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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 用什么软件可以确定我得基因序列和已知的基因序列的相似度具体是多少？
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wq654860

木虫 (初入文坛)

[求助] 用什么软件可以确定我得基因序列和已知的基因序列的相似度具体是多少？ 已有5人参与

我得到一个基因序列，但是我想知道我得基因序列和NCBI上已知的基因序列的相似度具体是多少，我在论坛上也看到有人提出类似的问题，但是大家都回答的比较潦草应付，根本没有解决实际问题。真希望有个大神能给出常用的软件使用方法、流程和如何分析的！答案满意会另有金币！
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1楼 2015-08-23 09:53:41
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helios_hj

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wq654860(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-24 09:47:05
wq654860: 金币+10, ★有帮助 2015-08-25 08:02:20
DNASTAR里的MegAlign模块，还有MEGA软件都可以做基因同源性分析
操作很简单，百度下都知道的
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Ifyouthinkyoucan,youcan!!!
2楼2015-08-23 10:14:52
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
wq654860: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2015-08-25 08:01:56
wq654860: 金币+10 2015-08-25 08:02:45
因为序列比对是生物学多个分支里最基本的技能，很多人都会，也有很多软件可以实现，操作也很简单，所以如果有人提问，回答者给出很简单的答案很正常的，向楼上说的DNASTAR和MEGA都很好。
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3楼2015-08-23 11:38:34
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随风飘摇11

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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wq654860: 金币+10 2015-08-25 08:02:29
直接放NCBI里BLAST不行吗

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天道酬勤
4楼2015-08-23 12:48:52
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HenrryJia

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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wq654860: 金币+9 2015-08-25 08:02:36
NCBI上可以直接blast，或者用snapgene也可以~

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5楼2015-08-23 13:26:45
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wq654860

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by HenrryJia at 2015-08-23 13:26:45
NCBI上可以直接blast，或者用snapgene也可以~

请这位大侠把方法说的具体点，很多帖子都说用blast，您说的是通过blast-two吗，但是如何操作才能得到结果，哪个分值代表相似度。
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6楼2015-08-24 09:11:38
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wq654860

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2015-08-23 11:38:34
因为序列比对是生物学多个分支里最基本的技能，很多人都会，也有很多软件可以实现，操作也很简单，所以如果有人提问，回答者给出很简单的答案很正常的，向楼上说的DNASTAR和MEGA都很好。

确实向这位大侠说的这样，系列比对是生物信息学比较基础的操作，但是大家都认为简单，但是大家都认为简单所以才忽略了操作流程，我接触生物学时间虽然不长，但对一些常规软件还是了解一些，大家说的blast、mage、clustalx我也在使用，但是这些软件虽然能比较序列，但就是不知道哪个软件能给出基因之间的相似度是多少、如何得到。这个一直也困扰我希望大侠给个建议。
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7楼2015-08-24 09:20:16
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wq654860

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 随风飘摇11 at 2015-08-23 12:48:52
直接放NCBI里BLAST不行吗

放在blast里面，但是得出的结果很多哪个能代表相似度？
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8楼2015-08-24 09:21:31
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hanyu426980

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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wq654860: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-08-25 08:01:25
NCBI——BLAST——ALIGN two sequences——放入你要比较的两段序列——BLAST——结果中有个Ident的百分比就是你要的相似度。
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9楼2015-08-24 11:25:48
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wq654860 at 2015-08-24 09:20:16
确实向这位大侠说的这样，系列比对是生物信息学比较基础的操作，但是大家都认为简单，但是大家都认为简单所以才忽略了操作流程，我接触生物学时间虽然不长，但对一些常规软件还是了解一些，大家说的blast、mage、c ...

blast和DNAman比对完后都会给出序列的相似度，你可以用blast试一下。mega和clustalx比对完后好像就是联配结果，不知道能不能调出相似性矩阵。一般情况下都是用软件比对完后直接用结果，而不管这个结果是怎么运算得到的，因为运算过程有些复杂。
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10楼2015-08-24 14:07:59
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