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809011916铜虫 (小有名气)
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【Lammps】LJ单位的交流 已有1人参与
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有关Lammps的LJ单位的在mannual中的解读如下： mass = mass or m distance = sigma, where x* = x / sigma time = tau, where t* = t (epsilon / m / sigma^2)^1/2 energy = epsilon, where E* = E / epsilon velocity = sigma/tau, where v* = v tau / sigma force = epsilon/sigma, where f* = f sigma / epsilon torque = epsilon, where t* = t / epsilon temperature = reduced LJ temperature, where T* = T Kb / epsilon pressure = reduced LJ pressure, where P* = P sigma^3 / epsilon dynamic viscosity = reduced LJ viscosity, where eta* = eta sigma^3 / epsilon / tau charge = reduced LJ charge, where q* = q / (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 dipole = reduced LJ dipole, moment where *mu = mu / (4 pi perm0 sigma^3 epsilon)^1/2 electric field = force/charge, where E* = E (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 sigma / epsilon density = mass/volume, where rho* = rho sigma^dim 大体上知道了LJ相关单位是怎么回事，例如一个体系中有A,B,C,D四种原子，那么会有多个sigma和epsilon，利用混合规则可以得到原子间sigma和epsilon，此时如果规定了其中一个sigma为1，那么另外的sigma就会随之改变，由此定义了相关的pair参数。有两个问题：（1）以此理解类推，如果fix 1 all nvt 1.0 1.0 0.1，即是指温度保持不变做0.1T下的tdamp进行模拟，那此时的模拟是如何体现具体what温度下的平衡状态呢？这时T*=T*Kb / epsilon的意义是什么？难道要实现温度的意义就要定义real形式？（感觉不会是这样，应该还是有别的理解方法吧，个人觉得这个问题很基础但又很关键，希望路过的大神解释下）（2）之前根据大家的方法输出了data文件，此时如果原子定义成lj类型，那data文件中不同单位的坐标、参数岂不是都要随着进行改变？想知道大家如何解决这个问题的？ 希望大家不吝赐教，谢谢！ |
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【答案】应助回帖
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这里的温度应该是：T* = T Kb / epsilon。楼主应该多打了一个星号。 在转化为真实温度的时候，kb和epsilon都是知道的，对吧？ 我想，楼主的问题集中在“规定了其中一个sigma为1”上面。 请楼主思考，为何平白无故的可以“规定了其中一个sigma为1”这个1怎么来的？ ======================================= 现在看一个例子 （都在lj作用势下）： argon's epsilon = 0.2381 Kcal/mol argon's sigma = 3.405 A copper's epsilon = 9.566 Kcal/mol copper's sigma = 2.2277 A 现在选择argon的sigma作为基准长度，argon的epsilon作为基准能量； 于是，argon的无量纲（units lj）下的长度是多少？argon's sigma/ argon's sigma = = 3.405/3.405 = 1 (到这里，我们就知道1是怎么来的了) 以此类推，copper的无量纲下的长度是 copper's sigma/argon's sigma = 2.2277/3.405 所有坐标也是以此类推 能量以此类推。。。 希望有解决楼主的困惑。 |
3楼2016-03-09 00:23:03