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amber10安装方法（zz）
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这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机：Q6600，2G，XP-SP2。虚拟机：vmware6.0.1，RHEL5U1-64bit，双核，512MB，10GB，默认分区，bash，root，intel-MKL-10.0.4.023，intel fortran compiler 10.1.015，gcc 4.1.2，mpich2-1.0.7/lam-7.1.4。工作目录/sob。 到intel网站免费下载linux的MKL和ifc(皆Intel 64版)，在邮箱里得到相应安装所需的.lic文件。 默认设置安装intel fortran compiler到默认文件夹(opt/intel/fce/10.1.015) 在/root/.bashrc中添加： source /opt/intel/fce/10.1.015/bin/ifortvars.sh export FC=/opt/intel/fce/10.1.015/bin/ifort (如果安装时提示缺少libstdc.so.5，下载这个rpm文件，并安装进系统： ftp://fr2.rpmfind.net/linux/opensuse/distribution/10.3/repo/oss/suse/x86_64/compat-libstdc++-5.0.7-86.x86_64.rpm 此文件在本贴附件中) 默认设置安装MKL到默认文件夹(/opt/intel/mkl/10.0.4.023) 在/root/.bashrc中添加: export MKL_HOME=/opt/intel/mkl/10.0.4.023 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/10.0.4.023/lib/em64t 输入bash使环境变量生效 并行环境可以用mpich2或lammpi ===========用mpich2============= 到http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下载mpich2-1.0.7.tar.gz mpich2-1.0.7.tar.gz解压到/sob/mpich2-1.0.7，进入此目录，运行： ./configure make make install (此时编译好的mpich2的文件已经被安装到默认路径/usr/local的各个子目录下) touch /etc/mpd.conf chmod 700 /etc/mpd.conf 将下面加入/etc/mpd.conf: secretword= (比如secretword=ltwd) (输入mpd&，然后mpdtrace是否能显示主机名，如果能出现代表安装成功。 如果提示诸如gethostbyname_ex failed for xxx，xxx是主机名，则修改/etc/hosts，加入 ，比如192.168.2.3 f7 f7) ===========用lam-mpi============= 到http://www.lam-mpi.org/7.1/download.php下载lam-7.1.4 解压到/sob/lam-7.1.4，进入此目录，运行： ./configure make make install --------------------------------------------------- 在/root/.bashrc中添加: export MPI_HOME=/usr/local export AMBERHOME=/sob/amber10 export PATH=$PATH:/sob/amber10/bin 输入bash使环境变量生效 将AmberTools-1.2.tar.bz2解压至/sob/amber10 将amber10.tar.bz2也解压至/sob/amber10，使两个压缩包的文件在一个目录下 下载最新的amber10的bugfix，http://amber.scripps.edu/bugfixes/10.0/bugfix.all，复制到/sob/amber10目录中 /sob/amber10> chmod 777 -R * /sob/amber10> patch -p0 -N -r patch-rejects ./configure_at gcc 更改config.h中FC=gfortran为FC=ifort，FFLAG中的-O1改为-O3，并加上-axT，删除-fno-automatic。 /sob/amber10/src> make -f Makefile_at /sob/amber10/src> ./configure_amber ifort 更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP为-axT /sob/amber10/src> make serial /sob/amber10/src> make clean /sob/amber10/src> ./configure_amber -mpich2 ifort (若用lammpi，把-mpich2改为-lam) 更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP为-axT /sob/amber10/src> make parallel 安装完毕，进行测试 测试串行版本： /sob/amber10/test>make test /sob/amber10/test>make test.serial.QMMM 我这里bintraj和divcon是failure，其它都PASS，应该是程序自身的bug。 测试并行版本： 如果用lam-mpi，把/root/.bashrc中设定的环境变量都复制到某个用户的主目录下的.bashrc，然后登陆到那个用户再执行下列命令，因为root用户不能启动lamboot。 /sob/amber10/test>mpd& (若用lam-mpi，输入lamboot) /sob/amber10/test>export DO_PARALLEL='mpirun -np 2' (有些项目需要-np 4并行，-np 2时自动跳过) /sob/amber10/test>make test.parallel 全部PASS /sob/amber10/test>make test.parallel.QMMM 全部PASS 为节省空间，此后可删掉test目录 此外，还有一种更简单的安装方法，直接调用amber10里面自带的lam-7.1.3的配置脚本。 MKL、ifort安装过程不变。然后略过装lam-7.1.4那步，也不用设MPI_HOME。其它过程都不变，一直到make serial并且make clean之后，输入 ./configure_amber -lamsource ifort 更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP为-axT ./configure_lam (这步自动将自带的lam-7.1.3装上) make parallel 就装好了，测试步骤同上 PS: intel的CPU为提高性能一定要用ifort。C语言编的部分运算量不大，不需要用icc，也无须专门设置优化参数。 -axT是优化选项，针对Core2架构，对不同类型intel的CPU应当用不同优化选项，详见/opt/intel/fce(or cce)/10.1.015/doc/Doc_index.htm，进入Document那项，选Optimizing Applications-Using Compiler Optimizations 本文系sobereva发表自：http://www.mdbbs.org/thread-5142-1-1.html |
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