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新虫 (初入文坛)

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[交流] AMBER最后轨迹问题请教~~ 已有3人参与

大家好，我跑了一个受体配体复合物，首先跑了10ns，用cpptraj作rmsd后发现不稳定，故而以其rst为crd又跑了10ns，但是跑完后该如何将前后共20ns的轨迹合并得到一条完整的rmsd呢请大家指教

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在网上求助计算化学问题时的注意事项-Sobereva 已经有6人回复

1楼 2015-07-28 21:15:33

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lccbat

金虫 (初入文坛)

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在cpptraj的输入文件里面把两个轨迹文件都列出来，就可以了

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2楼2015-07-30 03:17:07

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smutao

禁虫 (著名写手)

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3楼2015-07-31 22:51:44

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dingmei

新虫 (初入文坛)

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专业: 药物化学

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cat rms.in
#trajin md.mdcrd
trajin prod1.crd
trajin prod2.crd
trajin prod3.crd
trajin prod4.crd
trajin prod5.crd
trajin prod6.crd
trajin prod7.crd
trajin prod8.crd
trajin prod9.crd
trajin prod10.crd
..................
trajin到一起应该可以的，您参考。

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4楼2015-09-07 08:53:16

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