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新虫 (初入文坛)

[求助] 测序已知lncRNA位置，如何知道序列？已有2人参与

跟公司做了lncRNA测序，奈何分析时间早就过了，公司不给序列，求助各位大神指点迷津。如何在已知lncRNA位置的情况下，查询序列？
lincRNA:chr1:134867906-134885481_f
跪求大神赐教！

1楼 2015-09-08 15:46:17

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新虫 (初入文坛)

感谢参与，应助指数 +1

UCSC网站上可以做这个事情，有序列文件可以下载

2楼2015-09-08 16:58:18

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银虫 (正式写手)

楼上说的对，UCSC Genome Browser或许能给你点帮助，最好你还知道基因组版本信息（所用的参考基因组不一样序列会有点差异，人最新的是hg38，也有用hg19的）。
你这条序列17k，应该还要有外显子信息吧。做lincRNA研究呢，还是找个懂生物信息的合作为好！！！

3楼2015-09-15 22:59:55

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