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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用lammps做CH4的MSD均方位移过程中出现问题
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missingwudi

新虫 (初入文坛)

[求助] 用lammps做CH4的MSD均方位移过程中出现问题 已有1人参与

in文件是这样的：
units         real
boundary         p p p
atom_style         full
angle_style         harmonic
bond_style         harmonic

pair_style  lj/cut 10.0
pair_modify mix arithmetic  

read_data        data.final_0.3
replicate    1 1 1

group         A_C type 3
group   CH4 type 1 2

timestep  0.5

neighbor         2.0 bin
neigh_modify   delay 5 every 1 check yes

velocity CH4 create 300.0 4928459
fix   freeze A_C setforce 0.0 0.0 0.0

minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000

fix    1  CH4 rigid single
fix    2  CH4 nvt temp 300.0 300.0 0.01

compute methane_temp   CH4 temp

thermo_style custom step temp pe etotal press vol c_methane_temp
thermo    1000

dump  1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z
dump_modify 1 sort 1 first no

log                 log.lammps
run                 1000000

undump  1
unfix   2

fix   3   CH4 nve
fix   4  CH4 temp/rescale 100 1.0 1.1 0.02 0.5

dump  2 all custom 10000 nve.lammpstrj id type xu yu zu
dump_modify 2 sort 1
dump 3 all xyz 10000 nve.xyz
dump_modify 3 sort 1

compute                msd_CH4 CH4 msd com yes
fix                5 CH4 ave/time 1 1 10000 c_msd_CH4 file msd_CH4 start 1000000 mode vector

run                 1000000
问题：导出来的文件出现了错误
dump.lammpstrj文件：
ITEM: TIMESTEP
1000
ITEM: NUMBER OF ATOMS
3310
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
0 39.9
0 39.9
0 39.9
ITEM: ATOMS id type x y z
1 1 -nan -nan -nan
2 2 -nan -nan -nan
3 2 -nan -nan -nan
4 2 -nan -nan -nan
5 2 -nan -nan -nan
6 1 -nan -nan -nan
7 2 -nan -nan -nan
8 2 -nan -nan -nan
9 2 -nan -nan -nan
10 2 -nan -nan -nan
11 1 -nan -nan -nan
12 2 -nan -nan -nan
13 2 -nan -nan -nan
14 2 -nan -nan -nan
15 2 -nan -nan -nan
16 1 -nan -nan -nan
17 2 -nan -nan -nan
18 2 -nan -nan -nan
19 2 -nan -nan -nan
20 2 -nan -nan -nan
21 1 -nan -nan -nan
22 2 -nan -nan -nan
23 2 -nan -nan -nan
24 2 -nan -nan -nan
25 2 -nan -nan -nan
26 1 -nan -nan -nan
27 2 -nan -nan -nan
28 2 -nan -nan -nan
29 2 -nan -nan -nan
30 2 -nan -nan -nan
31 1 -nan -nan -nan
32 2 -nan -nan -nan
33 2 -nan -nan -nan
34 2 -nan -nan -nan
35 2 -nan -nan -nan
36 1 -nan -nan -nan
37 2 -nan -nan -nan
38 2 -nan -nan -nan
39 2 -nan -nan -nan
40 2 -nan -nan -nan
41 1 -nan -nan -nan
42 2 -nan -nan -nan
43 2 -nan -nan -nan
44 2 -nan -nan -nan
45 2 -nan -nan -nan
46 1 -nan -nan -nan
47 2 -nan -nan -nan
48 2 -nan -nan -nan
49 2 -nan -nan -nan
50 2 -nan -nan -nan
51 1 -nan -nan -nan
52 2 -nan -nan -nan
53 2 -nan -nan -nan
54 2 -nan -nan -nan
55 2 -nan -nan -nan
56 1 -nan -nan -nan
57 2 -nan -nan -nan
58 2 -nan -nan -nan
59 2 -nan -nan -nan
60 2 -nan -nan -nan
61 1 -nan -nan -nan
62 2 -nan -nan -nan
63 2 -nan -nan -nan
64 2 -nan -nan -nan
65 2 -nan -nan -nan
66 1 -nan -nan -nan
67 2 -nan -nan -nan
68 2 -nan -nan -nan
69 2 -nan -nan -nan
70 2 -nan -nan -nan
71 1 -nan -nan -nan
72 2 -nan -nan -nan
73 2 -nan -nan -nan
74 2 -nan -nan -nan
75 2 -nan -nan -nan
76 1 -nan -nan -nan
77 2 -nan -nan -nan
78 2 -nan -nan -nan
79 2 -nan -nan -nan
80 2 -nan -nan -nan
81 1 -nan -nan -nan
82 2 -nan -nan -nan
83 2 -nan -nan -nan
log文件：
WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (../modify.cpp:245)
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:645)
Memory usage per processor = 6.25594 Mbytes
Step Temp PotEng TotEng Press Volume methane_
      32   0.10282812    3612.6324     3612.927    16623.972    63521.199     98.81782
    1000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    2000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    3000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    4000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    5000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    6000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    7000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
    8000         -nan         -nan         -nan         -nan    63521.199         -nan
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1楼 2015-08-24 19:37:54
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missingwudi: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 好像是可以的，程序还在跑，等结果出来了再向您讨教 2015-08-25 15:00:13
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
这个先去掉, minimize和fix nvt不能同时用。
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2楼2015-08-25 11:24:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missingwudi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-08-25 11:24:33
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
这个先去掉, minimize和fix nvt不能同时用。

开始计算时好的，算着算着又出现问题了，还是同样的问题
1100 2 -nan -nan -nan
1101 1 -nan -nan -nan
1102 2 -nan -nan -nan
1103 2 -nan -nan -nan
1104 2 -nan -nan -nan
1105 2 -nan -nan -nan
1106 1 -nan -nan -nan
1107 2 -nan -nan -nan
1108 2 -nan -nan -nan
1109 2 -nan -nan -nan
1110 2 -nan -nan -nan
1111 1 -nan -nan -nan
1112 2 -nan -nan -nan
1113 2 -nan -nan -nan
1114 2 -nan -nan -nan
1115 2 -nan -nan -nan
1116 1 -nan -nan -nan
1117 2 -nan -nan -nan
1118 2 -nan -nan -nan
1119 2 -nan -nan -nan
1120 2 -nan -nan -nan
1121 1 -nan -nan -nan
1122 2 -nan -nan -nan
1123 2 -nan -nan -nan
1124 2 -nan -nan -nan
1125 2 -nan -nan -nan
1126 1 -nan -nan -nan
1127 2 -nan -nan -nan
1128 2 -nan -nan -nan
1129 2 -nan -nan -nan
1130 2 -nan -nan -nan
1131 1 -nan -nan -nan
1132 2 -nan -nan -nan
1133 2 -nan -nan -nan
1134 2 -nan -nan -nan
1135 2 -nan -nan -nan
1136 1 -nan -nan -nan
1137 2 -nan -nan -nan
1138 2 -nan -nan -nan
1139 2 -nan -nan -nan
1140 2 -nan -nan -nan
1141 1 -nan -nan -nan
1142 2 -nan -nan -nan
1143 2 -nan -nan -nan
1144 2 -nan -nan -nan
1145 2 -nan -nan -nan
1146 1 -nan -nan -nan
1147 2 -nan -nan -nan
1148 2 -nan -nan -nan
1149 2 -nan -nan -nan
1150 2 -nan -nan -nan
1151 1 -nan -nan -nan
1152 2 -nan -nan -nan
1153 2 -nan -nan -nan
1154 2 -nan -nan -nan
1155 2 -nan -nan -nan
1156 1 -nan -nan -nan
1157 2 -nan -nan -nan
1158 2 -nan -nan -nan
1159 2 -nan -nan -nan
1160 2 -nan -nan -nan
1161 1 -nan -nan -nan
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3楼2015-08-25 15:32:53
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by missingwudi at 2015-08-24 19:32:53
开始计算时好的，算着算着又出现问题了，还是同样的问题
1100 2 -nan -nan -nan
1101 1 -nan -nan -nan
1102 2 -nan -nan -nan
1103 2 -nan -nan -nan
1104 2 -nan -nan -nan
1105 2 -nan -nan -nan
...

我不是很清楚，可以尝试以下

1. 采用更小的timestep
2. 先把体系minimize之后再用nvt平衡
3. fix    1  CH4 rigid single
fix    2  CH4 nvt temp 300.0 300.0 0.01
这个用法按照lammps手册上的说法有点可疑，或许可以把fix rigid去掉后试试看，或者把这两个fix结合起来，直接用fix rigid/nvt.

4. 当你体系的温度变得无限大，可以把你lammpstrj 文件在VMD里显示出来，看是否有很奇怪的构型出现。
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4楼2015-08-26 08:17:56
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missingwudi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-08-26 08:17:56
我不是很清楚，可以尝试以下

1. 采用更小的timestep
2. 先把体系minimize之后再用nvt平衡
3. fix    1  CH4 rigid single
fix    2  CH4 nvt temp 300.0 300.0 0.01
这个用法按照lammps手册上的说法有点可 ...

好的，我把fix rigid去掉之后可以计算了，我有个问题想问一下，利用lammps自身的msd语句compute  msd_CH4 CH4 msd com yes计算出来的结果我该怎么处理才能得到扩散系数
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5楼2015-08-28 13:05:42
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by missingwudi at 2015-08-27 17:05:42
好的，我把fix rigid去掉之后可以计算了，我有个问题想问一下，利用lammps自身的msd语句compute  msd_CH4 CH4 msd com yes计算出来的结果我该怎么处理才能得到扩散系数...

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6899039&fpage=1
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6楼2015-08-29 07:32:56
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