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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 紧急求助，CS系列拟南芥突变体纯合鉴定引物设计问题
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xiaopang-2

新虫 (初入文坛)

[交流] 紧急求助，CS系列拟南芥突变体纯合鉴定引物设计问题

最近在Tair网站上购买了三个拟南芥突变体，序列号为CS8539，CS8540，CS6505，不知哪位高手能指教一下如何设计引物鉴定纯合，看到网上有人说CS系列不用鉴定，但是发现每种突变体的苗子的表型都有不一致的，应该是有必要做一下鉴定吧！请懂这方面的高手不吝赐教，着急
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1楼 2015-07-27 14:41:14
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匿名
本帖仅楼主可见
2楼2015-07-27 15:14:55
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
为楼主留下满满的祝福
祝福楼主和各位虫友事事如意
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3楼2015-07-27 15:38:36
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xiaopang-2

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhenwuhuang at 2015-07-27 15:38:36
为楼主留下满满的祝福
祝福楼主和各位虫友事事如意

???
4楼2015-07-27 17:38:58
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-07-27 21:52:46
CS系列突变体是点突变，根据TAIR网站上的信息找到突变位点及突变位点前后的序列，看突变的碱基是否在两种基因型间产生酶切位点变化，如果有，那就设计引物做PCR，然后酶切，根据电泳结果判断是否纯合；如果没有，使用dCAPS在线工具设计引物引入酶切位点，后续方法和之前一样。小木虫中有很多类似的帖子，你可以查下，我之前也详细回复过类似问题，你自己查吧。
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5楼2015-07-27 18:24:32
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xiaopang-2

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2015-07-27 18:24:32
CS系列突变体是点突变，根据TAIR网站上的信息找到突变位点及突变位点前后的序列，看突变的碱基是否在两种基因型间产生酶切位点变化，如果有，那就设计引物做PCR，然后酶切，根据电泳结果判断是否纯合；如果没有，使 ...

不好意思，在TAIR网站上没有看到突变的信息，不知道在哪里查，能不能用我的其中一个序列号举个例子？？非常感谢
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6楼2015-07-27 22:51:56
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
xiaopang-2: 金币+10 2015-07-28 14:19:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaopang-2 at 2015-07-27 22:51:56
不好意思，在TAIR网站上没有看到突变的信息，不知道在哪里查，能不能用我的其中一个序列号举个例子？？非常感谢...

的确没有找到，而且看TAIR上的介绍，这几个突变体都是T-DNA插入突变。只能根据TAIR网站上突变体信息查原始文献了。比如scr-1、scr-2突变体插入位置在文献The SCARECROW Gene Regulates an Asymmetric Cell Division That Is Essential for Generating the Radial Organization of the Arabidopsis Root中可以查到，分别位于密码子470、605处。scr-4应该在文献中也能查到。如果是T-DNA插入，那就按检测T-DNA的方法做，在插入位点两侧设计引物扩增，根据扩增产物片段类型、大小来判断是纯合还是杂合。
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7楼2015-07-28 00:27:12
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
8楼2015-07-28 05:36:23
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xiaopang-2

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2015-07-28 00:27:12
的确没有找到，而且看TAIR上的介绍，这几个突变体都是T-DNA插入突变。只能根据TAIR网站上突变体信息查原始文献了。比如scr-1、scr-2突变体插入位置在文献The SCARECROW Gene Regulates an Asymmetric Cell Divisio ...

好的，我再自己看看，非常感谢
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9楼2015-07-28 14:18:55
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