif的，你可以找找文献，如果有键长键角数据，cad确定坐标后也能大致在MS里画出来

我不清楚 酞菁亚铁 的非周期性单分子 是指的怎样的结构

如果你有键长键角数据，我可以 ...

此图为CCDC里查的晶体数据，可是没有原子坐标啊，也没有键长键角，即使有原子坐标，能构造出的也是晶胞，而这篇文献画出来的是单分子层，会不会只是把四个分子按文献方式相连一下即为文献中所说的2*2的supercell？
讨论&请教关于非周期建模的问题-1
晶体数据.png
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5楼2015-09-17 15:09:36
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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5楼: Originally posted by 85yw at 2015-09-17 15:09:36
此图为CCDC里查的晶体数据，可是没有原子坐标啊，也没有键长键角，即使有原子坐标，能构造出的也是晶胞，而这篇文献画出来的是单分子层，会不会只是把四个分子按文献方式相连一下即为文献中所说的2*2的supercel ...

我觉得单分子层就是说的2*2的这个规则结构
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6楼2015-09-17 15:47:33
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85yw

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-09-17 15:47:33
我觉得单分子层就是说的2*2的这个规则结构...

所以将四个单分子联一起?

发自小木虫Android客户端
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7楼2015-09-17 16:12:50
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
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引用回帖:
7楼: Originally posted by 85yw at 2015-09-17 16:12:50
所以将四个单分子联一起?
...

我觉得是的

我查了下，标准的酞菁亚铁分子是5圆环上面连一个苯环
可能说的非周期酞菁亚铁是一个盒子里包含无序的标准酞菁亚铁小分子

这个分子层是取小分子的苯环重叠，生成周期性的网络结构
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8楼2015-09-17 16:55:58
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