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3115321

铁虫 (正式写手)

[交流] 关于拉伸动力学模拟SMD 已有1人参与

请问拉伸动力学模拟在gromacs里用的是什么方法。和Jarzynski’s equality公式有啥关系?
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
Jarzynski equality是统计物理学里的一个公式,大概意思是从A态到B态的自由能变化可以通过测量在不同构型中把体系从A拉到B所做的功来得到。

SMD就是具体实现用Jarzynski Equality计算自由能的方法,印象中在gromacs是用pull命令来实现,你可以搜搜看,应该有一些例子。
2楼2015-08-02 12:50:39
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