应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么下载基因组序列？并做blast
81/1返回列表
查看: 2249  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

siyuansing

银虫 (小有名气)

[求助] 怎么下载基因组序列？并做blast 已有2人参与

已经在NCBI上查找到了土曲霉的基因组信息
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_AAJN00000000.1
但是不知道如何查看，也不知道怎么下载基因组信息。
另外想用构巢曲霉的一段基因跟土曲霉的基因组做blast，不知道怎么做，请大家帮帮忙
构巢曲霉的这段基因的ID：2872690
谢谢大家帮忙了
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-08-27 17:38:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用windows的单机blast程序做
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-27 18:26:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-27 22:58:27
siyuansing: 金币+20, ★有帮助, 谢谢啦 2015-08-29 12:59:53
进入NCBI主页----点击网页右侧中的genome---再点击genome页面中的microbes（微生物）---再点击ftp--再找到土曲霉所在的菌株点击就行了
赞一下 回复此楼
上邪!我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢与君绝！
3楼2015-08-27 19:33:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

siyuansing

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuer413023 at 2015-08-27 19:33:55
进入NCBI主页----点击网页右侧中的genome---再点击genome页面中的microbes（微生物）---再点击ftp--再找到土曲霉所在的菌株点击就行了

已经找到了啊，就是那个链接，但是不知道怎么下载下来，也不知道怎么查看，能帮忙看一下么？
赞一下 回复此楼
4楼2015-08-27 21:36:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币
引用回帖:
4楼: Originally posted by siyuansing at 2015-08-27 21:36:39
已经找到了啊，就是那个链接，但是不知道怎么下载下来，也不知道怎么查看，能帮忙看一下么？...

The nucleotide and protein databases are currently undergoing maintenance, and as a result, newly submitted sequences will not be retrievable. Full service should be restored by September 4, 2015.-------------这是链接主页面显示的，核酸和蛋白质数据库正在维护啊，没有faste格式可供下载，后面说了---这些服务可能在2015.9.4恢复
赞一下 回复此楼
上邪!我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢与君绝！
5楼2015-08-29 13:26:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币
引用回帖:
4楼: Originally posted by siyuansing at 2015-08-27 21:36:39
已经找到了啊，就是那个链接，但是不知道怎么下载下来，也不知道怎么查看，能帮忙看一下么？...

再者，可供下载的FTP站点见下图根本没有Aspergillus terreus NIH2624------这个菌株刚测序，文章虽发了，但各种注释，序列整理之类的还需要等一等
怎么下载基因组序列？并做blast
360截图20150829132838459.jpg
赞一下(1人) 回复此楼
上邪!我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢与君绝！
6楼2015-08-29 13:30:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币
This entry is the master record for a whole genome shotgun sequencing project and contains no sequence data.----看这里-------- contains no sequence data
赞一下(1人) 回复此楼
上邪!我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢与君绝！
7楼2015-08-29 13:34:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

siyuansing

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wuer413023 at 2015-08-29 13:34:01
This entry is the master record for a whole genome shotgun sequencing project and contains no sequence data.----看这里-------- contains no sequence data

谢谢啦！

但是拿另外一段基因，选择这个菌种的基因组，已经可以做blast了，找到其中一个scaffold。
赞一下 回复此楼
8楼2015-09-01 12:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 siyuansing 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭