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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求指导？
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453695608

银虫 (正式写手)

[求助] 求指导？ 已有1人参与

我是这样编写的：compute 1 all rdf 25  2  1
fix 5 all ave/time 10 1 10  c_1 file temp.profile  mode vector
25是不是代表要求的rdf的原子数？  那2,1，分别代表什么啊：
# Row c_1[1] c_1[2] c_1[3]
180 25
1 0.2 0 0
2 0.6 0 0
3 1 0 0
4 1.4 100.22 1.61538
5 1.8 20.263 2.15385
6 2.2 11.6425 2.61538
7 2.6 0 2.61538
8 3 19.8519 4.07692
9 3.4 45.5683 8.38462
10 3.8 11.7284 9.76923
11 4.2 18.6713 12.4615
12 4.6 8.89558 14
13 5 18.8249 17.8462
14 5.4 7.10183 19.5385
15 5.8 12.3128 22.9231
16 6.2 2.93887 23.8462
17 6.6 0.864515 24.1538
18 7 0.768562 24.4615
19 7.4 0 24.4615
20 7.8 0 24.4615
21 8.2 0 24.4615
22 8.6 0 24.4615
23 9 0 24.4615
24 9.4 0 24.4615
25 9.8 0 24.4615

190 25
1 0.2 0 0
2 0.6 0 0
3 1 0 0
4 1.4 0 0
5 1.8 0 0
6 2.2 0 0
7 2.6 0 0
8 3 0 0
9 3.4 0 0
10 3.8 0 0
11 4.2 0 0
12 4.6 0 0
13 5 0 0
14 5.4 0 0
15 5.8 0 0
16 6.2 0 0
17 6.6 0 0
18 7 0 0
19 7.4 0 0
:
这是我得到的结果，c-1（2，3)分别代表什么呢？
为什么到时间190的时候c-1（2，3)的数据全部都是0啊！
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学习更多的知识，为了未来
1楼 2015-08-27 16:17:56
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
453695608: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-08-28 09:44:40
手册是这么写的：
compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ...
ID, group-ID are documented in compute command
rdf = style name of this compute command
Nbin = number of RDF bins
itypeN = central atom type for Nth RDF histogram (see asterisk form below)
jtypeN = distribution atom type for Nth RDF histogram (see asterisk form below)

所以25代表所分bin的数目；
2 代表中心原子的类型，在你的情况下，你选择了type 2为中心原子
1 代表所关系的围绕中心原子的类型，在你的情况下，你选择了type 1
总之，你的gr画出的是 围绕“类型2”的 “类型为1的原子”的分布。

建议楼主：先看一下gr的定义
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-08-28 06:50:54
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453695608

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2015-08-28 06:50:54
手册是这么写的：
compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ...
ID, group-ID are documented in compute command
rdf = style name of this compute command
Nbin = number of RDF bins
it ...

为什么后面的不是gr都是0啊，那bin的数目是不是应该和围绕中心原子的数目一样呢？
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学习更多的知识，为了未来
3楼2015-08-28 09:44:18
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453695608

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2015-08-28 06:50:54
手册是这么写的：
compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ...
ID, group-ID are documented in compute command
rdf = style name of this compute command
Nbin = number of RDF bins
it ...

后面c-1,2,3代表什么呀，后面几步为什么都是0
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学习更多的知识，为了未来
4楼2015-08-28 09:46:47
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alundilong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 453695608 at 2015-08-27 19:46:47
后面c-1,2,3代表什么呀，后面几步为什么都是0...

请您仔细看一下gr的定义。
您问的问题显然可以看出您根本没有理解gr。
至于为何是零，我想说的是 “physical is yours”
P.S. gr不是复杂的东西。
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5楼2015-08-28 22:28:52
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