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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数模拟值与实验值、公式计算值有误差
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说好de

新虫 (小有名气)

[求助] 扩散系数模拟值与实验值、公式计算值有误差 已有2人参与

我在用MS模拟有机蒸气（例如正己烷）在空气中的扩散系数。
我是这样做的：建立模型，能力最小化，常温下跑NPT，之后再动力学跑NVT，最后根据MSD-TIME斜率求出扩散系数，但是扩散系数模拟值与实验值、公式计算值之间有较大误差，实验值、公式计算值是模拟值的3~5倍，请问还要怎么样进一步再改进，使得模拟值跟实验值、公式计算值更接近一些？请求大家指导，谢谢！
还有就是请问我想要用现在的模拟结果发表文章的话，会好发吗？
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加油好姑娘！
1楼 2015-09-09 16:21:18
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
考虑这几个方面的影响吧
力场的挑选
NVT平衡的时间
MSD计算的取值区间
前两个因素可以通过查文献参考，msd计算不是取整个时间段，是要扣除前面不稳定的区间的
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说好de
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-09-10 10:45:26
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我个人认为NVE系综下的结果会更好一些，这样没有温度的外界影响
MSD计算属于相关函数计算，需要有大量的数据点：长的模拟时间，小的输出间隔
MSD取值范围是个比较麻烦的事情，但是最好符合一个原则：log（MSD）- log（t）作图，其斜率尽可能接近1。这是扩散系数公式（MSD/t /6）成立的前提，如果偏离很远的话，除以6算出来的扩散系数是不对的
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说好de
3楼2015-09-11 16:31:21
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说好de

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-09-10 10:45:26
考虑这几个方面的影响吧
力场的挑选
NVT平衡的时间
MSD计算的取值区间
前两个因素可以通过查文献参考，msd计算不是取整个时间段，是要扣除前面不稳定的区间的

恩，谢谢您的回复。
我计算的时候是选择的后一段区间进行计算的，并且多取了几个进行了平均值计算，这样的话，应该也会减少些误差吧。
那请问这样的话，3~5倍的模拟结果能好发文章吗？
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加油好姑娘！
4楼2015-09-11 19:06:53
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说好de

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by xujc1983 at 2015-09-11 16:31:21
我个人认为NVE系综下的结果会更好一些，这样没有温度的外界影响
MSD计算属于相关函数计算，需要有大量的数据点：长的模拟时间，小的输出间隔
MSD取值范围是个比较麻烦的事情，但是最好符合一个原则：log（MSD）-  ...

谢谢您的回复。
NVE系综下能量是基本不变的，并且不会受系统热力学过程的干扰，是这样吗？
那我就要作log（MSD）- log（t）图，看看其斜率是不是尽可能接近1，才能进行下一步计算。
那我用现在的模拟结果发表文章能好发吗？
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加油好姑娘！
5楼2015-09-11 19:17:40
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
5楼: Originally posted by 说好de at 2015-09-11 19:17:40
谢谢您的回复。
NVE系综下能量是基本不变的，并且不会受系统热力学过程的干扰，是这样吗？
那我就要作log（MSD）- log（t）图，看看其斜率是不是尽可能接近1，才能进行下一步计算。
那我用现在的模拟结果发表文 ...

是的，NVE系综下体系总能应该平衡的
是计算完后选取MSD区间的时候要做双log验证

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说好de
6楼2015-09-11 19:44:36
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by 说好de at 2015-09-11 19:06:53
恩，谢谢您的回复。
我计算的时候是选择的后一段区间进行计算的，并且多取了几个进行了平均值计算，这样的话，应该也会减少些误差吧。
那请问这样的话，3~5倍的模拟结果能好发文章吗？...

这倒不清楚 你可以查查其他计算扩散的文献 看看他们大概的差异是多少 如果直接发的话肯定会有审稿的问的
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说好de
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2015-09-14 08:15:58
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说好de

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by xujc1983 at 2015-09-11 19:44:36
是的，NVE系综下体系总能应该平衡的
是计算完后选取MSD区间的时候要做双log验证
...

恩，好的，谢谢您的回复。
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加油好姑娘！
8楼2015-09-14 08:55:16
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说好de

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by pigrass at 2015-09-14 08:15:58
这倒不清楚 你可以查查其他计算扩散的文献 看看他们大概的差异是多少 如果直接发的话肯定会有审稿的问的...

恩，好的，谢谢您的回复。
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9楼2015-09-14 08:55:43
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