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kobe_liuxing

铜虫 (小有名气)

[求助] IRC分析出现问题 已有4人参与

本人在做甲醇分子和NO2反应的过渡态的IRC分析,图1为过渡态的结构,跑到22步就报错终止了,最终的结构如图片22。我设置的是往两边计算,但是,得出来结构却只往反应那边计算。最后打开输出文件,也没看到EEROR。(PS:这个过渡态是我自己构想的,根据QTS2方法计算得到的,因为QST2没能完成计算,到中途就报错终止了,所以,我就根据停止位置的构型进行改造,直接想进行IRC来试图确认这个过渡态)。本人非化学出生,也是刚接触量化计算,希望得到大家的帮助。

IRC分析出现问题
1.png


IRC分析出现问题-1
10-IRC.png


IRC分析出现问题-2
22.png


IRC分析出现问题-3
set.png


IRC分析出现问题-4
报错文件.png
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wy_001049

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
IRC要往两边跑,一遍是forward,一边是reverse,你分别试试
2楼2015-07-23 21:52:00
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kobe_liuxing

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wy_001049 at 2015-07-23 21:52:00
IRC要往两边跑,一遍是forward,一边是reverse,你分别试试

我试了,结果都像反应物那边。不能完整得到反应物和生成物。
3楼2015-07-24 16:27:45
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ygq1990

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把步长改小一下试试,或者是把点数增加到100,跑起来应该也不会很慢
just try it
4楼2015-07-24 17:14:52
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kobe_liuxing

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ygq1990 at 2015-07-24 17:14:52
把步长改小一下试试,或者是把点数增加到100,跑起来应该也不会很慢

好的,我试试。不过,我有个问题是,我研究的分子于上图所示,这个过渡态,完全是自己随便摆放的位置,没有依据,您在这方面有什么建议吗?
5楼2015-07-24 18:52:46
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阿克飞顿

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议用TS方法求过渡态,因为你也不能确定你构想的末态是正确的,QST2更容易跑不到那,分别用forward和reverse向前向后跑。

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2015-07-25 18:37:37
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ygq1990

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by kobe_liuxing at 2015-07-24 18:52:46
好的,我试试。不过,我有个问题是,我研究的分子于上图所示,这个过渡态,完全是自己随便摆放的位置,没有依据,您在这方面有什么建议吗?...

没有依据那找起过渡态来有点困难了。还是先去看文献吧,看看别人是怎么弄的,没有相同的分子,找个相近的反应看看
just try it
7楼2015-07-25 21:26:17
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xieruobing

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

没有出错的话,是否可以加大N的数目重新提交来跑看看,我们一般是设定30这样,IRC跑挺久的,
8楼2015-07-29 10:13:15
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