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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » DMol3单点能量计算出错，体系较大
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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qiangwxr

木虫 (小有名气)

[求助] DMol3单点能量计算出错，体系较大

体系含3个C60和其它几个小分子，共360个原子，试了几次都报错，MS7.0，win7电脑内存48G，信息如下：

matrix diagonalization has max memory requirements  1063.4 MB      117.6    94.6   851.2

real array elements, matrices vectors etc:     850.3 MB
integer arrays                           :      15.0 MB
min recommended for all-incl workspace   :     855.9 MB
Total memory allocated for arrays         :    1063.4 MB
Memory for temporary file storage on disk :    1029.9 MB
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
ERROR: Can't allocate array in DMF_write_real_array_memory
| File number:            4
| Error number:           4
| Variable number:        1
| Length:          27878400
| Task / numprocs:        0       2
| Aborting.
ERROR: Can't allocate array in DMF_write_real_array_memory  
| File number:            4                                
| Error number:           4                                
| Variable number:        1                                
| Length:          27878400                                
| Task / numprocs:        1       2                        
| Aborting.
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1楼 2015-08-20 14:56:19
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by qiangwxr at 2015-08-21 10:02:23
谢谢回复。在Job Control中增加Max. memory到28048MB（默认为2048MB)，还是报相同的错误。将多线程修改为单线程，也还是报这种错误。
将File usage从Smart修改为Disk，半小时过去还没报错（一般几分钟就报错），还 ...

这样做也没有太多好处，大量数据将会从内存转向硬盘，存储速度也相当慢。计算本就不该开着超线程。建议降低精度或是采用计算能力充分的服务器来处理。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2015-08-21 10:36:14
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
内存不足，尝试扩大memory per core试试，如果还不行也只好减小基函数数目，win比linux内存消耗严重多了。手头上两台64G内存12cores的服务器并行也不敢算超过200原子的体系。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-08-20 23:41:10
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qiangwxr

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-20 23:41:10
内存不足，尝试扩大memory per core试试，如果还不行也只好减小基函数数目，win比linux内存消耗严重多了。手头上两台64G内存12cores的服务器并行也不敢算超过200原子的体系。

谢谢回复。在Job Control中增加Max. memory到28048MB（默认为2048MB)，还是报相同的错误。将多线程修改为单线程，也还是报这种错误。
将File usage从Smart修改为Disk，半小时过去还没报错（一般几分钟就报错），还在计算中，结束后再来回复。
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3楼2015-08-21 10:02:23
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qiangwxr

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-21 10:36:14
这样做也没有太多好处，大量数据将会从内存转向硬盘，存储速度也相当慢。计算本就不该开着超线程。建议降低精度或是采用计算能力充分的服务器来处理。...

谢谢。3.5小时计算成功。只是看一下大概的HOMO和LUMO，所以想用Dmol Energy粗算一下。
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5楼2015-08-21 13:23:59
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