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SuperArray PCR芯片技术资料
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SuperArray公司新近推出了第二代功能分类基因芯片。该芯片基于 SuperArray公司开发的200多种 Oligo基因芯片（第一代功能分类基因芯片），结合了实时定量PCR和第一代功能分类基因芯片的优点，可在一次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平。 SuperArray公司在第二代功能分类基因芯片的研发过程中，攻克了从反应体系优化到基因准确定量等多方面的技术难点。该芯片不仅克服了实时定量PCR检测基因表达工作量大、耗时久的缺点，而且将基因芯片的检测精度提高到了与实时定量PCR相当的水平。 1.引物设计严谨 SYBR Green可与所有的双链DNA反应（包括引物二聚体），为了使扩增反应集中于目的基因，避免非特异性扩增，引物设计成为关键因素。为得到单一特异的扩增产物，避免扩增出序列相似的非特异性产物，采用BLAST或者其他比对方法，检测引物在相应物种（如人，小鼠或大鼠）全基因组中的特异性。为了保证在相同的PCR条件下（特别是统一的退火温度），不同基因均能扩增出相应的特异性产物，对引物的CG值，解链温度（Tm），以及其他化学和物理的特性都进行了优化调整。为了获得高扩增效率，对扩增片段的长度也进行了优化，一般为100到200bp，确保在统一的循环反应的时间范围内，不同基因均能扩增出完整片段。 2.反应体系优化 为避免非特异性扩增，使用化学修饰的热启动Taq酶，只有经过热激步骤，Taq酶才能发挥扩增活性。同时，反应体系经过优化，可最大限度减少引物二聚体形成，并且保证较难扩增的片段都得到极高的扩增效率。 3.定量结果可靠 在标准的96孔PCR反应仪中进行实时定量PCR实验，为了获得高通量，无法为每个样品单独制备标准曲线。在完全相同的PCR反应条件下，希望表达量不同的多个基因均获得可靠的结果，需要确保每个基因都有较高的扩增效率，从而可采用简单的△△Ct方法计算基因表达量。 [search]SuperArray芯片[/search] |
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