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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 向NCBI提交微生物基因组完成图方法
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hxswdl

至尊木虫 (文坛精英)

Tortoise

文献杰出贡献

[求助] 向NCBI提交微生物基因组完成图方法 已有1人参与

百度到的文档都过时了，请有经验的人来帮忙解释一下，谢谢~
因为流程与以前不同了，没有经验的请不要应助，请理解
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Dripping Concentrated!!energetic and active！
1楼 2015-08-28 09:36:47
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hc-material

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
hxswdl: 金币+60, ★有帮助, 辛苦分吧，我是要提交基因组，回复里连关键词都没有一个，不过有些方法应该可以参考一下的，感谢~ 2015-09-01 21:58:39
1、打开NCBI的数据提交页面，DNA和cDNA就是第一个，有两种方式，Banklt是网页在线形式，Sequin是本地批量形式，网页形式的话应先点右上角的NCBI注册，注册好后再返回到这个页面点击Banklt，NCBI将保存你提交的数据在你的帐户，如果一次没完成，下次登录后可以继续提交，介而网络的原因，不推荐这种方式。第二种是用Sequin软件在本地生成提交信息文件，然后将文件通过邮件的形式发送给NCBI，这里主要介绍这种方式，Banklt注册的程序内容也和Sequin一样。

2、下载sequin，如果是windows系统就下载”sequin.win.exe“。

3、双击打开程序”sequin”，如果打不开的话，按“win+R”,输入”cmd”，进入sequin存放的位置。如放这个文件夹中“D:\Program Files\”,首先在刚打开的命令符窗口中输入”D:”,进入D盘后,输入”cd Program Files”,进入这个文件夹后，输入“sequin.exe”就可以了。

4、打开软件后，点第一行的”Start New Submission”，提交新的序列。

5、在文本域中输入序列的题目，如果是多序列的话就概括一下，这个关系不是很大，文章发表后可以修改这个题目为文章题目，但不填不行；上面有两个单选按钮，”Immediately After Processing”是提交后马上公布，”Release Date”是在规定的时间之后发布，如果你提交的序列还没有写文章，建议还是选”Release Date”，然后点”Next Page”进行下一步。

6、下一步填写通讯作者信息，注意中国人的名称的话，姓是“First Name”，名是”Last Name”，不填”M.I.”,电话和传真前面加上中国的区号”+0086″，填好后”Next Page”。

7、在接下来的这个页面填写作者信息，Consortium边的文本框可以不管它，然后点“Next Page”。

8、填写通讯作者联系地址，注意Country应填全称”P.R China”。

9、接下来的这部是”Preparing the Sequences”，选择”Use the normal submission dialog”，如果是特殊序列，就选择下面的选项。

10、接下来是”Sequence Format”，如果是提交基因，选择默认的可以了。

11、接下来是”Organism and Sequences”，将你的序列按照格式以FASTA格式保存一个文本文件，例如：
















1
>A-0V-1-A [organism=Gallus gallus] [clone=C]



2
TCACTCTTTGGCAACGACCCGTCGTCATAATAAAGATAGAGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAAT



3
>A-0V-2-A [organism=Drosophila melanogaster] [strain=D]



4
TCACTCTTTGGCAACGCGTCGTCACAATAAAGATAGAGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAAT

如果知道功能，也可在后面加上描述信息，如”Homo sapiens superoxide dismutase 1, soluble (SOD1), mRNA”；

12、接下来选择测序方法，如果是单个基因测序，一般是”Sanger dideoxy sequencing”，具体的方法可以咨询测序公司，下面的选项可以先不管。

13、接下来页面都不要先填，一直点”Next Form”,最后那里填上蛋白名称和描述信息。

14、在接下来的页面在Annotate里注释详细的信息就可以了，一般如果是基因的话也只需要填CDS和exon信息就可以了。

15、填好后Save保存，会生成一个以sqn后缀的文件，将这个文件发给gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov就可以了，邮件不需要写什么内容，写了别人也不会看，接下来就等着回复吧，一般五个工作日就会有结果。
祝顺利。
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2楼2015-08-28 11:39:04
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