应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » Pfam在线进去网页不能输入序列
142/2返回列表上一页12
查看: 1637  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

BBMC-2012
引用回帖:
10楼: Originally posted by bright8 at 2015-09-07 20:14:05
呃呃

哎！

发自小木虫Android客户端
11楼2015-09-07 20:32:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Huobol

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://smart.embl-heidelberg.de/
SMART网址
http://pfam.xfam.org/search
Pfam是指这个吧，我的就能输入序列，但等了半天也没结果
赞一下 回复此楼
让羽毛再飞一会儿
12楼2015-09-09 18:42:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Huobol

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
BBMC-2012: 金币+5, 兹，谢谢 2015-09-10 14:54:31
转自柳城
http://liucheng.name/738/

SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)，可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说，就是集合了一些工具，可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区（Transmembrane segments），复合螺旋区（coiled coil regions），信号肽（Signal peptides），蛋白结构域（PFAM domains）等。

SMART前该知道的

1，SMART有两种不同的模式：normal 或genomic

主要是用的数据库不一样。Normal SMART, 用的数据库 Swiss-Prot, SP-TrEMBL 和 stable Ensembl proteomes。Genomic SMART, 用全基因组序列。详细列表：http://smart.embl-heidelberg.de/smart/list_genomes.pl

2，一些名词解释

http://smart.embl-heidelberg.de/help/smart_glossary.shtml

SMART进行时

可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl  ID / accession number (ACC)。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测，勾上就是。
SMART结果

运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。
不同结构的预测由不同的工具完成。如果你想了解更多，可访问去该工具的网站。

跨膜区（Transmembrane segments）, TMHMM2 program 。(用 TRANS表示 )
复合螺旋区（coiled coil regions），Coils2 program。( 用COIL 表示)
信号肽（Signal peptides），SignalP program。( SIGNAL )
蛋白结构域（PFAM），PFAM。

等等。。不止这几个的。其它不一一列举。因为都是详细的说明。点击图标链接，就能看到该区域的序列，或是一些详细的描述。如上图的跨膜区，点击进去就是该跨膜区从开始到结束的序列。

另外，不一定所有预测的区域都会用在图示里看到。一般SMART的显示顺序是SMART > PFAM > PROSPERO repeats > Signal peptide > Transmembrane > Coiled coil > Unstructured regions > Low complexity。另外其它不用图解显示的区域，在底下的表格也有详细说明。

蛋白结构域的预测还有PFAM，CDD等。
赞一下 回复此楼
让羽毛再飞一会儿
13楼2015-09-10 11:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孙书荃

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用百度浏览器上pfam官网进行搜索是可以的，360，火狐都不行。
赞一下 回复此楼
14楼2015-10-12 08:59:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 BBMC-2012 的主题更新
142/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭