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duhb655

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[求助] 7层for！ God. 已有2人参与

编的程序太大，数据量大，类型多，运算过程复杂，用了7层for循环，一个字，慢！
怎么破:

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1楼 2015-08-04 15:50:21

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独孤神宇

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【答案】应助回帖

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duhb655: 金币+7, ★有帮助 2015-08-08 15:35:30

尽量使用向量化编程代替循环，非得用循环时，循环次数多的放在内层。。。

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数值计算

2楼2015-08-04 22:29:51

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Nkxz

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不给出程序，无法给你确切的建议。数据量不大的话几层for循环都无所谓，只要你自己不被弄糊涂就行。如果大数据的话最好还是优化下，matlab对大数据处理加上n个for循环，估计计算慢死了。

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3楼2015-08-05 09:33:37

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windoi

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【答案】应助回帖

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duhb655: 金币+10, ★有帮助 2015-08-08 15:34:54

很多地方都可以用自定义函数或者矩阵形式计算的吧，我之前也遇到过，有的地方可以直接用矩阵形式把for循环代替，快了不少哇。

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乐观，努力。

4楼2015-08-06 15:52:26

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duhb655

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引用回帖:

3楼: Originally posted by Nkxz at 2015-08-05 09:33:37
不给出程序，无法给你确切的建议。数据量不大的话几层for循环都无所谓，只要你自己不被弄糊涂就行。如果大数据的话最好还是优化下，matlab对大数据处理加上n个for循环，估计计算慢死了。

CODE:

%function run_DFA_Du

clear

clc

regions={'Argentina';'Australia';'Benin';'Brazil';'Canada';'China';'European';...

    'GHCND';'India_resolution';'Japan';'Korea';'Mongolia';'New_Zealand';'Saudi Arabia';'SouthAfrica';'USA_resolution'};

region={'Arg';'Aus';'Ben';'Bra';'Can';'Chi';'Eur';'Ghc';'Ind';'Jap';'Kor';'Mon';'New';'Sau';'Sou';'Usa'};

lenregions=length(regions);

indir='F:\Process\Du_Haibo\Global station climate data\data_mat\';

datalist=dir([indir,'*.mat']);

datanum=length(datalist);

if lenregions~=datanum

    disp('Errors in the number of data and regions!');

    %break;

    return

end

for iregion=1:lenregions

    disp('请不要关Matlab！！！程序运行中。。请不要关机！！！已设置自动关机');

    %for i=1:40

    %    zprintf('_Red','请不要关Matlab！！！程序运行中。。。');

    %    disp('请不要关机！！！已设置自动关机')

    %end

    outdir=['F:\Process\Du_Haibo\Global climate extremes\R-DFA\',regions{iregion},'\'];

    if ~isdir(outdir);mkdir(outdir);end

    outtfile=[outdir,region{iregion},'_'];

    DATA=load([indir,datalist(iregion).name]);

    da=DATA.data;

    clear DATA;

    lensites=length(da)-3;

    latlon=da{lensites+2};station=da{lensites+3};

    ymd0=da{lensites+1};

    sy=1961;ey=2010;leny=ey-sy+1;ymd=make_ymd(sy,ey);

    rowymd=ismember(ymd0,ymd,'rows');

    hightmax=1;hightmin=2;lowtmax=3;lowtmin=4;prcp=5;

    miss=-99.9;%missing data

    order=1;qth=2;

    %dfahightmax=cell(lensites,1);dfahightmin=cell(lensites,1);dfalowtmax=cell(lensites,1);dfalowtmin=cell(lensites,1);dfaprcp=cell(lensites,1);

    cols=[hightmax;hightmin;lowtmax;lowtmin;prcp];%here control the variables for calculating

    lencols=length(cols);

    misspercentile=99;%syear=ymd(1,1);eyear=ymd(length(ymd(:,1)),1);

    valid_site=zeros(lensites,lencols);

    num=zeros(lensites,lencols);

    subname={'hightmax','hightmin','lowtmax','lowtmin','prcp'};

    missratio=0.2;%allow the max missing ratio of 0.2 for each year

    wait=waitbar(0,'0%','Name',['Schedule for ',regions{iregion}, '...']);

    nlen=floor(lensites/50);

    if lensites<=50;ju=lensites;

    else ju=50:50:50*nlen;

        if rem(lensites,50)~=0;ju0=50:50:50*nlen;ju=[ju0 lensites];end

    end

    dfaindex=cell(lensites,lencols);

    for isite=1:lensites

        if ~isempty(find(ju==isite, 1));disp('请不要关机！！！已设置自动关机');end

        tic

        x=da{isite};x=round(x*10)/10;

        x(isnan(x))=miss;

        x=x(rowymd,:);

        for icol=1:lencols

            if icol==prcp;col=1;

            elseif icol==hightmax;col=2;

            elseif icol==hightmin;col=3;

            elseif icol==lowtmax;col=2;

            else  col=3;

            end%column of variables: prcp,tmax,or tmin

            if length(find(x(:,col)==miss))/length(x(:,1))>0.5

                num(isite,icol)=leny;

            else

                num(isite,icol)=missingyearjudge(ymd,x,misspercentile,miss,icol,col,sy,ey,missratio);

            end

            yymd=ymd;

            if num(isite,icol)<missratio*leny%if the ratio of missing years are less than the missratio

                valid_site(isite,icol)=1;

                datain=x(:,col);

                yymd(datain==miss,:)=[];datain(datain==miss)=[];

                if icol==prcp

                    yymd=yymd(:,2);

                    unid=unique(yymd,'rows');

                    lenid=length(unid);

                    for id=1:lenid

                        ed=datain(ismember(yymd,unid(id,1),'rows'));

                        ed(ed==0)=[];

                        if isempty(ed)

                            unid(id,3)=0;

                        else

                            unid(id,3)=mean(ed);

                        end

                    end

                    [~,meanrow]=ismember(yymd,unid(:,1),'rows');

                else

                    yymd=yymd(:,2:3);

                    unid=unique(yymd,'rows');

                    lenid=length(unid);

                    for id=1:lenid

                        unid(id,3)=mean(datain(ismember(yymd,unid(id,1:2),'rows')));

                    end

                    [~,meanrow]=ismember(yymd,unid(:,1:2),'rows');

                end

                meand=unid(meanrow,3);

                y1=cumsum(datain-meand)';

                uni=unique(datain);

                if icol==hightmax || icol==hightmin || icol==prcp

                    uni=flipud(uni);

                end

                if icol==prcp

                    thre=perthre_for_dfa([datain datain datain],miss,50,icol,col);

                    differe=abs(uni-thre);

                else

                    thre=perthre_for_dfa([datain datain datain],miss,1,icol,col);

                    differe=abs(uni-thre);

                end

                row=find(differe==min(differe));

                uni=uni(1:row(1));

                lenuni=length(uni);

                dfa=zeros(lenuni,1);

                warning('off','all');

                N=length(datain);

                S=1:0.25:4;S=4.^S;S=S';S=floor(S);S(S>N/4)=[];

                len1=length(S);

                fs=cell(len1,1);

                fn=cell(len1,1);

                if icol<lencols;diffv=cell(len1,1);end

                n=fix(N./S); % The number of segmention for each segmention length

                for ifn=1:len1

                    s=S(ifn);

                    n1=floor(N/s);

                    fitcoef1=zeros(n1,order+1);

                    Yn0=zeros(n(ifn),1);

                    for jfn=1:n(ifn)

                        xfit=((jfn-1)*s+1):jfn*s;

                        yfit=y1(((jfn-1)*s+1):jfn*s);

                        fn{ifn,1}(jfn,:)=xfit;

                        %fitcoef1(jfn,:)=polyfit(xfit,yfit,order);

                        %Yn0(jfn)=mean((polyval(fitcoef1(jfn,:),xfit)-yfit).^2);

                        xfit=xfit(:);yfit=yfit(:);

                        V=zeros(s,order+1);

                        V(:,order+1)=ones(s,1);

                        for ij1 = order:-1:1

                            V(:,ij1) = xfit.*V(:,ij1+1);

                        end

                        fitcoef1 = V\yfit;

                        Yn0(jfn)=mean((fitcoef1(1)*xfit+fitcoef1(2)-yfit).^2);

                        if icol>lencols;diffv{ifn,1}(jfn,:)=(fitcoef1(1)*xfit+fitcoef1(2)-yfit).^2;end

                    end

                    fs{ifn}=Yn0;

                end

                if icol>lencols

                    parfor iuni=1:lenuni

                        ivalue=uni(iuni);

                        y1;fn;fs;N;S;diffv;

                        warning('off','all');

                        len1=length(S);

                        F=zeros(len1,1);

                        if icol==lowtmax || icol==lowtmin;

                            r1=find(datain<=ivalue);

                        else

                            r1=find(datain>=ivalue);

                        end

                        for ifn=1:len1

                            s=S(ifn);

                            Yn1=fs{ifn};

                            [row,~]=find(ismember(fn{ifn,1},r1)==1);

                            unir=unique(row);

                            lenr=length(unir);

                            for ir=1:lenr

                                jfn=unir(ir);

                                rowj1=((jfn-1)*s+1):jfn*s;

                                if icol==lowtmax || icol==lowtmin

                                    subr=find(datain(rowj1)>=ivalue);

                                else

                                    subr=find(datain(rowj1)<=ivalue);%tmax

                                end

                                if isempty(subr)

                                    Yn1(jfn)=0;

                                else

                                    subdiff=diffv{ifn,1}(jfn,:);

                                    Yn1(jfn)=mean(subdiff(subr));

                                end

                            end

                            F(ifn)=mean(Yn1(Yn1~=0).^(qth/2)).^(1/qth);

                        end

                        v=zeros(len1,2);

                        v(:,2)=ones(len1,1);

                        v(:,1)=log2(S).*v(:,2);

                        p=v\log2(F);

                        dfa(iuni,1)=p(1);

                    end

                else

                    parfor iuni=1:lenuni

                        ivalue=uni(iuni);

                        y1;fn;fs;N;S;%diffv;

                        warning('off','all');

                        len1=length(S);

                        F=zeros(len1,1);

                        if icol==lowtmax || icol==lowtmin;

                            r1=find(datain<=ivalue);r2=find(datain>ivalue);

                        else

                            r1=find(datain>=ivalue);r2=find(datain<ivalue);

                        end

                        for ifn=1:len1

                            s=S(ifn);

                            Yn1=fs{ifn};

                            [row,~]=find(ismember(fn{ifn,1},r1)==1);

                            unir=unique(row);

                            lenr=length(unir);

                            for ir=1:lenr

                                jfn=unir(ir);

                                rowj1=((jfn-1)*s+1):jfn*s;

                                r01= ismember(rowj1,r2)==1;xfit1=rowj1(r01);

                                lenx=length(xfit1);

                                if lenx>1

                                    yfit1=y1(xfit1);

                                    %fitcoef=polyfit(xfit1,yfit1,order);

                                    %Yn1(jfn)=mean((polyval(fitcoef,xfit1)-yfit1).^2);

                                    xfit1=xfit1(:);yfit1=yfit1(:);

                                    V1=zeros(lenx,order+1);

                                    V1(:,order+1)=ones(lenx,1);

                                    for ij1 = order:-1:1

                                        V1(:,ij1) = xfit1.*V1(:,ij1+1);

                                    end

                                    fitcoef = V1\yfit1;

                                    Yn1(jfn)=mean((fitcoef(1)*xfit1+fitcoef(2)-yfit1).^2);

                                else

                                    Yn1(jfn)=0;

                                end

                            end

                            F(ifn)=mean(Yn1(Yn1~=0).^(qth/2)).^(1/qth);

                        end

                        v=zeros(len1,2);

                        v(:,2)=ones(len1,1);

                        v(:,1)=log2(S).*v(:,2);

                        p=v\log2(F);

                        dfa(iuni,1)=p(1);

                    end

                end

                dfainx=[dfa uni];

                dfainx(isnan(dfainx(:,1)),:)=[];dfainx(dfainx(:,1)==0,:)=[];

                if icol==prcp;dfainx(dfainx(:,2)==0,:)=[];end

                %plot(dfainx(:,2),dfainx(:,1),'.-');

                %print('-dtiff','-r300',['prcp',num2str(station(U)),'.tiff']);

                %close(figure(1));

                dfaindex{isite,icol}=dfainx;

            end

        end%icol

        toc

        waitbar(isite/lensites,wait,[num2str(isite/lensites*100,'%.2f\n'),'%']);

        if ~isempty(find(ju==isite, 1))

            for icol=lencols:lencols

                if icol==prcp;col=1;

                elseif icol==hightmax;col=2;

                elseif icol==hightmin;col=3;

                elseif icol==lowtmax;col=2;

                else  col=3;

                end%

                if ~isempty(find(ismember(cols,icol)==1, 1))

                    row1=find(valid_site(:,icol)==1);lenrow1=length(row1);

                    if isempty(row1);data=[];

                    else

                        data=dfaindex(row1,icol);data{lenrow1+1}=latlon(row1,:);data{lenrow1+2}=station(row1);

                    end

                    save([outtfile,subname{icol},'.mat'],'data');

                end

            end

        end

    end

    clear da;

    delete(wait)

end

%!shutdown -s

%%%Du Haibo, 8/7/15%%%

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5楼2015-08-07 20:50:42

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duhb655

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引用回帖:

4楼: Originally posted by windoi at 2015-08-06 15:52:26
很多地方都可以用自定义函数或者矩阵形式计算的吧，我之前也遇到过，有的地方可以直接用矩阵形式把for循环代替，快了不少哇。

您看看我的程序啊？

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6楼2015-08-07 20:53:35

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