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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助]hyperchem的批处理
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longway_long

金虫 (初入文坛)

[交流] [求助]hyperchem的批处理

请教Hyperchem是否可以进行如下批处理操作？
一共有60多个分子，每个分子用Hyperchem进行分子力场优化和半经验优化，然后保存成.zmt格式。如果手动一个一个的做很费时间。望不吝赐教！谢谢
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1楼2008-08-08 07:02:23
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whitewatercn

银虫 (小有名气)

很肯定的告诉你,可以!

★ ★ ★ ★ ★
longway_long(金币+5,VIP+0):thanks!
大批量获取分子三维结构数据的方法

杨铄　袁身刚　陈敏伯　郑崇直

摘要：用Visual C+　+编写程序，并结合PC机上运行的分子模拟软件HyperChem的专用脚本语言，实现二维分子结构的快速批量转化，从而用于三维化合物数据库的建立。
关键词：三维结构，批量转化
中图分类号：O 561.1，O 6-39

A High--Through-Put Method for Convertion of
2D Structures into 3D Models

YANG Shuo　YUAN Shen-Gang　CHEN Min-Bo　ZHANG Chong-Zhi
(Laboratory of Computer Chemistry, Chinese Academy of Science Shanghai Institute of Organic Chemistry, Shanghai　200032)

Abstract: This paper introduces an efficient method of converting 2D chemical structures into 3D models by using HyperChem/Script and Visual C+　+ on PC
Key words:3D Chemical Structure

1　前言

　　随着计算机化学和药物设计方法的飞速发展，人们越来越不满足于只研究化合物的二维结构信息，对三维结构的研究已成为热点，如相似性检索，药效团检索等。目前SGI工作站上的一些商品软件，可以实现分子结构从二维到三维的批量转化，但一般实验室没有这种计算机或机时繁忙，而PC机却随处可见。另一方面，随着计算机硬件技术水平的不断提高，PC机的性能尤其是计算速度，已接近工作站。
　　本工作在HyperChem软件已能处理单个分子的基础上，通过C++编程实现自动批量计算，解决了快速获取大量三维数据的难题。

2　计算方法、步骤和Script

　　HyperChem/Script是一种特殊的专用脚本语言，它可以代替软件菜单上的全部功能，因此就可以利用它控制HyperChem进行自动计算。遗憾的是，它没有提供循环语句，所以必须用其它编程语言补充这一功能，我们采用了Microsoft Visual C+　+。
　　通过对HyperChem、Script及计算化学方法的细致研究，选择了分子力学的方法。首先手工书写一个自动计算的Script文件，确保自动计算的结果正确后，把它拆分成三部分，分别放在三个文件里，如下：
　　1.初始化HyperChem
　　molecular-mechanics-method
　　MM+calculation-method
　　MolecularMechanics
　　optim-max-cycles 540
　　optim-convergence 0.2
　　optim-algorithm PolakRibierestart-logging
　　d:＼mywork＼hyper＼ysh.out true
　　2.循环执行部分
　　file-format mol
　　open-file＼
　　d:＼mywork＼hyper＼
　　menu-build-add-hydrogens＼
　　menu-build-model-build＼
　　do-optimization＼
　　file-format mol
　　＼ write-file d:＼mywork＼hyper＼3d＼
　　3.结束计算
　　append-omsgs-to-file＼
　　d:＼mywork＼hyper＼ysh.out
　　stop-logging＼
　　omsgs-not-to-file＼
　　exit-script
　　这里第二部分是可变的，根据当前目录要进行转化的Mol文件名，由C+　+编写的程序动态生成，然后与其它两部分拼接成一个完整的脚本文件(*.scr)，在HyperChem里执行就可以了。

3　讨论

　　此方法快速、高效、灵活。计算方法和文件格式可通过修改模板Script改变。支持的文件类型：HyperChem(*.HIN)、BreekHaven PDB(*.ENT) 、ISIS Sketch(*.skc) 、MDL MOL(*.mol) 、MOPAC Z-Matrix(*.ZMT) 、Tripos MOL2(*.ML2)
　　一般含二三十个原子的分子，可达到每分钟可以的处理速度由于HyperChem自身原因，它输出的Mol文件不够标准，不能被MDL ISIS/Draw读出，但包含坐标和完整的连接表信息。可改为输出Skc文件，便可在ISIS/Draw中显示。
　　本实验室所建立的天然产物数据库，就是通过这种方法实现三维结构生成，最终以VRML的格式在Web上发布，大家可访问http://202.127.145.72/3droot/3dlib.html 进行浏览。
　　另外，也可以通过DDE(Dynamic Data Exchange动态数据交换)更好地实现上述功能，由于手头资料不足，没有做进一步试验。

作者单位：杨铄(中国科学院计算机化学开放实验室　上海有机化学研究所　上海　200032)
　　　　　袁身刚(中国科学院计算机化学开放实验室　上海有机化学研究所　上海　200032)
　　　　　陈敏伯(中国科学院计算机化学开放实验室　上海有机化学研究所　上海　200032)
　　　　　郑崇直(中国科学院计算机化学开放实验室　上海有机化学研究所　上海　200032)
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2楼2008-08-08 08:10:00
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longway_long

金虫 (初入文坛)

谢谢

谢谢！这样的话就省了很多时间省了很多精力，good！！
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3楼2008-08-08 08:18:17
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
其实上述功能根本不需要编程,我一般用Excel+UltraEdit简单处理一下就能生成脚本,如果楼主会linux/unix 那就更简单了
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4楼2008-08-08 08:19:19
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
中国白水流得好快啊.
俺正想转载这篇发表在计算机与应用化学上的文章......
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5楼2008-08-08 08:33:36
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
哈哈 其实还有一篇类似的

雷静,周家驹.基于MFC和HyperChem的分子三维结构批量实现方法.计算机与应用化学,2002,19(4):385～386

楼主问我excel 要怎么用,那就说一下,

1. 用excel 生成下述几列, 把1 2 3... 改成相应分子的文件名
a 1.mol b 1.zmt
a 2.mol b 2.zmt
a 3.mol b 3.zmt
.....

2. 拷到ultraedit里 把a b  分别replace成相应的
a:
file-format mol
open-file

b:
menu-build-add-hydrogens＼
　　menu-build-model-build＼
　　do-optimization＼
　　file-format mol
　　＼ write-file

3 然后再拷入初始化和结尾部分

说了这么多,其实只需要用excel 里的 CONCATENATE函数就可以完成任务

ultraedit 里面的宏也很好用,很多文本处理工作都能完成,

对于 unix 高手而言, 这种东西基本上只要一二行命令就可以解决了, 不过 我不是unix 高手, 请yalefield补充

[ Last edited by whitewatercn on 2008-8-8 at 14:53 ]
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6楼2008-08-08 14:45:04
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