应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 关于拉伸动力学模拟SMD
21/1返回列表
查看: 2227  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

3115321

铁虫 (正式写手)

[交流] 关于拉伸动力学模拟SMD 已有1人参与

请问拉伸动力学模拟在gromacs里用的是什么方法。和Jarzynski’s equality公式有啥关系？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-08-01 10:37:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Jarzynski equality是统计物理学里的一个公式，大概意思是从A态到B态的自由能变化可以通过测量在不同构型中把体系从A拉到B所做的功来得到。

SMD就是具体实现用Jarzynski Equality计算自由能的方法，印象中在gromacs是用pull命令来实现，你可以搜搜看，应该有一些例子。
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-02 12:50:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 3115321 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭