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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 蛋白质表面吸附药物的分子模拟
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lixiangrong1

铁虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质表面吸附药物的分子模拟 已有2人参与

各位分子模拟的专家：
本人的文章要求修改，审稿人要求加入蛋白质表面吸附药物的分子模拟图，如下图的形式。希望各位分子模拟方面的专家帮忙看看能不能做出来！本人对分子模拟方面没有涉及。十分感谢！

蛋白质表面吸附药物的分子模拟
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1楼 2015-09-12 11:10:21
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125442548

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做应该是不难做，就是不同组分的不同显示模式，关键是你有没有蛋白和药物分子的准确的位置关系，比如说对接结果什么的
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2楼2015-09-12 20:02:48
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wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lixiangrong1: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！ 2015-09-15 22:00:04
讲的详细点，什么蛋白质？什么药物，用什么形式的图，
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3楼2015-09-12 21:07:08
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lixiangrong1

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-09-12 21:07:08
讲的详细点，什么蛋白质？什么药物，用什么形式的图，

蛋白质是胃蛋白酶，药物是谷胱甘肽，我是通过等温滴定量热实验得到结论：谷胱甘肽是吸附到胃蛋白酶表面的，现在审稿人希望通过分子模拟得到具体的图看谷胱甘肽是怎么吸附到胃蛋白酶表面的。
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4楼2015-09-13 21:42:31
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lixiangrong1

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 125442548 at 2015-09-12 20:02:48
做应该是不难做，就是不同组分的不同显示模式，关键是你有没有蛋白和药物分子的准确的位置关系，比如说对接结果什么的

我的文章是通过等温滴定量热实验得到结论：谷胱甘肽是吸附到胃蛋白酶表面的。现在，审稿人希望我能给出具体形象的图来表示谷胱甘肽是如何吸附到了胃蛋白酶的表面。所以我希望做一个谷胱甘肽吸附到胃蛋白酶上的分子模拟图。但是，由于我对分子模拟没有涉及，不知道能不能做出来！十分感谢！
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5楼2015-09-13 21:46:00
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qyj2006

铁杆木虫 (小有名气)
如何吸附，不仅是一张图能说明的吧。

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明明白白我的心,寻找一份真感情!
6楼2015-09-13 21:51:52
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lixiangrong1

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qyj2006 at 2015-09-13 21:51:52
如何吸附，不仅是一张图能说明的吧。

老师，您好！以下是审稿人提的意见：The authors should propose a clearer picture of the interaction of  glutathione with pepsin taking into account the binding site of pepsin. And what can the two binding sites to glutathione with different stoichiometry mean? Can it be two layers of adsorption around the enzyme? How many glutathiones would fit around the surface of the enzyme? 如何回答好呢？我觉得只能用分子模拟来做个图。其它回答方法我暂时也没有想到。麻烦老师也帮忙看看有没有更好的回答方法。不胜感激！
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7楼2015-09-13 22:10:10
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lixiangrong1 at 2015-09-13 22:10:10
老师，您好！以下是审稿人提的意见：The authors should propose a clearer picture of the interaction of  glutathione with pepsin taking into account the binding site of pepsin. And what can the two bin ...

为什么不根据你实验的结果画一个示意图，你现在去模拟需要很多时间精力，说不定最后得到的结果并不是你需要的，没有必要
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8楼2015-09-14 09:16:15
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lixiangrong1

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-09-14 09:16:15
为什么不根据你实验的结果画一个示意图，你现在去模拟需要很多时间精力，说不定最后得到的结果并不是你需要的，没有必要...

老师，您好！十分感谢！我也想过自己画一个图，但是考虑审稿人会不会觉得自己画的图太主观臆断了，不太可靠！我怎么让审稿人觉得吸附过程就是如我的图所画的呢？我也觉得分子模拟可能达不到我想要的效果。但是又觉得自己画的图可信度不高。十分感谢您的好的建议。我也试着自己画画看！
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9楼2015-09-14 09:48:03
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125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lixiangrong1 at 2015-09-13 21:46:00
我的文章是通过等温滴定量热实验得到结论：谷胱甘肽是吸附到胃蛋白酶表面的。现在，审稿人希望我能给出具体形象的图来表示谷胱甘肽是如何吸附到了胃蛋白酶的表面。所以我希望做一个谷胱甘肽吸附到胃蛋白酶上的分子 ...

那么如果知道谷胱甘肽吸附的大体的位点的话，做对接时间会少很多，准确性也会提高很多，不然你把对接范围设置的很大的话，浪费时间不说，结果也不一定对
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10楼2015-09-14 10:17:36
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